बड़े पैमाने पर एमआरएनए हैलोक्सिलोन अम्मोडेंड्रोन (चेनोपोदियासी) और जड़ी-बूटी की जड़ होलोपारासाइट सिस्टेन्च डेजर्टिकोला (ओरोबैंचेसी) के बीच स्थानांतरण

हाइलाइट
• दस हजार mRNAs Haloxylon ammodendron और जड़ परजीवी के बीच स्थानांतरण करते हैंसिस्टैंच डेजर्टिकोला

•सूरजमुखी-ओरोबैंच कमाना प्रणाली में आरएनए गतिशीलता और कार्यात्मक विश्लेषण किया गया

•CdNLR1 और CdNLR2 जड़-विशिष्ट HR का कारण बनेंगे और परजीवी संतुलन को प्रभावित करेंगे

Cistanche खेती और विश्लेषण

सारांश
एमआरएनए का आदान-प्रदान मेजबान और स्टेम परजीवी के बीच दिखाया गया था लेकिन रूट परजीवी नहीं।सिस्टैंच डेजर्टिकोला(ओरोबैंचेसी) एक हैहोलोपैरासिटिक जड़ी बूटीजो काष्ठीय पौधे हैलॉक्सिलॉन एम्मोडेंड्रोन (चेनोपोडियासी) की जड़ों पर परजीवी करता है। हमने लगभग दस हजार मोबाइल mRNAs की पहचान करने के लिए ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण और जैव सूचनात्मक विश्लेषण का उपयोग किया। ट्रांसक्रिप्ट बहुतायत ट्रांसफर इवेंट के लिए एक प्रेरक शक्ति प्रतीत होती है और mRNA एक्सचेंज हस्टोरियल जंक्शन के माध्यम से होता है। चयनित एमआरएनए की गतिशीलता की पुष्टि स्वस्थानी और सूरजमुखी-ओरोबांच कुमाना हेट्रोलॉगस परजीवी प्रणाली में की गई थी। चारसी डेजर्टिकोला→ एच। एमोडेंड्रोन मोबाइल एमआरएनए हस्टोरियम विकास को सुविधाजनक बनाने के लिए दिखाई देते हैं। दिलचस्प बात यह है कि पुटेटिव रेजिस्टेंस जीन CdNLR1 और CdNLR2 के दो मोबाइल mRNAs रूट-विशिष्ट हाइपरसेंसिटिव प्रतिक्रिया और मंद परजीवी विकास का कारण बनते हैं, जो परजीवी संतुलन में योगदान कर सकते हैं। वर्तमान अध्ययन वुडी होस्ट और रूट परजीवी के बीच बड़े पैमाने पर एमआरएनए ट्रांसफर इवेंट के लिए सबूत प्रदान करता है, और छह की कार्यात्मक प्रासंगिकता को प्रदर्शित करता है।सी डेजर्टिकोलामेजबान-परजीवी बातचीत में जीन।

विषय क्षेत्र
पादप जीव विज्ञान जीवों के साथ पौधों की सहभागिताओमिक्सट्रांसक्रिप्टोमिक्स
परिचय
बढ़ते प्रमाण पौधों में छोटी और लंबी दूरी के संचार में प्रोटीन और mRNAs जैसे मैक्रोमोलेक्युलस के महत्व का सुझाव देते हैं। प्लास्मोडेस्मेटा को छोटी दूरी के परिवहन चैनल के रूप में माना जाता है, जबकि संवहनी प्रणाली दूरस्थ ऊतकों के बीच लंबी दूरी की आणविक परिवहन करती है। 3 एमआरएनए को फ्लोएम में स्थानांतरित करने की सूचना दी गई थी। 4 हाल के अध्ययनों से पता चला है कि टीआरएनए मूल के स्टेम-लूप संरचना ने लंबी दूरी की परिवहन क्षमता के साथ एमआरएनए संपन्न किया है। आरएनए एक्सोसोम के एक सबयूनिट एटीआरआरपी44ए को प्लास्मोडेमाटा के साथ बातचीत करने की सूचना दी गई थी और KNOTTED1 (KN1) mRNA.6 की सेल-टू-सेल तस्करी में मध्यस्थता करने के लिए

