आरएनए-सेक आधारित डी नोवो ट्रांस्क्रिप्टोम असेंबली और सिस्टैंच डेजर्टिकोला मांसल स्टेम-Ⅱ की जीन खोज

जीन ऑन्टोलॉजी और केईजीजी डेटाबेस के आधार पर सभी व्यक्त प्रतिलेखों का कार्यात्मक वर्गीकरण

जीन ओन्टोलॉजी (जीओ) एनोटेशन यूनीप्रोट एनोटेशन और आइडेंटिटी एसोसिएशन फ़ाइल से प्राप्त किया गया था। कुल मिलाकर, 20,907 प्रतिलेख, जो कुल व्यक्त अनुक्रमों का 32.69% है, 1,745 कार्यात्मक शब्दों को सौंपे गए थे। कुल कार्यात्मक जीओ शर्तों में से, जैविक प्रक्रिया के असाइनमेंट में बहुमत (1,116, 63.95%) शामिल है, इसके बाद सेलुलर घटक (329, 18.85%) और आणविक कार्य (300, 17.20%) का स्थान आता है। व्यक्त प्रतिलेखों के निर्दिष्ट कार्यों में जीओ श्रेणियों की एक विस्तृत श्रृंखला शामिल है, और सबसे एनोटेटेड प्रतिलेखों के साथ शीर्ष 10 जीओ शब्द तालिका 3 में सूचीबद्ध किए गए थे। हम सभी व्यक्त प्रतिलेखों को तीन जीन ओन्टोलॉजी श्रेणियों (आणविक कार्य, सेलुलर घटक, और) में वितरण प्रदान करते हैं। जैविक प्रक्रिया) पूरक फ़ाइल (S3 डेटासेट) में। बाइंडिंग फ़ंक्शंस और ट्रांसफ़रेज़ गतिविधि से संबंधित जीओ शब्द मुख्य रूप से आणविक फ़ंक्शन श्रेणी में दर्शाए गए थे। बाइंडिंग फ़ंक्शंस के संबंध में, कटियन बाइंडिंग (4,394 ट्रांसक्रिप्ट) सबसे प्रचुर मात्रा में मौजूद है, इसके बाद न्यूक्लियोटाइड/न्यूक्लियोसाइड बाइंडिंग (औसतन 3,404 ट्रांसक्रिप्ट) और प्रोटीन बाइंडिंग (2,422 ट्रांसक्रिप्ट) आते हैं। जबकि ट्रांसफ़रेज़ गतिविधि समूह में, सबसे अधिक फॉस्फोरस युक्त समूहों को स्थानांतरित करने वाले लोग हैं (2,256 प्रतिलेख, 65.77%)। सेलुलर घटक श्रेणी में, प्रतिलेख अधिक इंट्रासेल्युलर (औसतन 10,581 प्रतिलेख) स्थित थे, जबकि जैविक प्रक्रिया श्रेणी के बीच, प्रतिलेख बायोपॉलिमर चयापचय प्रक्रिया (औसतन 6,683 प्रतिलेख) में अधिक शामिल थे, इसके बाद सेलुलर प्रक्रिया का विनियमन (4,841 प्रतिलेख) हुआ। ), जीन अभिव्यक्ति (4,678 प्रतिलेख) और परिवहन (3,512 प्रतिलेख)।

अल्जाइमर रोग की रोकथाम के लिए प्राकृतिक सिस्टान्चे ट्यूबुलोसा PHGS75% ECH 30% ACT 12%

