अमूर्त:का उपयोग करते हुएसभापतिपरीक्षण सामग्री के रूप में दो मेजबान पौधों (Haloxylon Ammodendron और atriplex canescens) परजीवी, इस अध्ययन ने फिनोल-सल्फ्यूरिक एसिड विधि का उपयोग करके विभिन्न मेजबानों से सी। डेजर्टिकोला में पॉलीसेकेराइड सामग्री का निर्धारण किया। ट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण और हैलोक्सिलोन-सिस्टंच का विश्लेषण औरअटैलेक्स-सिस्चच एसोसिएशनIllumina Novaseq 6000 अनुक्रमण प्लेटफॉर्म का उपयोग करके आयोजित किया गया था। अनुसंधान ने विभिन्न मेजबानों से सी। डेजर्टिकोला में ट्रांसक्रिपटोम अंतर की जांच पर ध्यान केंद्रित किया, पॉलीसेकेराइड चयापचय में शामिल प्रमुख एंजाइमेटिक जीन की स्क्रीनिंग, और क्यूआरटी-पीसीआर सत्यापन के माध्यम से चयनित जीनों को मान्य किया। इस अध्ययन का उद्देश्य नए मेजबान पौधों की खोज और सी। डेजर्टिकोला के आनुवंशिक सुधार के लिए एक सैद्धांतिक आधार प्रदान करना है। परिणाम से पता चला कि एट्रिप्लेक्स क्वाड्रिप्टेरा- c.deserticola में पाई जाने वाली पॉलीसेकेराइड सामग्री हैलोक्सिलोन अम्मोडेंड्रोन-सी में मौजूद है। डेजर्टिकोला। ट्रांसक्रिपटोम के तुलनात्मक विश्लेषण के माध्यम से, 14089 विभेदित रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) को एट्रिप्लेक्स क्वाड्रिप्टेरा-सी के मांसल तनों से जांच की गई थी। डेजर्टिकोला और हैलोक्सिलोन अम्मोडेंड्रोन-सी। डेजर्टिकोला। केईजीजी संवर्धन विश्लेषण के परिणामों से पता चला कि ये डीईजी सबसे प्रमुख रूप से कार्बोहाइड्रेट चयापचय, गैलेक्टोज चयापचय, एमिनो एसिड चयापचय और फैटी एसिड चयापचय से संबंधित मार्गों में समृद्ध थे। इसके अलावा, पॉलीसेकेराइड चयापचय से संबंधित चार मार्गों से कुल 26 डिग्री प्राप्त किए गए थे, जिनमें हॉलोक्सिलोन अम्मोडेंड्रोन -सी में फ्रुक्टोसिडेज़ जीन और -गालैक्टोसिडेज़ जीन की अभिव्यक्ति का स्तर। डेजर्टिकोला एट्रिप्लेक्स क्वाड्रिप्टेरा-सी की तुलना में काफी अधिक था। डेजर्टिकोला। UDP-glucose dehydrogenase जीन और Mannose -1- फॉस्फेट guanylate ट्रांसफ़रेज़ जीन की अभिव्यक्ति स्तर -1- atriplex quadriptera-c में। हैलोक्सिलोन अम्मोडेंड्रोन-सी की तुलना में डेजर्टिकोला काफी अधिक था। डेजर्टिकोला, जो सी। डेजर्टिकोला में पॉलीसेकेराइड चयापचय के अंतर को विनियमित करने के लिए प्रमुख एंजाइम जीन हो सकता है।

कीवर्ड सभापति; प्रतिलेखन अनुक्रमण; मेजबान; पॉलीसेकेराइड चयापचय का अंतर

सभापति

 