परजीवी पौधों में लगभग 1 प्रतिशत फूल वाले पौधे होते हैं। परजीवी पौधों की सबसे महत्वपूर्ण विशेषता हौस्टोरियम नामक एक विशेष संरचना है, जो मेजबान और परजीवी पौधों के बीच भौतिक और शारीरिक संबंध चैनल स्थापित करती है और इसलिए उनकी अधिकांश बातचीत पर हावी होती है। 7 परजीवी पौधे अपने विकास को बनाए रखने, पानी को अवशोषित करने और मेजबान पर भरोसा करते हैं। हॉस्टोरियम के माध्यम से मेजबान से प्रकाश संश्लेषण, अमीनो एसिड और अन्य मध्यवर्ती मेटाबोलाइट्स जैसे पोषक तत्व। हॉस्टोरिया मेजबानों के बीच कनेक्शन पुल के रूप में भी कार्य करता है, जैसे सिग्नलिंग अणु जैसे शाकाहारी संकेत। 9 यह भी दिखाया गया था कि प्रोटीन सहित बायोमोलेक्यूल्स और आरएनए मेजबान-परजीवी कनेक्शन के माध्यम से द्विदिश रूप से आदान-प्रदान करते हैं। मेजबान और परजीवी पौधों के बीच आरएनए हस्तांतरण का सबसे पहला उदाहरण संक्रमित मेजबान से डोडर के माध्यम से असंक्रमित पौधे में आरएनए वायरस का संचरण है। 10 छोटे आरएनए (एसआरएनए) जैसे छोटे हस्तक्षेप आरएनए (एसआईआरएनए) और माइक्रोआरएनए (एमआईआरएनए) दिखाए गए थे प्राप्तकर्ता जीवों में लक्ष्य जीन अभिव्यक्ति को विनियमित करने के लिए मेजबान-परजीवी के बीच स्थानांतरित करने के लिए। 11,12,13 एमआरएनए हस्तांतरण के लिए, मेजबान टमाटर, कद्दू और अल्फाल्फा से परजीवी कुस्कटा चिनेंसिस तक मोबाइल एमआरएनए को प्रारंभिक में कई जीनों के लिए प्रदर्शित किया गया है। test.14 माइक्रोएरे विश्लेषण के माध्यम से, रोनी एट अल। पाया गया कि 474 mRNAs को टमाटर से डोडर में स्थानांतरित किया गया था। 14 हालांकि, स्थानांतरण mRNAs की बड़े पैमाने पर पहचान केवल अगली पीढ़ी की अनुक्रमण तकनीक के उपयोग पर प्राप्त की गई थी। किम एट अल। परजीवी Cuscuta pentagona और मेजबान जैसे Arabidopsis thaliana और टमाटर के बीच बड़े पैमाने पर और द्विदिश mRNA हस्तांतरण की पहचान करने के लिए ट्रांस्क्रिप्टोम अनुक्रमण तकनीक का इस्तेमाल किया। लेकिन मेजबान-परजीवी बातचीत में स्थानांतरण mRNAs की कार्यात्मक प्रासंगिकता स्पष्ट नहीं थी।

ओरोबैंचेसी सबसे बड़ा परजीवी एंजियोस्पर्म परिवार है जिसमें कई ऐच्छिक या बाध्यकारी जड़ परजीवी हैं। 16 सिस्टेन्च ओरोबैंचेई में होलोपरसिटिक रेगिस्तानी पौधों की एक विश्वव्यापी प्रजाति है। सी। डेजर्टिकोला एक होलोपैरासाइट है जो एक वुडी सोमोफाइट, हैलॉक्सिलॉन एम्मोडेंड्रोन (चेनोपोडियासी) की जड़ों पर परजीवी बनाता है। 17 यह दिखाया गया था कि क्लोरोप्लास्ट आरपीओसी2 जीन को क्षैतिज जीन स्थानांतरण द्वारा एच. एममोडेंड्रोन से सी. डेजर्टिकोला में स्थानांतरित किया गया था। 18 यहां, हमने पहचान की अगली पीढ़ी के ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण और जैव सूचनात्मक विश्लेषण के माध्यम से सी. डेजर्टिकोला और एच. एमोडेंड्रोन के बीच लगभग दस हजार मोबाइल एमआरएनए। मोबाइल एमआरएनए को कई अनुक्रम संरेखण, पीसीआर सत्यापन, और विशेष रूप से एक सूरजमुखी-ओरोबांच कमाना परजीवी प्रणाली के उपयोग द्वारा पता लगाया गया था। इस विषम परजीवी प्रणाली द्वारा मोबाइल mRNAs के कार्य को कई जीनों के लिए भी प्रदर्शित किया गया था। आज तक, मेजबान और परजीवी के बीच कार्यात्मक mRNAs के आदान-प्रदान की रिपोर्ट बहुत सीमित थी। इसलिए, हमारा अध्ययन मोबाइल mRNAs के दृष्टिकोण से परजीवी तंत्र में नई अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।