लिग्निन और पीएचजी के जैवसंश्लेषण में शामिल जीनों की खोज के लिए, केईजीजी डेटाबेस में 13 पौधों के जीवों के जीन अनुक्रमों के खिलाफ 21,358 गैर-अनावश्यक संभावित प्रोटीन अनुक्रमों की खोज की गई, और उन्हें कम से कम 5 हिट के साथ 275 केईजीजी मार्गों को सौंपा गया। सर्वाधिक संरेखित अनुक्रम वाले शीर्ष 10 मार्ग तालिका 4 में सूचीबद्ध हैं। अधिकांश मार्ग प्राथमिक चयापचय प्रक्रियाओं में शामिल थे, जैसे अमीनो एसिड या प्रोटीन चयापचय (ko01230, ko04141, और ko04120), कार्बोहाइड्रेट चयापचय (ko01200 और ko00500), और न्यूक्लियोटाइड या न्यूक्लियोसाइड चयापचय (ko03018, ko00230, और ko00240)। इसके अलावा, 27 माध्यमिक चयापचय-संबंधित मार्ग हैं (चित्र 2), जैसे टेरपेनॉइड बैकबोन बायोसिंथेसिस, फेनिलप्रोपेनॉइड बायोसिंथेसिस, कैरोटीनॉइड बायोसिंथेसिस, आइसोक्विनोलिन एल्कलॉइड बायोसिंथेसिस, और ट्रोपेन, पाइपरिडीन और पाइरीडीन एल्कलॉइड बायोसिंथेसिस। ये परिणाम इस बात का और संकेत देते हैं कि सक्रिय चयापचय प्रक्रियाएं चल रही थींसी. डेजर्टिकोलातना ऊतक. KEGG पथों से जुड़े सभी व्यक्त प्रतिलेख पूरक फ़ाइल (S4 डेटासेट) में सूचीबद्ध किए गए थे। हालाँकि सी. डेजर्टिकोला और अन्य पौधों, जैसे कि चावल (एस5 डेटासेट) के बीच कुछ महत्वपूर्ण रूप से बदले हुए रास्ते हैं, इस अध्ययन में हमारा मुख्य लक्ष्य सी. डेजर्टिकोला स्टेम की संपूर्ण ट्रांसक्रिपटोम प्रोफ़ाइल को प्रकट करना और पीएचजी जैवसंश्लेषण के संबंधित मार्गों को चित्रित करना है। जो खेती के मार्गदर्शन के लिए उपयोगी हो सकता है।

लिग्निन के जैवसंश्लेषण में शामिल एंजाइमों को एन्कोडिंग करने वाले अभ्यर्थी जीन

लिग्निन पादप साम्राज्य में दूसरा सबसे प्रचुर प्राकृतिक स्थलीय बहुलक है, जो पादप कोशिका दीवारों में पाई जाने वाली सामग्री का एक तिहाई हिस्सा बनाता है। कोशिका दीवारों के एक महत्वपूर्ण घटक के रूप में, लिग्निन जल परिवहन में मदद करते हैं, यांत्रिक सहायता और संरचनात्मक अखंडता प्रदान करते हैं, और रोगजनकों और शाकाहारी जीवों से बचाव करते हैं। रेगिस्तान में सी. डेजर्टिकोला की भूमिगत स्तंभन वृद्धि का समर्थन करने में लिग्निन की वे भूमिकाएँ बहुत मूल्यवान हैं। इस अध्ययन में, हमने सी. डेजर्टिकोला (चित्र 3) में लिग्निन जैवसंश्लेषण मार्गों की पूरी तस्वीर प्रस्तुत की, जिसमें लिग्निन मोनोमर्स को हाइड्रॉक्सिलेशन, मिथाइलेशन, कमी और ऑक्सीडेटिव पोलीमराइजेशन प्रक्रिया सहित एंजाइमेटिक प्रतिक्रियाओं की एक श्रृंखला के माध्यम से फेनिलएलनिन से जैवसंश्लेषित किया जाता है। लिग्निन जैवसंश्लेषण-संबंधी एंजाइमों का पता संवहनी ऊतक (पी-हाइड्रॉक्सिल-फिनाइल (एच), गुआएसिल (जी) और सिरिंजाइल (एस) लिग्निन) और 5-हाइड्रॉक्सिल-गुआएसिल लिग्निन में मुख्य रूप से संश्लेषित रूपों के लिए लगाया गया था, जिनकी केवल पहचान की गई थी COMT में (कैफ़ीक एसिड 3-O-मिथाइलट्रांसफेरेज़, EC 2.1.1.68) कमी वाले (जैसे नॉक-डाउन) पौधे।