Cistanche deserticola yc ma, मुख्य रूप से वितरित किया गयागांसु, शिनजियांग, निंगक्सिया, और इनर मंगोलिया, हाल ही में शामिल एक पारंपरिक चीनी औषधीय जड़ी बूटी है"औषधीय और भोजन समरूप"कैटलॉग। इसके विभिन्न स्वास्थ्य लाभ हैं, जैसेकिडनी यांग को टोन करना, सार और रक्त का पोषण करना, और आंत्र आंदोलनों को बढ़ावा देना, इसे व्यापक रूप से लागू करनाचिकित्सा, स्वास्थ्य सेवा और खाद्य उद्योग[१]। होने के कारण इसकीहेटेरोट्रॉफ़िक प्रकृति, सभापतिअलग -अलग मेजबान पौधों के साथ परजीवीहल्काऔर नव परिचय दियाअर्धविराम झाड़ीअटारस(परश) नट।इसके प्राथमिक मेजबान होने के नाते।

पॉलीसेकेराइड मूल्यांकन में प्रमुख सक्रिय पदार्थ हैंसभापतिगुणवत्ता। विभिन्न मेजबान शर्तों के तहत,संचय और चयापचय रचनाकासिसकलापॉलीसैकराइड काफी भिन्न होते हैं [2]। चिकित्सा अनुसंधान ने प्रदर्शित किया है किसिसकलापोलिसैकेराइड के पासएंटीऑक्सिडेंट, न्यूरोप्रोटेक्टिव, इम्यून-रेगुलेटिंग, और मेमोरी-बढ़ाने वालाऔषधीय प्रभाव, प्रभावी रूप से कम करनाअल्जाइमर रोग, पार्किंसंस रोग, और यकृत अवसाद-प्रेरित तिल्ली की कमी[३]। आधुनिक में प्रगति के साथनिष्कर्षण तकनीक और बहु-स्पेक्ट्रम विश्लेषण प्रौद्योगिकियां,सामग्री, रचना और संरचनात्मक विशेषताएंकासिसकलापॉलीसैकराइड्स को धीरे -धीरे स्पष्ट किया जा रहा है, अपने अनुप्रयोगों का विस्तार कर रहा है।

के अनुसारआणविक जीव विज्ञान अनुसंधानपरसिसकलाप्रजातियां, ट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण अध्ययन मुख्य रूप से ध्यान केंद्रित किया हैसिसकलाऔरहैलोक्सिलोन-सिसकलाजटिल प्रणाली।उदाहरण के लिए,होउ एट अल।[४] प्रदर्शन कियापूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण और जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलिंगकासिसकलाका उपयोग करते हुएPACBIO और BGISEQ -500 RNA-SEQ Technologies, पहचान237,772 अद्वितीय टेपऔर स्क्रीनिंग कुंजी एंजाइम जीन में शामिलफेनिलिथेनॉइड ग्लाइकोसाइड बायोसिंथेसिस। इसी तरह,फेंग एट अल।[५] आयोजित किया गयाप्रतिलेखन और चयापचय विश्लेषणहस्टोरिया और आसन्न ऊतकों केहैलोक्सिलोन जड़ें औरसिसकलामांसल उपजी, के संचय में मेजबान की भूमिका का खुलासासिसकलामेटाबोलाइट्स। उनके अध्ययन ने जोर दिया किमेजबान संयंत्र न केवल की उपज को प्रभावित करता हैसिसकलालेकिन इसकी गुणवत्ता भी। हालांकि, अनुसंधान पर शोधसिसकलाविभिन्न मेजबान पौधों को परजीवी करना सीमित रहता है।

अटारस, a गहरी जड़ें और अत्यधिक तनाव-प्रतिरोधी पौधे, पारंपरिक से अलग हैहैलोक्सिलोन मेजबानऔर से उत्पन्न होता हैमध्य संयुक्त राज्य अमेरिका के अर्ध-शुष्क पठार। हाल के वर्षों में, इसे पेश किया गया है और एक के रूप में बढ़ावा दिया गया हैके लिए नया मेजबानसभापतिखेतीमेंनॉर्थवेस्ट चाइना. एक किंग एट अल।[६] विश्लेषण और तुलना की गईपोलिसैकेराइड संचयसिसकलापरजीवी हैलोक्सिलोन और एट्रिप्लेक्स कैनसेन्सएक ही उत्पादन क्षेत्र में, खोजपॉलीसेकेराइड सामग्री में महत्वपूर्ण अंतरदो मेजबान स्थितियों के बीच।

