सिस्टैंच के क्लोरोप्लास्ट जीनोम का कोडन उपयोग पूर्वाग्रह विश्लेषण

अमूर्त:

उद्देश्य Cistanche spp के चार औषधीय पौधों में कोडन उपयोग पूर्वाग्रह और क्लोरोप्लास्ट जीनोम के प्रभावित करने वाले कारकों को स्पष्ट करना। तरीके कोडन के उपयोग पूर्वाग्रह पैरामीटरसिस्टैंच डेजर्टिकोला, सिस्टंचसालसा औरसिस्टंचट्यूबुलोसाCUSP, CodonW 1.4.2, SPSS और Microsoft Excel द्वारा विश्लेषण किया गया।

परिणाम चार Cistanche प्रजातियों के क्लोरोप्लास्ट जीनोम में समान कोडन उपयोग पैटर्न थे, कोडन के तीसरे आधार के साथ सभी A/T में समाप्त हो रहे थे और A/T आधारों का अधिक अनुकूल उपयोग करने के लिए प्रवृत्त थे।

चार प्रजातियों के ENC (कोडन की प्रभावी संख्या) मान सभी 35 से ऊपर थे, यह दर्शाता है कि Cistanche spp में क्लोरोप्लास्ट जीन की कोडन वरीयता। कमजोर है। न्यूट्रलिटी प्लॉट, ENC-प्लॉट, PR 2- बायस प्लॉट और पत्राचार विश्लेषण के परिणामों ने संकेत दिया कि Cistanche spp में क्लोरोप्लास्ट जीनोम कोडन उपयोग पूर्वाग्रह को प्रभावित करने वाला प्राकृतिक चयन मुख्य कारक था। RSCU (सापेक्ष पर्यायवाची कोडन उपयोग) मूल्यों का उपयोग Cistanche spp की चार प्रजातियों द्वारा साझा किए गए चार इष्टतम कोडन की पहचान करने के लिए किया गया था।

निष्कर्ष इस अध्ययन में, हमने चार प्रजातियों के क्लोरोप्लास्ट जीनोम के कोडन उपयोग पूर्वाग्रह का विश्लेषण कियासिस्टैंच ट्यूबलोसा. और कोडन पूर्वाग्रह को प्रभावित करने वाले प्रभावशाली कारकों का खुलासा किया, जिसने व्यवस्थित विकास, पर्यावरण अनुकूलन और नस्ल सुधार के अध्ययन के लिए संबंधित सैद्धांतिक आधार प्रदान किया।सिस्टंचआणविक स्तर पर।

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सिस्टैंच हॉफमैन्स। एंड लिंक परिवार ओरोबैंचेसी की एक बारहमासी परजीवी जड़ी बूटी है, जो मुख्य रूप से यूरोप और एशिया में चार प्रजातियों के साथ वितरित की जाती है।सिस्टंचइनर मंगोलिया, निंग्ज़िया, गांसु, किंघई और झिंजियांग [1] में।

उनमें से,सिस्टैंच डेजर्टिकोला माउच्चतम औषधीय मूल्य है और इसे "रेगिस्तान जिनसेंग" के रूप में जाना जाता है क्योंकि यह मुख्य रूप से रेगिस्तानी क्षेत्रों में बढ़ता है। हालांकि, जीनस सिस्टैंच के औषधीय पौधों को पौधों के वर्गीकरण [2] और व्यावसायिक रूप से उपलब्ध प्रजातियों के उपयोग में भ्रम [3] का सामना करना पड़ रहा है। क्लोरोप्लास्ट अधिकांश हरे पौधों में प्रकाश संश्लेषण की साइट हैं, विकासात्मक और माध्यमिक चयापचय गतिविधियों [4] में शामिल हैं, और ऑर्गेनेल और परमाणु जीनोम [5] के बीच जीन अभिव्यक्ति का समन्वय करते हैं। क्लोरोप्लास्ट में एक स्वायत्त रूप से विरासत में मिला जीनोम होता है और इसका व्यापक रूप से अध्ययन में उपयोग किया जाता है जैसे कि प्लांट फ़िलेजेनेटिक विश्लेषण, प्रजातियों की पहचान और आनुवंशिक विविधता की अभिव्यक्ति। हाल के वर्षों में, क्लोरोप्लास्ट जीनोम उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण तकनीक की परिपक्वता के साथ, जीनस सिस्टैंच के कई पौधे, सिस्टैंच सलीना सी. साल्सा (सीए मे।) जी. बेक, सिस्टैंच साल्सा सी. साइनेंसिस जी. बेक, और सिस्टैंच ट्यूबुलोसा वाइट क्लोरोप्लास्ट अनुक्रमण अध्ययन, और उनके फाइलोजेनी और आनुवंशिक के अधीन किया गया है, हालांकि, सिस्टैंच एसपीपी के क्लोरोप्लास्ट जीनोम के कोडन वरीयता पर कोई अध्ययन नहीं किया गया है। दाखिल कर दिया हैं।