फेनिलएलनिन अमोनिया-लायस (पीएएल, ईसी 4.3.1.24) लिग्निन बायोसिंथेसिस मार्ग (चित्र 3) में पहला प्रमुख एंजाइम है जो गैर-ऑक्सीडेटिव डीमिनेशन द्वारा फेनिलएलनिन को सिनामिक एसिड में बदल देता है। कुल 6,297 पीएएल रीड्स को अनुक्रमित किया गया और 7 पीएएल प्रतिलेखों को सी. डेजर्टिकोला (तालिका 5) में इकट्ठा किया गया। अनुक्रम समानताओं की तुलना से, हमने पाया कि उनमें से 4 (comp28550_c1_seq1/2/3/5) में सी. डेजर्टिकोला (gi|) के ज्ञात mRNA अनुक्रम के साथ 95% से अधिक समानता थी। 289595227|gb|ADD12041.1|), जबकि comp{22}}c1_seq4 और comp{25}}c0_seq1 में क्रमशः 77% और 82% समानताएं थीं। ओआरएफ की भविष्यवाणी से पता चला कि 5 प्रतिलेखों में प्रोटीन को एन्कोड करने की क्षमता थी और इसे एरोमैटिक अमीनो एसिड लाइसेज़ डोमेन (PF00221.14) के साथ ले जाया गया था। उनमें से, केवल COMP28550_c1_seq4 प्रतिलेख 718 अमीनो एसिड अवशेषों के पूर्ण प्रोटीन अनुक्रम को एन्कोड कर सकता है। यह बताया गया है कि अधिकांश पौधों की प्रजातियों में PAL को एक छोटे बहुजीन परिवार द्वारा एन्कोड किया गया था, जैसे कि अरेबिडोप्सिस थालियाना में 4, पोपुलस ट्राइकोकार्पा में 5, स्कुटेलरिया बैकलेंसिस में 3, और 7 कुकुमिस सैटिवस, आदि। हमारे फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण ने सुझाव दिया कि 4 थे सी में पाल-एन्कोडिंग जीन।

डेजर्टिकोला और हमने उन्हें क्रमशः CdPAL1, CdPAL2, CdPAL3 और CdPAL4 नाम दिया है (S2 चित्र)। 4-कौमरेट-सीओए लिगेज (4सीएल, ईसी 6.2.1.12) और ट्रांस-सिनामेट 4-मोनोऑक्सीजिनेज (सीवाईपी73ए, ईसी 1.14.13.11) दो एंजाइम हैं जो सिनामिक एसिड को डाइकौमारोल-सीओए में दो रिवर्स में बदलने के लिए जिम्मेदार हैं। आदेश. वे बैकबोन में भी हैं, और उनकी अभिव्यक्ति एफपीकेएम मान क्रमशः 39.57 और 51.93 हैं।

