अच्छी तरह से एनोटेटेड अगली पीढ़ी के अनुक्रमण डेटा के विश्लेषण से SARS-CoV के बढ़ते मामलों का पता चलता है -2 ओमीक्रॉन के साथ पुन: संक्रमण

SARS-CoV-2 ने व्यापक रूप से उत्परिवर्तित होकर चिंताजनक वैरिएंट (VOC) का निर्माण किया है जिसके परिणामस्वरूप वैश्विक संक्रमण में वृद्धि हुई है। ओमिक्रॉन वीओसी गैर-ओमाइक्रोन वीओसी की तुलना में पहले देखी गई उच्च आवृत्ति पर SARS CoV -2 के पहले वेरिएंट के संपर्क में आने वाले व्यक्तियों को पुन: संक्रमित करता है। ओमिक्रॉन प्राथमिक संक्रमण और ओमिक्रॉन पुन: संक्रमण से जुड़े उप-वंशों के विश्लेषण से पता चलता है कि ओमिक्रॉन-ओमिक्रॉन पुन: संक्रमण की घटनाएं गैर-ओमिक्रॉन वीओसी के साथ प्राथमिक संक्रमण के बाद देखी गई तुलना में कम समय अंतराल पर हो रही हैं। हमारे विश्लेषण से पता चलता है कि SARS-CoV-2 से एक भी संक्रमण उभरते हुए ओमिक्रॉन वंशावली से पुन: संक्रमण से बचाव के लिए आवश्यक सुरक्षात्मक प्रतिरक्षा उत्पन्न नहीं कर सकता है। यह विश्लेषण एक ही व्यक्ति में होने वाले दोनों संक्रमणों पर नैदानिक ​​मेटाडेटा के साथ डेनिश समूह की अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (एनजीएस) द्वारा संभव बनाया गया था। हमारा सुझाव है कि SARS CoV जीनोमिक्स की प्रभावी निगरानी सुनिश्चित करने, उपचार और वैक्सीन विकास में सहायता करने और सार्वजनिक स्वास्थ्य अनुशंसाओं का मार्गदर्शन करने के लिए COVID-19 NGS को जारी रखना और क्लिनिकल मेटाडेटा को शामिल करना आवश्यक है।

सिस्टैंच ट्यूबुलोसा-प्रतिरक्षा प्रणाली में सुधार

विश्व स्वास्थ्य संगठन ने SARS-CoV-2 के लिए चिंता के पांच प्रकार (VOC) नामित किए हैं, वह वायरस जो COVID का कारण बनता है-19: अल्फा, बीटा, गामा, डेल्टा और ओमीक्रॉन1। ये VOC और उभरते वेरिएंट SARS-CoV-2 महामारी को खत्म करने में एक महत्वपूर्ण बाधा बने हुए हैं। जेनरेशन सीक्वेंसिंग (एनजीएस) और संबंधित मेटाडेटा के उपयोग ने इस बात को बेहतर ढंग से समझने की अनुमति दी है कि मेजबानों3-5 के बीच वीओसी कैसे फैलता है। एवियन इन्फ्लुएंजा डेटा साझा करने पर वैश्विक पहल (जीआईएसएआईडी) ने आज तक 12 मिलियन से अधिक SARS-CoV -2 अनुक्रमों को सूचीबद्ध किया है। डेटा विश्लेषण से पता चलता है कि प्रत्येक वीओसी संक्रामकता और विषाणु 4,5 के एक अलग स्तर से जुड़ा हुआ है और वर्तमान में प्रसारित वेरिएंट सहित नए वेरिएंट, वैश्विक टीकाकरण प्रयासों6,7 के बावजूद मेजबानों को फिर से संक्रमित करने की क्षमता रखते हैं। सबसे हालिया संस्करण, ओमिक्रॉन, या बी.1.1.529, को दक्षिण अफ्रीका और बोत्सवाना1 में इसकी प्रारंभिक पहचान के तुरंत बाद नवंबर 2021 में वीओसी के रूप में नामित किया गया था। BA.1, BA.2, और BA.3 की ओमिक्रॉन उप-वंशावली तब से दुनिया भर में फैल गई है, जो प्रारंभिक प्रमुख ओमिक्रॉन वेरिएंट बन गई है, जिसके बाद 1,8 सप्ताहों में BA.4 और BA.5 आए। यूके9 और यूएस10 में उपयोग के लिए हाल ही में स्वीकृत ओमिक्रॉन-विशिष्ट वैक्सीन के अपवाद के साथ, मूल तनाव अनुक्रमों का उपयोग करके डिज़ाइन किए गए डीएनए, आरएनए और संपूर्ण प्रोटीन टीकों का उपयोग महामारी को नियंत्रित करने के प्रयास के हिस्से के रूप में किया गया है। हाल के अध्ययनों ने ओमिक्रॉन संक्रमण के नए मामलों की जांच की है, जिसमें वैक्सीन-प्रेरित न्यूट्रलाइजिंग एंटीबॉडीज से बचने का प्रदर्शन किया गया है, जिससे ब्रेकथ्रू संक्रमण के मामलों में वृद्धि हुई है। दिसंबर 2019 में प्रारंभिक प्रकोप के बाद से वायरस ने वीओसी में महत्वपूर्ण रूप से उत्परिवर्तित किया है। पिछले वेरिएंट को बेअसर करने वाले स्पाइक प्रोटीन से जुड़ने में सक्षम वैक्सीन-प्रेरित एंटीबॉडी कम प्रभावी प्रतीत होते हैं, और एंटीबॉडी टाइटर्स समय के साथ कम हो रहे हैं। वीओसी के पिछले संपर्क के परिणामस्वरूप प्राप्त एंटीबॉडी-मध्यस्थता प्रतिरक्षा को पहले ओमीक्रॉन संक्रमण को रोकने के लिए पर्याप्त माना जाता था, हालांकि, घटते एंटीबॉडी और भिन्न उत्परिवर्तन के संयोजन के कारण, पोस्ट-कोविड प्रतिरक्षा प्रदान नहीं करती है। ओमीक्रॉन15 द्वारा पुन: संक्रमण के विरुद्ध पूर्ण सुरक्षा।