कोडन, जिसे आनुवंशिक कोड के रूप में भी जाना जाता है, न्यूक्लिक एसिड और प्रोटीन के बीच का सेतु है। न्यूक्लिक एसिड और प्रोटीन के बीच पुल, और एक महत्वपूर्ण मान्यता और जैविक आनुवंशिक सूचना कोडन का संचरण है, जिसे आनुवंशिक कोड के रूप में भी जाना जाता है, जैविक आनुवंशिक जानकारी की मान्यता और संचरण के लिए महत्वपूर्ण वैक्टर हैं और जैविक विरासत और विविधता में एक महत्वपूर्ण हिस्सा हैं [8 ]।

प्रजातियों के बीच प्रोटीन अनुवाद प्रक्रिया में अंतर के कारण, एक या विभिन्न प्रजातियों की अनुवाद प्रक्रिया का उपयोग करने की प्रवृत्ति होती है, वे एक या कई विशिष्ट समानार्थक कोडन का उपयोग करते हैं इस घटना को कोडन उपयोग पूर्वाग्रह (CUB) [9] कहा जाता है। इस घटना को कोडन उपयोग पूर्वाग्रह (सीयूबी) [9] कहा जाता है, और कोडन वरीयता का एमआरएनए अनुवाद, डीएनए प्रतिलेखन, प्रोटीन संरचना, अभिव्यक्ति और अभिव्यक्ति पर महत्वपूर्ण प्रभाव पड़ता है। कोडन वरीयता mRNA अनुवाद, डीएनए प्रतिलेखन, प्रोटीन संरचना, अभिव्यक्ति, कार्य और सह-अनुवादिक तह और अन्य सेलुलर चयापचय प्रक्रियाओं में महत्वपूर्ण भूमिका निभाती है। कोडन वरीयता सेलुलर चयापचय प्रक्रियाओं जैसे एमआरएनए अनुवाद, डीएनए प्रतिलेखन, प्रोटीन संरचना, अभिव्यक्ति, कार्य और सह-अनुवादिक तह [10] में महत्वपूर्ण भूमिका निभाती है। शि यान्शुओ एट अल [11] ने चार पैनाक्स लिन की क्लोरोप्लास्ट जीनोम वरीयता का विश्लेषण करके चार पैनाक्स जिनसेंग प्रजातियों की कोडन वरीयता का विश्लेषण किया। चार पैनाक्स लिन के क्लोरोप्लास्ट जीनोम के कोडन वरीयता का विश्लेषण करके। पौधों और अनुमान लगाया कि एक ही जीनस में पौधे एक दूसरे से अधिक निकटता से संबंधित हैं। सॉन्ग युन एट अल [12] ने प्रदर्शित किया कि ICE1 जीन को कोडन वरीयता के आधार पर अनुकूलित किया जा सकता है, जिससे यह कम तापमान के तनाव के लिए अधिक प्रतिरोधी बन जाता है।

सॉन्ग युन एट अल [12] ने प्रदर्शित किया कि आईसीई1 जीन को कोडन वरीयता के आधार पर कम तापमान तनाव के तहत अभिव्यक्ति के लिए अनुकूलित किया जा सकता है; Li Xianhuang et al [13] ने पाया कि Li Xianhuang et al [13] ने पाया कि कोडन वरीयता प्रजातियों के बीच विकासवादी संबंधों को प्रतिबिंबित कर सकती है; झांग जून यान ली एट अल [13] ने पाया कि कोडन वरीयता प्रजातियों के बीच विकासवादी संबंध को दर्शाती है; जून यान झांग एट अल [14] ने प्रदर्शित किया कि उत्परिवर्तन और प्राकृतिक चयन एक साथ स्वर्टिया बिमाक्यूलेट (एल) की अभिव्यक्ति को प्रभावित करते हैं। झांग जुआन एट अल [14] ने दिखाया कि म्यूटेशन और प्राकृतिक चयन संयुक्त रूप से स्वर्टिया बिमाक्यूलेट (सीब। एट ज़ुक्क।) हुक के विकासवादी संबंध को प्रभावित करते हैं। एफ। एट थॉमस। पूर्व सीबी क्लार्क क्लोरोप्लास्ट जीनोम कोडन स्वेर्टिया बिमाक्यूलेट (सीब। एट ज़ुक्क।) हुक के लिए वरीयता। एफ। एट थॉमस। प्लांट क्लोरोप्लास्ट जीनोम में क्लोरोप्लास्ट जीनोमिक कोडन वरीयताओं का अध्ययन स्वेड के घरेलूकरण के लिए एक आधार प्रदान करने के लिए किया गया था। इसलिए, प्लांट क्लोरोप्लास्ट जीनोम के कोडन उपयोग पैटर्न का अध्ययन करने से स्वेड को पालतू बनाने का आधार मिल सकता है। इसलिए, क्लोरोप्लास्ट जीनोम के कोडन उपयोग पैटर्न का अध्ययन करने से पर्यावरण के अनुकूलन और पौधों की किस्मों में सुधार के जीन अभिव्यक्ति वेक्टर निर्माण आणविक तंत्र की दक्षता में सुधार करने में मदद मिल सकती है। इसलिए, प्लांट क्लोरोप्लास्ट जीनोम के कोडन उपयोग पैटर्न का अध्ययन जीन अभिव्यक्ति वेक्टर निर्माण की दक्षता में सुधार, प्रजातियों के विकासवादी संबंधों की खोज, पर्यावरण के अनुकूलन के आणविक तंत्र को समझने और पौधों की प्रजातियों में सुधार के लिए डेटा समर्थन प्रदान कर सकता है [15]।