चार प्रकार के लिग्निन को विभिन्न मार्गों द्वारा जैवसंश्लेषित किया गया था, जिन्हें तीन प्रमुख एंजाइमों, सिनामॉयल-सीओए रिडक्टेस (सीसीआर, ईसी 1.2.1.44), शिकिमेट ओ-हाइड्रॉक्सीसिनमोयलट्रांसफेरेज़ (एचसीटी, ईसी 2.3.1.133), और फेरुलेट {{1{ द्वारा नियंत्रित किया गया था। {56}}}}हाइड्रॉक्सीलेज़ (एफ5एच, ईसी 1.14.-.-)। सीसीआर को लिग्निन मार्ग के नियंत्रण बिंदु के रूप में रिपोर्ट किया गया था [50, 51] जिसने एक्स-सीओए (एक्स जिसमें डिकौमरोल, कैफॉयल, फेरुलॉयल, 5- हाइड्रॉक्सिल-फेरुलॉयल और सिनापोयल शामिल हैं) को वाई-एल्डिहाइड (पी सहित वाई) में उत्प्रेरित किया। -कौगर, कैफॉयल, कोनिफेरिल, 5-हाइड्रॉक्सिल-कोनिफेरिल, और स्नैप), जबकि एचसीटी ने पी-कौमारोयल-सीओए को पी-कौमारोयल शिकिमिक एसिड/पी-कौमारोयल क्विनिक एसिड में उत्प्रेरित किया। दो एंजाइम, एक स्विच की तरह, पी-हाइड्रॉक्सिल-फिनाइल लिग्निन या अन्य तीन प्रकार के लिग्निन के जैवसंश्लेषण को नियंत्रित करते हैं। F5H एक अन्य शाखा स्विच था जो सिरिंजाइल लिग्निन और 5-हाइड्रॉक्सिल-गुआएसाइल लिग्निन को नियंत्रित करता था। कैफिक एसिड 3-ओ-मिथाइलट्रांसफेरेज (सीओएमटी, ईसी 2.1.1.68), कैफॉयल-सीओए ओ-मिथाइलट्रांसफेरेज़ (सीसीओएओएमटी, ईसी 2.1.1.104), और सिनामाइल-अल्कोहल डिहाइड्रोजनेज (सीएडी, ईसी 1.1.1.195) सहित अन्य महत्वपूर्ण एंजाइम ) भी व्यक्त किए गए पाए गए। विस्तृत अभिव्यक्ति जानकारी तालिका 6 में सूचीबद्ध है। इस अध्ययन में पहचाने गए ये एंजाइम जीन इस महत्वपूर्ण औषधीय पौधे में कार्यात्मक जीनोमिक अध्ययन के लिए एक मूल्यवान संसाधन प्रदान करेंगे। तालिका 6 में लिग्निन जैवसंश्लेषण मार्ग से संबंधित 10 जीनों को हमारे आरएनएसेक परिणामों (चित्र 4) की पुष्टि करने के लिए आरटी-क्यूपीसीआर सत्यापन के लिए चुना गया था, और उनके उच्च सहसंबंध (पियर्सन सहसंबंध गुणांक: 0.90343) ने हमारे ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण की उच्च सटीकता और प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता का संकेत दिया था। S1 डेटासेट इस विश्लेषण में प्रयुक्त प्राइमर अनुक्रमों को सूचीबद्ध करता है।

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उम्मीदवार जीन पीएचजी के जैवसंश्लेषण में शामिल एंजाइमों को एन्कोडिंग करते हैं