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ओमिक्रॉन और इसकी उप-वंशियों से वायरल संक्रमण और पुन: संक्रमण के जीनोमिक्स पर हमारा अध्ययन डेनमार्क-आधारित डेटासेट का उपयोग करता है जिसमें SARS-CoV -2 जीनोम शामिल हैं जिनका एनजीएस के माध्यम से विश्लेषण किया गया था। प्रत्येक प्रविष्टि को पुन: संक्रमण की घटना के लिए मेटाडेटा के साथ एनोटेट किया गया था। विश्लेषण दर्शाता है कि गैर-ओमाइक्रॉन वीओसी के माध्यम से पिछले पुन: संक्रमण की तुलना में ओमिक्रॉन वीओसी के माध्यम से पुन: संक्रमण उच्च आवृत्ति पर हो रहा है। उप-वंशों के आगे के विश्लेषण से पता चलता है कि ओमिक्रॉन-ओमिक्रॉन पुन: संक्रमण पिछले गैर-ओमाइक्रोन वीओसी पुन: संक्रमण की तुलना में कम समय अंतराल पर हो रहा है। इससे पता चलता है कि ओमिक्रॉन वेरिएंट मेजबानों को दोबारा संक्रमित करने में अधिक सक्षम और तेज़ है, जैसा कि हमने अब तक महामारी में देखा है। नए वीओसी गठन को प्रेरित करने वाली उत्परिवर्तन क्षमता और इस प्रकार पुन: संक्रमण की चल रही सार्वजनिक स्वास्थ्य नीति को सूचित करने और फार्मास्युटिकल तौर-तरीकों को विकसित करने के लिए निरंतर निगरानी की आवश्यकता होगी। यहां प्रस्तुत विश्लेषण अनुसंधान का एक उदाहरण है जो इस मजबूत डेटासेट और निरंतर जीनोमिक निगरानी के बिना संभव नहीं होगा। SARS-CoV की प्रगति के बारे में बेहतर जानकारी देने के लिए उभरते वायरल जीनोम के एनजीएस को अधिक विस्तृत मेटाडेटा के साथ दुनिया भर में जारी रखने की आवश्यकता होगी। इस लक्ष्य को प्राप्त करने के लिए प्रत्येक संक्रमित या पुनः संक्रमित व्यक्ति के वायरल जीनोम अनुक्रम, मेटाडेटा और चिकित्सा स्वास्थ्य रिकॉर्ड को बताने वाले अलग-अलग डेटासेट का संघ आवश्यक होगा।