इस प्रकार, इस अध्ययन का उद्देश्य हैके मांसल उपजी को अनुक्रमित करेंसभापतिपरजीवी हैलोक्सिलोन और एट्रिप्लेक्स कैनसेन्स, विश्लेषण कर रहा हैपॉलीसेकेराइड बायोसिंथेसिस में शामिल प्रमुख एंजाइम जीन की विभेदक अभिव्यक्ति। निष्कर्ष एक प्रदान करेंगेआगे के शोध के लिए सैद्धांतिक फाउंडेशनसिसकलापॉलीसैकराइड बायोसिंथेसिस तंत्र, एट्रिप्लेक्स पर ट्रांसक्रिपटोमिक अध्ययन समृद्ध-सिसकलासिस्टम, और उच्च गुणवत्ता में नवाचार को बढ़ावा देनासिसकलाजर्मप्लाज्म संसाधन।

 

सामग्री और तरीके

1.1 प्रायोगिक सामग्री

सभापतिपरजीवी नमूनेहल्काऔरअटारससे एकत्र किए गए थेसिसकलाखेती का आधारXIQUAN TOWN, JINGTAI COUNTY, GANSU प्रांत(अक्षांश36 डिग्री 5 'एन, देशांतर103 डिग्री 42 'ई)। दोनोंहल्केलेनऔरअटारसउसी वातावरण में खेती की गई। नमूनों को वर्गीकृत किया गया थाहैलोक्सिलोन-सिसकला(नमूना ए)औरअत्रिप्लेक्स-सिसकला(नमूना एच),प्रत्येक श्रेणी के लिए तीन प्रतिकृति के साथ (प्रति प्रतिकृति पांच पौधे)। नमूनाकरण में आयोजित किया गया थाअप्रैल 2024, और नमूनों की पहचान की गई थीसभापतिद्वारा मांसल बल्बप्रोफेसर गुओ येहोंगसेकृषि कॉलेज, गांसु कृषि विश्वविद्यालय.

निम्नलिखितशंघाई ओई बायोटेक कं, लिमिटेड के नमूने दिशानिर्देश।,सिसकलामांसल तनों को अल्ट्राप्योर पानी के साथ rinsed किया गया था, और फ़िल्टर पेपर का उपयोग करके अतिरिक्त नमी को हटा दिया गया था। पतली स्लाइस से लिया गया थाशीर्ष, मध्य और नीचेप्रत्येक स्टेम में से, अच्छी तरह से मिश्रित, और क्रायोजेनिक शीशियों में रखा गया। नमूने थेतरल नाइट्रोजन में तेजी से जमे हुएके लिए2 घंटेएक में स्थानांतरित होने से पहले-80 डिग्री फ्रीजरभंडारण के लिए [7]।

1.2 प्रायोगिक तरीके

1.2.1 मानक वक्र की स्थापना और पॉलीसेकेराइड सामग्री का निर्धारण

A 10 मिलीग्रामके नमूनेडी-ग्लूकोज मानकसटीक रूप से तौला गया और एक में भंग कर दिया गया100 एमएल वॉल्यूमेट्रिक फ्लास्कएक तैयार करने के लिए आसुत जल के साथ100 ug · Ml⁻⁻ स्टॉक समाधान। के अंशांकन समाधान{{0}}}। 2, 0। 4, 0।स्टॉक समाधान में स्थानांतरित कर दिया गया था10 एमएल स्टॉपरेड टेस्ट ट्यूब, पानी के साथ पतला1। 0 एमएल, और फिर के साथ मिश्रित1। 0 6% फिनोल समाधान का एमएलऔरकेंद्रित सल्फ्यूरिक एसिड के 5 मिलीलीटर। भंवर के बाद, समाधानों को उबलते पानी के स्नान में गर्म किया गया था20 मिनट, फिर बर्फ के पानी के स्नान में ठंडा किया गया10 मिनटों. A रिक्त नियंत्रणउपयोग करके तैयार किया गया था1। 0 एमएल डिस्टिल्ड वॉटरग्लूकोज समाधान के बजाय। अवशोषण को मापा गया था482 एन.एम.एक का उपयोगयूवी-विज़ स्पेक्ट्रोफोटोमीटर, और एमानक वक्रके साथ उत्पन्न हुआ थाएकाग्रता (x) क्षैतिज अक्ष के रूप मेंऔरऊर्ध्वाधर अक्ष के रूप में अवशोषण (y).