परिणाम
सी. डेजर्टिकोला और एच. एम्मोडेंड्रोन के बीच मोबाइल एमआरएनए की पहचान
मेजबान एच. एम्मोडेंड्रोन रूट और परजीवी सी. डेजर्टिकोला का तंग शारीरिक संबंध उन्हें हौस्टोरियम में अलग करना असंभव बना देता है। इसलिए, हमने मेजबान और परजीवी के बीच मोबाइल टेप की पहचान करने के लिए उच्च-थ्रूपुट आरएनए-अनुक्रमण (आरएनए-सीक) और चरणवार जैव सूचनात्मक वर्गीकरण को संयुक्त किया। Illumina HiSeq2500 प्लेटफॉर्म पर RNA-seq विश्लेषण के लिए नमूने के चार अलग-अलग सेट एकत्र किए गए थे। इनमें परजीवी मुक्त मेजबान एच. एम्मोडेंड्रोन (एचए) के रसीले तने के मूल ऊतक शामिल हैंसी डेजर्टिकोला(सीडी), मेजबान एच। अम्मोडेंड्रोन के मूल ऊतक के साथ परजीवीकृतसी डेजर्टिकोला(HC), और हौस्टोरियल इंटरफ़ेस (HI)। एचसी और सीडी नमूनों के लिए, संबंधित मेजबान जड़ और परजीवी स्टेम को 1 सेमी दूर एकत्र किया गया थापरजीवी जंक्शन(चित्र 1ए)।

चित्र 1. RNA-seq विश्लेषण और मोबाइल RNAs की पुष्टि

(ए) आरएनए-सीक विश्लेषण के लिए चुनिंदा ऊतकों का चित्रण। सीडी, हौस्टोरियल जंक्शन के पास सी। डेजर्टिकोला के ताजा रसीले तने; एचसी, सीडी-संक्रमित एच। एमोडेंड्रोन की जड़ें; HI, हौस्टोरियल इंटरफ़ेस। स्केल बार इंगित किए गए हैं।

(बी) अनुक्रम असेंबली और मोबाइल आरएनए की पुष्टि के लिए रणनीतियों की रूपरेखा। RNA-seq, अगली पीढ़ी का RNA अनुक्रमण। ISO-Seq, फुल-लेंथ ट्रांस्क्रिप्टोम सीक्वेंसिंग। हा, गैर-परजीवीकृत एच। अम्मोडेंड्रोन की जड़ें। HA.FL _NR, H. एमोडेंड्रोन का पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रम। CD.FL _NR, C. डेजर्टिकोला का पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रम।

(सी) ओआरएफ भविष्यवाणी और विधानसभा परिणाम की आगे की पुष्टि। ORF खोजक (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orfinder/) को ORF भविष्यवाणी के लिए लागू किया गया था, और ऊपर इकट्ठे स्वदेशी के साथ (FPKM 0 के बराबर या उससे अधिक की अभिव्यक्ति सीमा मान के साथ) ) का क्रास चेक किया गया। ओवरलैप किए गए स्वदेशी को सीआईएस और एचएसी स्वदेशी के खिलाफ दोहरे BLASTN (E मान=1e−10) के साथ फ़िल्टर किया गया था।

(डी) सीडी, एचए और एचसी नमूनों के बीच टेप के सामान्य और भिन्न सेट दिखाते हुए वेन आरेख।