परिणाम

SARS-CoV-2 अगली पीढ़ी का अनुक्रमण डेटा

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हम जीआईएसएआईडी के माध्यम से पहुंच वाले डेनिश सीओवीआईडी ​​​​{0}} जीनोम कंसोर्टियम के हमारे विश्लेषण की रिपोर्ट करते हैं, जिसने उप-वंश 3 सहित वीओसी में मेजबान पुन: संक्रमण के व्यक्तिगत मामलों की जांच की। वर्तमान में 1 मार्च, 2020 से 28 अगस्त, 2022 तक फैली 21,708 पुन: संक्रमण प्रविष्टियाँ उपलब्ध हैं। प्रत्येक प्रविष्टि ने दूसरे संक्रमण के वायरल जीनोम के लिए एनजीएस अनुक्रमों के साथ-साथ एक ही व्यक्ति के लिए प्रारंभिक संक्रमण और पुन: संक्रमण दोनों की सटीक संग्रह तिथि की सूचना दी। प्राथमिक संक्रमण और पुन: संक्रमण समय बिंदुओं को मेजबान मेटाडेटा के रूप में दर्ज किया गया, जिससे संक्रमण के बीच की अवधि को मापा जा सके। डेटासेट प्रविष्टियों (7595) के एक छोटे हिस्से ने संग्रह तिथि के अलावा, दोनों संक्रमणों के वायरल पैंगो वंश की सूचना दी, और एक ही व्यक्ति से प्रारंभिक संक्रमण और पुन: संक्रमण नमूनों के लिए एनजीएस डेटा की सूचना दी। पैंगो वंशावली नामकरण किसी वायरस को उसकी जीनोमिक संरचना के आधार पर फ़ाइलोजेनेटिक रूप से वर्गीकृत करने के लिए एनजीएस का उपयोग करता है, जिससे वायरल उपभेदों की पहचान होती है16,17। अधिकांश डेटासेट में प्रारंभिक संक्रमण के लिए एनजीएस डेटा नहीं था और इसके बजाय यह निर्धारित करने के लिए रिवर्स ट्रांसक्रिपटेस पॉलिमर चेन रिएक्शन (आरटीपीसीआर) परख पर निर्भर था कि रिपोर्ट की गई तारीख पर विषय SARS-CoV के लिए सकारात्मक था या नहीं। आरटीपीसीआर परीक्षण वायरल पैंगो वंश को निर्दिष्ट नहीं करता है, और इसलिए उन नमूनों को चित्र 1 में दिखाए गए विश्लेषण में शामिल नहीं किया गया था। क्योंकि नमूनों में अभी भी एक पुष्टिकृत प्रारंभिक संक्रमण था, उन्हें केवल एनजीएस के रूप में चित्र 2 ए में शामिल किया गया था। पुन: संक्रमण ने विश्लेषण के लिए आवश्यक भिन्न पैंगो वंश की पुष्टि प्रदान की। मामलों का एक छोटा उपसमूह, 70, (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.

पुन:संक्रमण मामले का प्रतिशत और प्रकार के अनुसार अंतराल

प्रत्येक एनजीएस-विशेषता वाले वीओसी की खोज की गई और संबंधित पैंगो वंशावली डेटा के साथ रिपोर्ट की गई, हमने ओमिक्रॉन वीओसी (पी <{1}}.0001, ची स्क्वैर्ड टेस्ट) (छवि 1 ए) के साथ पुन: संक्रमण के पक्ष में एक बढ़ती हुई पुन: संक्रमण आवृत्ति पाई। मूल वायरल स्ट्रेन से संक्रमित 26% व्यक्तियों में बाद के वेरिएंट के साथ तेजी से उच्च पुन: संक्रमण आवृत्तियां देखी गईं। जो लोग प्रारंभ में अल्फ़ा संस्करण से संक्रमित हुए थे उनमें अल्फ़ा के कारण पुन: संक्रमण का कोई मामला नहीं था; हालाँकि, डेल्टा (2.3%, 169 मामले) और ओमिक्रॉन (25.1%, 1875 मामले) से पुन: संक्रमण की बढ़ती आवृत्ति देखी गई (चित्र 1 ए)। शुरुआत में डेल्टा से संक्रमित लोगों के लिए, डेल्टा संस्करण के कारण पुन: संक्रमण सीमित था (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.