से एक संशोधित दृष्टिकोण के बादली जी एट अल। [8], 0। 2 ग्राम सूखेसिसकलापाउडरसटीक रूप से तौला गया और एक में रखा गया20 एमएल स्टॉपरेड टेस्ट ट्यूब. 80% इथेनॉल का 10 एमएलजोड़ा गया था, और मिश्रण के अधीन था30 मिनट के लिए 80 डिग्री (100 w, 40 kHz) पर अल्ट्रासोनिक निष्कर्षण। गर्म होने पर अर्क को फ़िल्टर किया गया था और प्रक्रिया को एक बार दोहराया गया था। अवशेष सूखने के बाद,10 मिलीलीटर आसुत जलजोड़ा गया था, और अल्ट्रासोनिक निष्कर्षण को दो बार दोहराया गया था। छानबाजों को संयुक्त और पतला किया गया था20 एमएलआसुत जल के साथ।1। 0 इस समाधान के mlआगे पतला था10 एमएलआसुत जल के साथ।

A 1। 0 ml aliquotतैयार किया हुआसिसकलाग्लूकोज मानक के समान प्रक्रिया का उपयोग करके नमूना समाधान का विश्लेषण किया गया था। पर अवशोषण482 एन.एम.मापा गया था, और की पॉलीसेकेराइड सामग्रीसिसकलाविभिन्न मेजबान पौधों से गणना की गई थी।

1.2.2 आरएनए निष्कर्षण, सीडीएनए पुस्तकालय निर्माण, और अनुक्रमण

कुल आरएनए से निकाला गया थासभापतिपरजीवी नमूनेहल्काऔरअटारसका उपयोगTiangen DP441 RNA किट (चीन)के बादतिकड़ी अभिकर्मक प्रोटोकॉल। आरएनए शुद्धता का मूल्यांकन एक के साथ किया गया थानैनोड्रॉप 2000 स्पेक्ट्रोफोटोमीटर (थर्मो साइंटिफिक, यूएसए), जबकि आरएनए एकाग्रता और अखंडता का मूल्यांकन एक का उपयोग करके किया गया थाAgilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, USA).

ट्रांसक्रिपटोम लाइब्रेरी का उपयोग करके बनाया गया थाVAHTS यूनिवर्सल V6 RNA-SEQ लाइब्रेरी प्रेप किट। के साथ गुणवत्ता नियंत्रण के बादएगिलेंट 2100 बायोएनाइज़र, पुस्तकालयों को अनुक्रमित किया गया थाइलुमिना नोवसेक 6000 प्लेटफॉर्म, उत्पादन150 बीपी युग्मित-अंत पढ़ता है.

1.3 डेटा विश्लेषण

1.3.1 ट्रांसक्रिपटोम असेंबली और कार्यात्मक एनोटेशन

में पढ़ता हैFastQ प्रारूपउपयोग करके संसाधित किया गया थाट्रिमोमेटिकदूर करनाPloy-N पढ़ता है और कम गुणवत्ता वाला पढ़ता है, जिसके परिणामस्वरूपस्वच्छ पढ़ता है। एडाप्टर अनुक्रम और कम गुणवत्ता वाले क्षेत्रों को हटा दिया गया था, और स्वच्छ रीड्स को इकट्ठा किया गया थाकांटा(व्यक्त अनुक्रम टैग) का उपयोग करनाट्रिनिटी सॉफ्टवेयर। प्रत्येक क्लस्टर से सबसे लंबी प्रतिलेख एक के रूप में चुना गया थाअनिच्छितआगे के विश्लेषण के लिए।