परस्पर क्रिया करने वाले जीवों से दिए गए प्रतिलेख के लिए स्रोत ऊतक की विश्वसनीय पहचान एक चुनौतीपूर्ण मुद्दा है। इसलिए Ikeue एट अल। मेजबान और परजीवी प्रतिलेखों को अलग करने के लिए एक उपयोगी जैव सूचनात्मक विधि विकसित की है।¹⁹यहां हमने एक संशोधित जैव सूचनात्मक दृष्टिकोण का उपयोग किया जो कि बीच में मोबाइल mRNAs की पहचान करने की उनकी पद्धति पर आधारित हैC. डेजर्टिकोला औरH. ammodendron(चित्र 1बी)। उपरोक्त पुस्तकालयों (टेबल S2) से कुल 723,382,940 स्वच्छ रीड्स उत्पन्न किए गए थे, और इन रीड्स को विभिन्न रणनीतियों(चित्रा 1बी)के माध्यम से इकट्ठा किया गया था। नतीजतन, सभी दस नमूनों को 222,899 यूनियनों में इकट्ठा किया गया था (इसके बाद "संयुक्त" कहा गया, टेबल एस 3)।C. डेजर्टिकोलाऔरH. ammodendronनमूने क्रमशः 107,752 और 194,720 स्वदेशी ("Cis" और "HAC" इसके बाद, तालिका S3) में इकट्ठे किए गए थे। भिन्नता के साथ-साथ सभी नमूनों की समानता की कल्पना करने के लिए, हमने "संयुक्त स्वदेशी" में सभी ज्ञात जीनों के सामान्यीकृत FPKM मूल्यों पर एक प्रमुख घटक विश्लेषण (PCA) किया। पीसीए प्लॉट ने दिखाया कि तीन जैविक प्रतिकृति के डेटा को बारीकी से क्लस्टर किया गया था और अलग-अलग नमूनों में अलग किया गया था, खासकर बीच मेंH. ammodendronऔरC. डेजर्टिकोला(चित्र S1)। इस बीच, ओआरएफ की भविष्यवाणी से पता चला है कि "संयुक्त" स्वदेशी के 149,825 (67.23 प्रतिशत) को पुटेटिव प्रोटीन (चित्रा 1सी) को एन्कोड करने के लिए माना गया था। चार अलग-अलग नमूनों में से 0.3 से अधिक या उससे अधिक FPKM की अभिव्यक्ति थ्रेशोल्ड वैल्यू के साथ व्यक्तिगत रूप से इकट्ठे हुए स्वदेशी को ORF भविष्यवाणी परिणामों (टेबल्स S4-S6) के साथ क्रॉस-चेक किया गया था। इस विश्लेषण से पता चला कि सीडी, एचसी, एचए और एचआई के चार नमूनों में से 69.01-75.90 प्रतिशत स्वदेशी में पुटेटिव ओआरएफ (चित्र 1सी) था। फुल-लेंथ ट्रांस्क्रिप्टोम सीक्वेंसिंग की गई और डेटा, सीडी _ एफएल के लिएC. डेजर्टिकोलाऔर HA_FL के लिएH. ammodendron, दोनों होस्ट के लिए असेंबली त्रुटि सुधार के लिए उपयोग किए गए थेH. ammodendronऔर परजीवीC. डेजर्टिकोलाक्योंकि दोनों प्रजातियों में जीनोमिक डेटा (टेबल्स S8-S11) की कमी है। जब उपरोक्त चार नमूनों में से सौंपे गए स्वदेशी को दोहरे BLASTN (E मान=1e) के साथ फ़िल्टर किया गया था⁻¹⁰) Cis, HAC, CD_FL और HA_FL, 94.78–99 के विरुद्ध।00 प्रतिशत में उनमें से विश्वसनीय आम सहमति अनुक्रम थे (चित्र 1C और तालिका S7)। उपरोक्त विश्लेषण के आधार पर, 17,379 (एचए-अनन्य 14,810 और एचए-युक्त 2,569) आम स्वदेशी अंततः एचसी और सीडी से सीडी, एचसी और एचए (चित्रा 1डी) से स्वदेशी के वेन आरेख विश्लेषण पर पुनर्प्राप्त किए गए थे। उनमें से, पूर्व 14,810 स्वदेशी शायद एचए में उनकी अनुपस्थिति के कारण परजीवी सीडी मूल के हैं, लेकिन उनमें से एक अनुपात एचसी → सीडी मोबाइल एमआरएनए का भी प्रतिनिधित्व कर सकता है जो केवल एचसी में मौजूद हैं लेकिन एचए में उनके अप-विनियमन के कारण नहीं हैं। परजीवी लगाव पर। बाद के 2,569 स्वदेशी संभवत: यूनिडायरेक्शनल एचसी → सीडी ट्रांसफर एमआरएनए का प्रतिनिधित्व करते हैं क्योंकि वे एचए में भी मौजूद हैं। अन्य स्वदेशी को उम्मीदवार मोबाइल mRNAs से बाहर रखा गया था क्योंकि उन्हें HC और CD के बीच साझा नहीं किया गया था। किसी को यह भी ध्यान रखना चाहिए कि [एचसी, सीडी] में 14,810 आम स्वदेशीयों ने [एचए, सीडी] में 89 बार 166 आम स्वदेशीयों को पछाड़ दिया, जो हमारे विश्लेषणों की विश्वसनीयता का अत्यधिक सुझाव देता है क्योंकि उत्तरार्द्ध तार्किक रूप से असंभव था और अपरिहार्य त्रुटियों के कारण हुआ था। असेंबली या जैव सूचनात्मक विश्लेषण (चित्र 1D)।