फेनिलएथेनॉइड ग्लाइकोसाइड्स (पीएचजी) को सी. डेजर्टिकोला में प्राथमिक सक्रिय तत्व के रूप में जाना जाता है, जो यौन शक्ति में सुधार, मुक्त कणों को खत्म करने और बुढ़ापा रोधी गतिविधियों के साथ होता है। पीएचजी के तीन रासायनिक घटक कार्बनिक अम्ल, सैकराइड और फेनिलएथेनॉल एग्लिकॉन हैं (चित्र 3)। कैफिक एसिड, फेरुलिक एसिड और कौमालिक एसिड सहित कार्बनिक अम्ल फेनिलप्रोपेनॉइड जैवसंश्लेषण मार्ग के उत्पाद हैं। ग्लूकोज और रैम्नोज सहित सैकराइड के घटक कार्बोहाइड्रेट चयापचय मार्गों के उत्पाद हैं, जैसे स्टार्च और सुक्रोज चयापचय, अमीनो शर्करा और न्यूक्लियोटाइड शर्करा चयापचय, फ्रुक्टोज और मैनोज चयापचय, आदि। हालांकि, फेनिलएथेनॉल भाग का जैवसंश्लेषण मार्ग अभी तक स्पष्ट नहीं है। यहां, हमने अपने अनुक्रम डेटा के आधार पर दो संभावित फेनिलएथेनॉल जैवसंश्लेषण मार्ग प्रस्तावित किए हैं। एक रिपोर्ट किया गया कैफिक एसिड या फेरुलिक एसिड मार्ग है, जिसे सिनामिक एसिड मार्ग के रूप में भी जाना जाता है जो लिग्निन बायोसिंथेसिस बैकबोन मार्ग के समान है। दूसरा फेनिलएलनिन चयापचय मार्ग (चित्र 3) पर आधारित है, जिसमें फेनिलएलनिन से फेनिलएथेनॉल एक ज्ञात 'एनरलिच मार्ग' द्वारा प्राप्त किया गया था जो पहली बार एक सदी पहले खमीर में पाया गया था और पेटुनिया फूलों, टमाटर और गुलाब में मान्य था। एस्पार्टेट/टायरोसिन एमिनोट्रांस्फरेज़, हिस्टिडाइन-फॉस्फेट एमिनोट्रांस्फरेज़ और प्राथमिक-अमीन ऑक्सीडेज को एन्कोडिंग करने वाले चार एंजाइम जीन, जो फेनिलएलनिन को फेनिलएथेनॉल में बदलने के लिए जिम्मेदार हैं, सी. डेजर्टिकोला के तने में व्यक्त पाए गए थे। फिनाइल इथेनॉल के उत्पाद को मोनोऑक्सीजिनेज द्वारा आगे ऑक्सीकरण किया जा सकता है या मिथाइलट्रांसफेरेज़ द्वारा मिथाइलेट किया जा सकता है, जो इसके व्युत्पन्न (फिनाइल इथेनॉल एग्लिकॉन) में होता है जो पीएचजी जैवसंश्लेषण में भाग लेते हैं। संक्षेप में, फेनिलएथेनॉल एग्लिकॉन के दो अनुमानित जैवसंश्लेषण मार्ग प्रस्तावित किए गए थेसी. डेजर्टिकोलालेकिन अभी और अध्ययन की जरूरत है।

विचार विमर्श

हाल के वर्षों में, अगली पीढ़ी की अनुक्रमण तकनीक के अनुप्रयोग के साथ पादप जीनोमिक्स तेजी से विकसित हुआ है, जबकि कुछ शोध रेगिस्तानी औषधीय पौधों के जीनोमिक्स पर केंद्रित हैं। सूखे और लवणता वाले वातावरण में इसके अनुकूलन और प्रमुख जैव सक्रिय घटकों के जैवसंश्लेषण मार्ग को समझने के लिए जीनोमिक या ट्रांसक्रिप्टोमिक अनुसंधान करना तत्काल आवश्यक है। कुछ चिकित्सा पौधों के लिए डे नोवो ट्रांस्क्रिप्टोम खोज,

जैसे कि पैनाक्स जिनसेंग, जिन्कगो बिलोबा और ग्लाइसीराइज़ा यूरालेंसिस का पहली बार लंबे समय तक पढ़ी जाने वाली लंबाई के लिए रोश 454 प्लेटफॉर्म का उपयोग करके उपयोग किया गया है। लघु रीड्स के साथ प्रभावी असेंबली क्षमता के कारण, विशेष रूप से सुविधायुक्त युग्मित-अंत रीड्स के कारण, इलुमिना-आधारित ट्रांस्क्रिप्टोम अनुक्रमण और असेंबली का भी मॉडल और गैर-मॉडल जीवों के लिए बड़े पैमाने पर उपयोग किया गया है। वर्तमान अध्ययन में, हमने 101 बीपी पेयर-एंड रीड्स में से लगभग 8जी उत्पन्न किया और 725 बीपी औसत लंबाई के साथ लंबे यूनिजीन अनुक्रम तैयार किए। बड़े पैमाने पर स्टेम-विशिष्ट ट्रांस्क्रिप्टोम डेटा उपयोगी संदर्भ डेटा प्रदान कर सकता है और इसका उपयोग सी. डेजर्टिकोला के बायोएक्टिव घटकों के द्वितीयक चयापचय को खनन करने के लिए किया जा सकता है। कुल कच्चे रीड्स का 81.62% असेंबली से पहले कड़े गुणवत्ता वाले फिल्टर (एडेप्टर ट्रिमिंग और निम्न-गुणवत्ता वाले रीड्स डिस्कार्डिंग सहित) से गुजरा है, जो हमारे अनुक्रमण डेटा की उच्च गुणवत्ता का सुझाव देता है, और 82.08% उच्च-गुणवत्ता वाले रीड्स असेंबली के लिए उपयोगी थे। अन्य रीडिंग जो असेंबली के लिए उपयोग करने में विफल रहीं, अनुक्रमण त्रुटियों, असेंबली पैरामीटर आदि से आ सकती हैं। वे अप्रयुक्त उच्च-गुणवत्ता वाले रीड भविष्य में किसी अन्य प्लेटफ़ॉर्म (जैसे रोश 454) से लंबे समय तक पढ़ने के साथ संयुक्त रूप से डे नोवो असेंबली को बेहतर बनाने में सहायक बने रहे।