Unigenes के कार्यात्मक एनोटेशन की तुलना में उनकी तुलना करके किया गया थाNCBI नॉन-रेडंडेंट (NR) प्रोटीन डेटाबेस, स्विस-प्रोटोट, और जीन के विकासवादी वंशावली: गैर-सुपरवाइज्ड ऑर्थोलॉगस ग्रुप्स (AGNOG) डेटाबेसका उपयोग करते हुएडायमंड सॉफ्टवेयर (ई-वैल्यू <1e -5). यूकेरियोटिक ऑर्थोलॉगस ग्रुप्स (KOG) एनोटेशनसजातीय जीन की पहचान करने के लिए प्रदर्शन किया गया था। इसके अतिरिक्त, Unigenes को मैप किया गया थाजीन और जीनोम (केईजीजी) पाथवे के क्योटो इनसाइक्लोपीडियामेटाबोलिक पाथवे एनोटेशन के लिए।जीन ऑन्कोलॉजी (जीओ) वर्गीकरण और कार्यात्मक एनोटेशनस्विस-प्रोटेक्ट डेटाबेस से मैपिंग का उपयोग करके आयोजित किया गया था।

1.3.2 जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण और विभेदित रूप से व्यक्त की गई UNIGENES (DEG) की पहचान

जीन अभिव्यक्ति के स्तर का उपयोग करके निर्धारित किया गया थाबोवटाई2क्लीन को संरेखित करने के लिए Unigenes को पढ़ता है। अभिव्यक्ति मूल्यों की गणना की गई थीप्रति मिलियन मैप किए गए रीड्स (FPKM) प्रति किलोबीज़ प्रति किलोबीज़ प्रति किलोबीज़का उपयोग करते हुएएक्सप्रेस सॉफ्टवेयर। विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण का उपयोग करके किया गया थाDeseq2 सॉफ्टवेयर, साथनकारात्मक द्विपद वितरण (एनबी) परीक्षणमहत्व परीक्षण के लिए उपयोग किया जाता है। विभेदित रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) को उन लोगों के रूप में परिभाषित किया गया थाक्यू-वैल्यू <0। 05औरफोल्ड चेंज (एफसी)> 2.

1.3.3 QRT-PCR विभेदित रूप से व्यक्त जीन का सत्यापन

प्रमुख एंजाइम जीन में शामिलपोलिसैकेराइड बायोसिंथेसिससाथमहत्वपूर्ण अंतर अभिव्यक्तिके लिए चुने गए थेमात्रात्मक वास्तविक समय पीसीआर (क्यूआरटी-पीसीआर) सत्यापन। आरएनए नमूनों को गुणवत्ता-जाँच की गई थी, और रिवर्स ट्रांसक्रिप्शन से पहले ओडी मूल्यों को मापा गया था। सीडीएनए संश्लेषण का उपयोग करके किया गया थाQPCR किट के लिए ट्रांसस्क्रिप्ट ऑल-इन-वन फर्स्ट-स्ट्रैंड सीडीएनए सिंथेसिस सुपरमिक्स। संश्लेषित सीडीएनए पतला था10- गुना, और QRT-PCR का उपयोग करके आयोजित किया गया थाफ्लोरोसेंट क्यूपीसीआर तंत्रविभिन्न साइकिलिंग स्थितियों के तहत।ACTB (बीटा-एक्टिन) का उपयोग आंतरिक संदर्भ जीन के रूप में किया गया था, और सापेक्ष जीन अभिव्यक्ति के स्तर की गणना का उपयोग करके गणना की गई थी2.