उनके अनुक्रम मूल (चित्रा 1 बी और टेबल एस 12) को निर्दिष्ट करने के लिए दोहरी ब्लास्ट विश्लेषण के माध्यम से पुटेटिव मोबाइल एमआरएनए की उत्पत्ति की पुष्टि की गई थी। मेजबान और परजीवी दोनों के लिए जीनोमिक डेटा की कमी के कारण, हमने चेनोपोदियासी और ओरोबैंचेसी परिवार के जीवों के लिए उपलब्ध अनुक्रम डेटा का उपयोग किया जिसके लिएH. ammodendronऔरC. डेजर्टिकोलाक्रमशः हैं। हमारी परिकल्पना यह है कि मोबाइल mRNAsH. ammodendronओरोबैंचेसी प्रजातियों की तुलना में अन्य चेनोपोदियासी प्रजातियों से उनके ऑर्थोलॉग के साथ उत्पत्ति में संभवतः सबसे अधिक समानताएं हैं, जबकि यह मोबाइल एमआरएनए के लिए इसके विपरीत है।C. डेजर्टिकोलामूल, और संरक्षित ऑर्थोलॉग्स में संभवतः ओरोबैन्चेसी और चेनोपोडियासी दोनों के साथ उच्च समानता है। यह विश्लेषण हमें मोबाइल mRNAs की उत्पत्ति का पता लगाने में मदद कर सकता है क्योंकि उन्हें होमोलॉजी खोज के माध्यम से परिवार स्तर पर सौंपा जा सकता है। हमारी परिकल्पना को साबित करने के लिए, ऑर्थोफ़ाइंडर का उपयोग करके सैंतीस प्रजातियों के फ़ाइलोजेनेटिक पेड़, जिनमें छह ओरोबैन्चेसी और चार चेनोपोडियासी प्रजातियाँ शामिल हैं, का निर्माण किया गया था। ओरोबैंचेसी और चेनोपोदियासी प्रजातियों के बीच दूर विकासवादी दूरी ने हमारी परिकल्पना (चित्रा 2ए और टेबल एस13) की विश्वसनीयता का पता लगाया। जीन हानि विश्लेषण से पता चला है कि कई ऑर्थोग्रुप्स और प्रकाश संश्लेषण से संबंधित जीनों के प्रतिलेख अनुपस्थित थेC. डेजर्टिकोला(आंकड़े 2बी और 2सी, टेबल एस14, डेटा एस2 और एस3)। इसके अलावा, वेन आरेख विश्लेषण के बीचC. डेजर्टिकोलाऔर तीन अन्य अनुक्रमित परजीवी पौधों ने भी दिखाया कि लापता ऑर्थोग्रुप के 53.84 प्रतिशत (926/1,720)C. डेजर्टिकोलाअन्य तीन परजीवी पौधों में भी अनुपस्थित थे, अर्थात् 50.81 प्रतिशत (755/1486), 48.09 प्रतिशत (377/784) और 50.00 प्रतिशत (260/520)C. ऑस्ट्रेलिया, स्ट्रिगा एशियाटिकाऔरPhtheirospermum japonicumक्रमशः (चित्र S2)। इन परिणामों ने न केवल इस प्रजाति की परजीवी संपत्ति का संकेत दिया, बल्कि हमारे विश्लेषणों से यूनीजीन असेंबली की विश्वसनीयता का भी संकेत दिया, और अनुक्रम उत्पत्ति की पुष्टि के लिए सापेक्ष पौधों की प्रजातियों का उपयोग करने के लिए हमारी परिकल्पना का भी समर्थन किया। इसलिए, उपरोक्त विश्लेषणों से उम्मीदवार स्थानांतरण स्वदेशी को दोहरे BLASTN (E मान=1e) के साथ अलग किया गया था⁻¹⁰) ओरोबैन्चेसी से सार्वजनिक उपलब्ध अनुक्रम डेटासेट के संग्रह के खिलाफ (प्रतिलेखट्राइफिसेरिया वर्सीकलर, स्ट्रिगा हेर्मोंथिका और फेलिपांचे इजिप्टियाका; एनसीबीआई से ईएसटी और एमआरएनए अनुक्रम) और चेनोपोदियासी (अगली पीढ़ी और पूर्ण लंबाई प्रतिलेखH. ammodendron; एनसीबीआई से ईएसटी और एमआरएनए अनुक्रम) (चित्र 1बी और तालिका एस12)। परिणामस्वरूप, परजीवी से 7,496 स्वदेशी उत्पन्न होने की पुष्टि हुईC. डेजर्टिकोलागंतव्य एचसी नमूनों और स्रोत सीडी में क्रमशः 9.66 प्रतिशत (7,496/77,615) और 13.70 प्रतिशत (7,496/54,721) स्वदेशी हैं; और 2,370 स्वदेशी को मेजबानी के लिए सौंपा गया थाH. ammodendron, स्रोत एचसी और गंतव्य सीडी नमूनों में क्रमशः 3.38 प्रतिशत (2,370/70,119) और 4.15 प्रतिशत (2,370/57,091) स्वदेशी के लिए लेखांकन, (आंकड़े 2डी और 2ई, टेबल्स एस7, एस12, और एस15)। आम 2,931 मूलनिवासी सटीक स्रोत जीव को सौंपे जाने के लिए बहुत अधिक सजातीय थे। इन परिणामों ने संकेत दिया कि लगभग दस हजार (7,496 प्लस 2, 370 = 9, 866) मूल परजीवी पौधे के बीच स्थानांतरित हो सकते हैंC. डेजर्टिकोलाऔर वुडी प्लांट होस्टH. ammodendron. बहुत अधिक (7,496/2,370 = 3.16-फोल्ड) मोबाइल आरएनए परजीवी के थेC. डेजर्टिकोलामेजबान की तुलना में उत्पत्तिH. ammodendronउत्पत्ति, एक परजीवी → मेजबान दिशा में mRNA स्थानांतरण पूर्वाग्रह दिखा रहा है।