यौन क्रिया में सुधार के लिए प्राकृतिक सिस्टान्चे ट्यूबुलोसा PHGS75% ECH 30% ACT 12%

बड़ी संख्या में एकत्रित प्रतिलेखों (30,098) ने सार्वजनिक डेटाबेस में ज्ञात जीनों के साथ उच्च अनुक्रम समानताएं दिखाईं, जिससे पता चलता है कि हमारे इलुमिना-आधारित युग्मित-अंत डेटा में सी. डेजर्टिकोला के प्रतिलेखों का एक बड़ा हिस्सा शामिल है। बिना ब्लास्ट हिट वाले ट्रांस्क्रिप्ट 3' या 5' अअनुवादित क्षेत्रों, गैर-कोडिंग आरएनए, या सी. डेजर्टिकोला के नए जीन अनुक्रमों के कारण हो सकते हैं। व्यक्त प्रतिलेखों को जीओ श्रेणियों और केईजीजी मार्गों (तालिका 3 और 4) की एक विस्तृत श्रृंखला के लिए एनोटेट किया गया था, जिसमें कई प्रतिलेखों को माध्यमिक चयापचय-संबंधित मार्गों को सौंपा गया था। जैसा कि हम जानते हैं, फेनिलप्रोपेनॉइड एक भूमिगत जीवन शैली के लिए महान लाभकारी के साथ एक प्रेरक रोगाणुरोधी यौगिक के रूप में कार्य कर सकता है [1], और इसकी औषधीय उपयोगिता के अलावा पौधे-सूक्ष्मजीव इंटरैक्शन में एक संकेत अणु के रूप में भी कार्य करता है [68, 69]। टेरपेनॉइड का उपयोग बायोएक्टिव घटकों (जैसे कि 6- डीऑक्सीकैटलपोल) के जैवसंश्लेषण के लिए किया जाता है [70]। हमने पाया कि फेनिलप्रोपेनॉइड और टेरपेनॉइड बैकबोन बायोसिंथेसिस मार्ग में शामिल जीन सी. डेजर्टिकोला में अत्यधिक प्रचुर मात्रा में थे। इससे भी महत्वपूर्ण बात यह है कि लिग्निन जैवसंश्लेषण (चित्र 3) के अच्छी तरह से प्रस्तुत मार्गों की खोज ने सी. डेजर्टिकोला स्टेम में लिग्निन की सक्रिय चयापचय प्रक्रिया का संकेत दिया। लिग्निन (चित्र 3) के जैवसंश्लेषण में शामिल सभी ज्ञात एंजाइम जीनों को व्यक्त किया गया था, और PAL, CCR, HCT, और F5H सहित चार प्रमुख एंजाइमों की तुलना में कम अभिव्यक्ति प्रचुरता (क्रमशः FPKM 26.47, 3.89, 3.4 और 3.83) थी। अन्य एंजाइम जीन (तालिका 6)। उन तीन जीनों की अभिव्यक्ति में परिवर्तन सी. डेजर्टिकोला में लिग्निन उत्पादन को प्रभावित कर सकता है या नहीं, यह आगे के अध्ययन के योग्य है। पीएएल लिग्निन जैवसंश्लेषण में एक प्रमुख एंजाइम है और यह फेनिलप्रोपेनॉइड, रेस्वेराट्रोल, फ्लेवोनोइड और कूमरिन [71-74] के जैवसंश्लेषण में भी शामिल है। हमने सी. डेजर्टिकोला जीनोम (एस2 अंजीर) में चार अलग-अलग पीएएल जीनों का पता लगाया, जो इस बात से मेल खाता था कि पीएएल को एक छोटे मल्टीजीन परिवार [39, 43, 45-49] द्वारा एन्कोड किया गया था और आगे यह साबित हुआ कि यह चयापचय कार्बन प्रवाह में महत्वपूर्ण भूमिका निभा सकता है। .