 

तालिका 1 प्राइमर अनुक्रम

जीन आईडी	जीन नाम	फॉरवर्ड प्राइमर (5 '-3')	रिवर्स प्राइमर (5 '-3')
ट्रिनिटी _ dn 21412_ c 0_ g 1_ i 1_2	जीएमपीपी	Gatagtggctacaacatccactt	CCTCCTCTTCGTCGTAGGATTC
ट्रिनिटी _ dn 30174_ c 0_ g 1_ i 17_2	पीएफपी	Tatatgggaccatggaaccaa	Gaccataggccgtgatcgatc
ट्रिनिटी _ dn 25715_ c 0_ g 2_ i 4_1	उगध	Aaagatcttccagttcgtaagc	Accaattcgttgatgctacc
ट्रिनिटी _ dn 28766_ c 1_ g 1_ i 6_1	लैक्ज़	GTCTCCTTTTTATTCGTGAGGAT	GTCGATGGGTGGTGAAGCAGAT
ट्रिनिटी _ dn 24102_ c 0_ g 6_ i 1_1	सैका	TTACGAGGAGATAGTGAGGTGCTA	Aatggaagatgaggaggttga
ट्रिनिटी _ dn 21508_ c 1_ g 2_ i 4_2	लैक्ज़	जीजीसीएसीएजीटीसीएएजीजीएजीटीएसीजीएटीजी	Cactggcatcgacgaggaagaag
-	एक्टब	Caatggatgatgatatcgccgcgt	Cactggcatcgacgaggaagaag

 

 

1.4 डेटा विश्लेषण

के पदानुक्रमित क्लस्टरिंग विश्लेषणविभेदित रूप से व्यक्त जीन (डीईजी)उपयोग किया गया थाR (v3.2.0)समूहों और नमूनों में जीन अभिव्यक्ति पैटर्न की कल्पना करने के लिए। गो (जीन ऑन्कोलॉजी) संवर्धन विश्लेषण औरKEGG (जीन और जीनोम के क्योटो एनसाइक्लोपीडिया) पाथवे संवर्धन विश्लेषणउपयोग करके आयोजित किए गए थेR, के आधार परअति -हाइपरजोमेट्रिक वितरण। महत्वपूर्ण रूप से समृद्ध कार्यात्मक शब्दों का उपयोग करके प्रदर्शित किया गया थाबार चार्ट, बबल प्लॉट, और संवर्धन सर्कल प्लॉट.

2 परिणाम और विश्लेषण

2.1 पॉलीसेकेराइड सामग्री निर्धारण परिणाम

अवशोषण माप से प्राप्त रैखिक प्रतिगमन समीकरण था:

y {{{0}}}। (R^2=0। 9963) y =0।

की एक रैखिक सीमा के साथ20-90 Ug · Ml⁻⁻। सटीक, पुनरावृत्ति, स्थिरता और नमूना वसूली दर थी{{0}}}। 38%, 0। 86%, 0.53%, और 99.67%, क्रमश।

मापा गयापोलिसैकेराइड सामग्रीमेंसभापतिविभिन्न मेजबान पौधों के नमूने थे:

हैलोक्सिलोन-सिसकला: 6.51%

अत्रिप्लेक्स-सिसकला: 11.83%

2.2 ट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण और डेटा असेंबली

प्रतिलेखन अनुक्रमणछह नमूनेकुल मिलाकर उत्पन्न हुआ41.77 ग्राम स्वच्छ डेटा। प्रति नमूना मान्य डेटा से था6.89 ग्राम से 7.04 ग्राम, साथQ30 आधार प्रतिशत 95.38% और 95.91% के बीच, और एकऔसत जीसी सामग्री 45.13%.

कुल मिलाकर61,423 UNIGENESकुल लंबाई के साथ इकट्ठे हुए थे65,962,858 बीपीऔर एक1,073.91 बीपी की औसत लंबाई.

2.3 जीन कार्यात्मक एनोटेशन

कुल मिलाकर61,423 UNIGENESकी अनुक्रमण से प्राप्त किया गया थासभापतिनमूने दो अलग -अलग मेजबान पौधों को परजीवी बनाते हैं। एनोटेशन परिणाम इस प्रकार हैं:

30,689 Unigenes (49.96%)में एनोटेट किए गए थेएनआर (गैर-निरर्थक) प्रोटीन डेटाबेस.

18,698 Unigenes (30.44%)में एनोटेट किए गए थेस्विस-प्रोटेक्ट डेटाबेस.

3,998 Unigenes (6.51%)में एनोटेट किए गए थेकेग डेटाबेस.