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इसकी आगे जांच करने के लिए, हमने ओमिक्रॉन-टू ओमिक्रॉन पुन:संक्रमण मामलों को उनके प्रमुख उप-वंश पदनाम (छवि 1 बी) द्वारा स्तरीकृत किया। BA.2, BA.4, और BA.5 वंशावली अन्य ओमीक्रॉन वंशावली की तुलना में स्पाइक अमीनो एसिड अनुक्रमों को बारीकी से साझा करती हैं। BA.2 और BA.4 तथा BA.5 दोनों के बीच स्पाइक प्रोटीन में केवल तीन उत्परिवर्तनीय अंतर हैं: del69-70, L452R, और F486V8। इस समानता के बावजूद, ओमिक्रॉन-टू-ओमिक्रॉन पुन: संक्रमण की एक उच्च आवृत्ति देखी गई गिनती वितरण और अपेक्षित गिनती वितरण के बीच एक महत्वपूर्ण अंतर के साथ रिपोर्ट की गई थी, जिससे पता चलता है कि पुन: संक्रमण के लिए ओमिक्रॉन उप-वंश के बीच एक संबंध है और यह इसके कारण नहीं है। मौका (पी <{16}}.0001, ची-स्क्वेर्ड परीक्षण) (चित्र 1बी)। प्रारंभ में BA.1 उप-वंश से संक्रमित व्यक्तियों में कुल ओमीक्रॉन-टू-ओमाइक्रोन पुन: संक्रमण (62%, 211 मामले) की उच्च आवृत्ति होती है, जबकि दूसरा संक्रमण मुख्य रूप से BA.2 (20%, 68 मामले) या BA के कारण होता है। .5 (30%, 102 मामले) (चित्र 1बी)। इसी तरह, शुरुआत में BA.2 से संक्रमित व्यक्तियों में BA.5 (26.2%, 89 मामले) (चित्र 1 बी) के साथ पुन: संक्रमण की तुलनात्मक रूप से उच्च आवृत्तियाँ (38%, 129 मामले) देखी गईं। चित्र 1बी में "अन्य" के रूप में निर्दिष्ट संक्रमणों में वंश को परिभाषित करने वाला कोई सामान्य नामकरण नहीं था। पुन: संक्रमण की उच्च आवृत्तियों से पता चलता है कि BA.1 या BA.2 और BA.5 स्पाइक प्रोटीन में विशिष्ट अंतर इतना अधिक है कि BA.1 या BA.2 से संक्रमण के बाद निष्क्रिय करने वाले एंटीबॉडी की BA से जुड़ने की क्षमता में बाधा उत्पन्न हो सकती है। .5 स्पाइक प्रोटीन12,16. BA.1, BA.4 और अन्य कम एनोटेटेड ओमिक्रॉन वेरिएंट की वंशावली में BA.2 और BA.5 की तुलना में पुन: संक्रामकता का स्तर कम था।

चित्र 1 पुन:संक्रमण मामले का प्रतिशत और प्रकार के अनुसार अंतराल। डेनमार्क में प्रारंभिक संक्रमण और पुन: संक्रमण दोनों के लिए दो प्रकारों के बीच कुल पुन: संक्रमण की आवृत्ति दिखाने वाला हीटमैप। मूल गणना कोष्ठकों में आवृत्ति मान के नीचे दिखाई गई है। रिक्त सफेद वर्गों के लिए कोई डेटा उपलब्ध नहीं था। n=7467 पुन: संक्रमण के मामले। बी हीटमैप डेनमार्क में उप-वंश द्वारा प्रारंभिक ओमिक्रॉन संक्रमण और दूसरे ओमिक्रॉन संक्रमण के बीच पुन: संक्रमण आवृत्ति दिखा रहा है। मूल गणना कोष्ठकों में आवृत्ति मान के नीचे दिखाई गई है। रिक्त सफेद वर्गों के लिए कोई डेटा उपलब्ध नहीं था। n=340 ओमिक्रॉन-टू-ओमाइक्रोन पुन:संक्रमण के मामले। सी स्कैटरप्लॉट डेनमार्क में विभिन्न वेरिएंट के पहले और दूसरे संक्रमण के मामलों (सप्ताह) के बीच का समय दिखा रहा है। समूहों के साधन काली पट्टियों से दर्शाए गए हैं। लाल वर्ग पाठ में उल्लिखित कई शुरुआती ओमिक्रॉन-टू-ओमिक्रॉन मामलों पर प्रकाश डालता है जो 10-सप्ताह की अवधि से पहले घटित हुए थे। n=7467 पुन: संक्रमण के मामले। डी डेनमार्क में वंश द्वारा ओमिक्रॉन-टू-ओमिक्रॉन संक्रमण के मामलों (सप्ताह) के बीच के समय के लिए स्कैटरप्लॉट। समूहों के साधन काली पट्टियों से दर्शाए गए हैं। लाल वर्ग पाठ में उल्लिखित शुरुआती ओमिक्रॉन-टू-ओमिक्रॉन मामलों पर प्रकाश डालता है जो एक विशिष्ट उप-वंश के लिए 10-सप्ताह की अवधि से पहले होते हैं। n=340 ओमिक्रॉन-टू-ओमिक्रॉन पुन:संक्रमण के मामले।