सी. डेजर्टिकोला में PhG प्राथमिक सक्रिय घटक है। फेनिलथेनॉल के जैवसंश्लेषण में शामिल जीन सी. डेजर्टिकोला की गुणवत्ता के लिए महत्वपूर्ण हैं। हमने सी. डेजर्टिकोला स्टेम में फिनाइल इथेनॉल के दो अलग-अलग जैवसंश्लेषण पथ और पीएचजी जैवसंश्लेषण में शामिल 17 एंजाइम जीन का पता लगाया। संभावित पोस्ट-कैफीक/फेरुलिक एसिड प्रक्रियाएं (चित्र 3) भी पहली बार संबंधित एंजाइमों के मध्यवर्ती और उत्प्रेरक गुणों के संरचनात्मक सूत्र के आधार पर निकाली गई थीं, जिसमें कैफिक/फेरुलिक एसिड को पहले फेनिलपाइरूवेट व्युत्पन्न में ऑक्सीकरण किया जाएगा; फिर, कार्बोक्सिल समूह डिकार्बोक्सिलेज से वंचित हो गया; अंत में, डिहाइड्रोजनेज द्वारा एल्डिहाइड समूह को वापस अल्कोहल समूह में परिवर्तित कर दिया गया। यह सी. डेजर्टिकोला के संपूर्ण प्रतिलेख की जांच करने और संदर्भ जीनोम के बिना आरएनए-सीक रीड्स को इकट्ठा करने के लिए इलुमिना युग्मित-अंत अनुक्रमण तकनीक का पहला अनुप्रयोग है। यह अध्ययन भविष्य में सी. डेजर्टिकोला पर कार्यात्मक जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स अनुसंधान के लिए उपयोगी संसाधन और जीन अनुक्रम प्रदान करेगा।

निष्कर्ष

इस अध्ययन में, हमने उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण डेटा के आधार पर सी. डेजर्टिकोला स्टेम के ट्रांसक्रिप्टोम को प्रोफाइल किया, लिग्निन के जैवसंश्लेषण मार्गों में शामिल जीन की पहचान की, और पहली बार पीएचजी के संभावित जैवसंश्लेषण मार्ग का भी अनुमान लगाया, जो निश्चित रूप से समझ में तेजी लाएगा। अस्पष्ट शारीरिक प्रक्रियाओं और आणविक स्तर पर महान औषधीय महत्व का। अब तक, सी. डेजर्टिकोला स्टेम के संपूर्ण प्रतिलेख को नए सिरे से इकट्ठा करने और इलुमिना-आधारित अनुक्रमण डेटासेट का उपयोग करके औषधीय घटकों के जैवसंश्लेषण मार्ग का पता लगाने का यह पहला प्रयास है। हमारा अध्ययन प्राकृतिक औषधियों के विकास और औषधीय गुणों वाली किस्मों के चयन को बढ़ावा दे सकता है।

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