17,188 Unigenes (27.98%)में एनोटेट किए गए थेKOG (यूकेरियोटिक ऑर्थोलॉगस समूह) डेटाबेस.

25,280 Unigenes (41.16%)में एनोटेट किए गए थेEggnog (जीन की विकासवादी वंशावली: गैर-पर्यवेक्षित ऑर्थोलॉगस समूह) डेटाबेस.

16,210 Unigenes (26.39%)में एनोटेट किए गए थेगो (जीन ऑन्कोलॉजी) डेटाबेस.

16,153 Unigenes (26.30%)में एनोटेट किए गए थेPFAM (प्रोटीन परिवार) डेटाबेस.

इनमे से,21,650 Unigenesकी तुलना में लंबे समय तक थे1 केबी.

पर आधारित होमोलॉजी विश्लेषणएनआर डेटाबेसपता चला कि शीर्ष तीन सबसे निकट से संबंधित प्रजातियां थीं:

पॉलाउनिया फॉर्च्यूनि (30.23%)

Phtheirospermum Japonicum (14.15%)

चेनोपोडियम क्विनोआ (7.1%)

 

 

तालिका 2 एनोटेशन जानकारीसभापतिजीन फ़ंक्शन

डेटाबेस	एनोटेशन जीन संख्या	अनुपात (%)
एन.आर.	30,689	49.96
स्विस Prot	18,698	30.44
केग	3,998	6.51
कोग	17,188	27.98
अंडाकार	25,280	41.16
जाना	16,210	26.39

 

 

2.4 GO और KEGG कार्यात्मक एनोटेशन और वर्गीकरण

गो (जीन ऑन्कोलॉजी) डेटाबेसका उपयोग आगे की पहचान की गई यूनीजेन्स को एनोटेट करने के लिए किया गया थाएनआर डेटाबेस, कुल मिलाकर16,210 Unigenes। इन unigenes को वर्गीकृत किया गया थातीन मुख्य कार्यात्मक समूह:

जैविक प्रक्रिया

आणविक कार्य (एमएफ)

सेलुलर घटक

मेंजैविक प्रक्रिया (बीपी) श्रेणी, सबसे प्रचुर मात्रा में unigene समूह थे:

"सेलुलर प्रक्रिया" (11,023 UNIGENES)

"चयापचय प्रक्रिया" (9,117 Unigenes)

के लिएसेलुलर घटक (सीसी) श्रेणी, 17 उपश्रेणियाँपहचान की गई, प्रत्येक उपश्रेणी के साथ कम से कम युक्त30 यूनिज़ेंस। सबसे बड़े समूह थे:

"कक्ष" (13,947 UNIGENES)

"सेल पार्ट" (13,918 UNIGENES)

मेंआणविक कार्य (एमएफ) श्रेणी, सबसे समृद्ध कार्यात्मक समूह थे:

"बाइंडिंग" (10,039 Unigenes)

"उत्प्रेरक गतिविधि" (8,490 UNIGENES)

Fig.2 पर कार्यात्मक एनोटेशन और वर्गीकरण का वर्गीकरण

 

KEGG कार्यात्मक एनोटेशन और वर्गीकरण

दौरानप्रतिलेखन अनुक्रमण, कुल3,998 UNIGENESमें एनोटेट किए गए थेKEGG (जीन और जीनोम के क्योटो एनसाइक्लोपीडिया) डेटाबेस। इन unigenes को वर्गीकृत किया गया थाछह प्राथमिक श्रेणियां, उनके संबंधित unigene गणना और अनुपात निम्नानुसार है:

सेलुलर प्रक्रियाएँ: 326 Unigenes (8.15%)

पर्यावरण सूचना प्रक्रमण: 299 Unigenes (7.47%)

आनुवंशिक सूचना संसाधन: 1,771 Unigenes (44.30%)

मानव रोग: 14 Unigenes (0.35%)

चयापचय: 1,465 Unigenes (36.64%)

जीव -प्रणाली: 123 Unigenes (3.07%)