चित्रा 2. जीन हानि विश्लेषण और कई संरेखण के माध्यम से मोबाइल आरएनए की आगे की पुष्टि

(ए) फूलों के पौधों के जीनोम का फाइलोजेनी। ऑर्थोफ़ाइंडर का उपयोग 37 प्रजातियों के सभी प्रोटीन अनुक्रमों के विकास का विश्लेषण करने के लिए किया गया था, और प्रजातियों के बीच प्रत्यक्ष समरूप जीन और संपार्श्विक समरूप जीन सहित ऑर्थोगोनल समूह को खोजने के लिए किया गया था।

(बी) खोए हुए ऑर्थोग्रुप का प्रतिशत। अर्ध परजीवी पौधों और कुल परजीवी पौधों में ऑर्थोग्रुप विलोपन की संख्या।

(सी) खो स्वदेशी का प्रतिशत। प्रकाश संश्लेषण और चयापचय से संबंधित जीनों का अनुपात दिखाया गया।

(डी) कई संरेखण पर सीडी और एचसी नमूनों के बीच टेप के सामान्य और भिन्न सेट दिखाते हुए वेन आरेख। सीडी_ट्रांस, सीडी → एचसी मोबाइल आरएनए। कोर्ट _ट्रांस, एचसी → सीडी मोबाइल आरएनए।

( ई ) पाई चार्ट सीडी (बाहरी सर्कल) और एचसी (इनर सर्कल) ट्रांसक्रिप्टोम में मैप किए गए मोबाइल रीड्स के अनुपात को दिखाते हैं।