इन छह प्राथमिक श्रेणियों में और विभाजित किया गया था20 माध्यमिक वर्गीकरण स्तर। उनमें से,आनुवंशिक सूचना संसाधनउच्चतम अनुपात था, उसके बादचयापचय। के अंदरचयापचयश्रेणी, सबसे प्रचुर मार्ग थे:

कार्बोहाइड्रेट चयापचय

फैटी एसिड चयापचय

फ्लेवोनोइड चयापचय

अंजीर।

 

2.5 विभेदक जीन अभिव्यक्ति और संवर्धन विश्लेषणसभापतिविभिन्न मेजबानों से

ट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण डेटा का उपयोग करके फ़िल्टर किया गया थाडिफ़ॉल्ट अंतर अभिव्यक्ति चयन मानदंड, की पहचान के परिणामस्वरूप14,089 अलग -अलग व्यक्त जीन (डीईजी):

6,576 जीनों को अपग्रेड किया गया

7,513 जीन को डाउनग्रेड किया गया था

A ज्वालामुखी की साजिशडीईजी के समग्र वितरण की कल्पना करने के लिए उत्पन्न किया गया था।

मेंशीर्ष 30 गो संवर्धन कार्यात्मक वर्गीकरणdegs में से, यह देखा गया कि:

की तुलना मेंजैविक प्रक्रियाऔरसेलुलर घटकश्रेणियां,आणविक कार्य (एमएफ)एक अधिक महत्वपूर्ण डीईजी संवर्धन का प्रदर्शन किया।

सबसे विशेष रूप से समृद्ध डीईजी के साथ जुड़े थेन्यूक्लिक एसिड चयापचय, प्रोटीन चयापचय, और गैलेक्टोज चयापचय में प्रमुख एंजाइम.

इसके अतिरिक्त, डीईजी में काफी समृद्ध थेपॉलीसेकेराइड चयापचय से संबंधित शब्द जाएं, शामिल:

तारा चयापचय प्रक्रिया

ग्लाइकोजेन बायोसिंथेटिक प्रक्रिया

सुक्रोज कैटोबोलिक प्रक्रिया

ग्लूकोसिडेज़ गतिविधि

UDP-L-RHAMNOSE सिंथेज़ गतिविधि

पोलिसैकेराइड हाइड्रॉलेज़ गतिविधि

Fig.4 विभेदित रूप से व्यक्त जीन का ज्वालामुखी मानचित्र

 

केग पाथवे में डीईजी का संवर्धन विश्लेषणसभापतिविभिन्न मेजबानों से

आगे की जांच करने के लिएविभेदित रूप से व्यक्त जीन (डीईजी)मेंसभापतिविभिन्न मेजबान पौधों से,केग मार्ग संवर्धन विश्लेषणप्रदर्शन किया था। विश्लेषण से पता चला कि:

डीईजी को 117 चयापचय मार्गों में मैप किया गया था.

शीर्ष 20 रास्तेदिखावामहत्वपूर्ण डीजी संवर्धन, सहित सबसे समृद्ध मार्गों के साथ:

फैटी एसिड चयापचय

-लिनोलेनिक एसिड चयापचय

चयापचय में चयापचय

लाइसिन गिरावट

का एक और संवर्धन विश्लेषणसबसे छोटे क्यू-मानों के साथ शीर्ष 20 चयापचय श्रेणियांसंकेत दिया कि डीईजी में काफी समृद्ध थे:

जीव -प्रणाली

चयापचय

आनुवंशिक सूचना संसाधन

इन श्रेणियों में,"चयापचयवाद"समृद्ध डीईजी की सबसे अधिक संख्या थी और सबसे महत्वपूर्ण संवर्धन दिखाया। इसके अतिरिक्त, समृद्ध चयापचय मार्गों में,अपग्रेड किए गए और डाउनग्रेड किए गए unigenes का अनुपात लगभग बराबर था.

इन निष्कर्षों से पता चलता है किमेटाबोलिक रास्ते एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैंअंतर जीन अभिव्यक्ति मेंसभापतिविभिन्न मेजबान पौधों से, विशेष रूप से मेंलिपिड, कार्बोहाइड्रेट, और अमीनो एसिड चयापचय.