चित्र 2 पुन:संक्रमण प्रतिशत और अनुक्रमण गणना। समय के साथ डेनमार्क अनुक्रमण प्रतिशत को वेरिएंट द्वारा स्तरीकृत किया गया है, जिसे बार प्लॉट ओवरले के साथ लाइन प्लॉट के रूप में दर्शाया गया है, जो एक वेरिएंट द्वारा स्तरीकृत दूसरे संक्रमण प्रतिशत का प्रतिनिधित्व करता है जिसमें एनजीएस और आरटीपीसीआर डेटा शामिल हैं। बी विश्वव्यापी अनुक्रमण गणना एक महीने के अंतराल की अवधि में महाद्वीप द्वारा स्तरीकृत होती है। डेटा को पूरक चित्र 2 में एक महीने की अवधि में अनुक्रमित मामलों के प्रतिशत के रूप में भी दिखाया गया है।

किसी संक्रमण के बाद निष्क्रिय करने वाले एंटीबॉडी की गिरावट चिंता का विषय उठाती है कि किसी व्यक्ति में प्राकृतिक प्रतिरक्षा कितने समय तक रहेगी। प्री-ओमाइक्रोन मॉडल ने संक्रमण के बाद की प्रारंभिक प्रतिरक्षा की प्रभावशीलता 9 {{26 }}% से अधिक होने का अनुमान लगाया था, लेकिन 108 सप्ताह19 के बाद ये अनुमान घटकर 10% से भी कम हो गया। आंकड़े 1सी और डी पूरे महामारी के दौरान देखे गए पहले और दूसरे वीओसी के संक्रमण के बीच के समय को दर्शाते हैं। महामारी में उभरने, फैलने और प्रभुत्व के समय के कारण अलग-अलग वीओसी के बीच पुन: संक्रमण के समय में वृद्धि की एक चरणबद्ध प्रवृत्ति प्रदर्शित की गई है (छवि 1 सी)। विशेष रूप से, ओमिक्रॉन-टू-ओमिक्रॉन पुन: संक्रमण की घटनाएं प्रारंभिक संक्रमण के बाद कम से कम 3 सप्ताह में दिखाई देती हैं, जिसका औसत 22 सप्ताह होता है (चित्र 1सी)। इन ओमिक्रॉन-टू-ओमिक्रॉन पुन: संक्रमणों में से, कुल 340 (14.7%) मामलों में से 50 प्रारंभिक संक्रमण के 10 सप्ताह के भीतर होते हैं; चित्र 1सी में एक लाल बॉक्स द्वारा चिह्नित। 10 सप्ताह से पहले और बाद में होने वाले इन ओमिक्रॉन-टू-ओमिक्रॉन पुन: संक्रमणों के बीच के समय के महत्व के लिए एक टी-परीक्षण आयोजित किया गया था। ये दो उप-समूह औसत पुन: संक्रमण समय (पी <0.0001, 95% सीआई: 17.17–20.19) के महत्व को प्रदर्शित करते हैं। इससे यह निर्धारित करने के लिए और अधिक विश्लेषण करना पड़ा कि ओमिक्रॉन-ओमिक्रॉन पुन:संक्रमण समूह के भीतर इस महत्वपूर्ण बिमोडल वितरण का कारण क्या हो सकता है। चित्र 1सी से इन पुन: संक्रमणों को चित्र 1डी में उप-वंश द्वारा स्तरीकृत किया गया है। 10 सप्ताह से पहले पुन: संक्रमण की घटना, चित्र 1d में एक लाल बॉक्स द्वारा चिह्नित, मुख्य रूप से पहले BA.1 और फिर BA.2 के साथ पुन: संक्रमण से जुड़ी है। चित्र 1डी में इन समूहों के बीच वेरिएंस (एनोवा) का विश्लेषण किया गया (पूरक डेटा 1) डेटासेट में नमूनों के पैंगो वंश को प्रकट करने के लिए जैव सूचना विज्ञान का उपयोग करके संसाधित एनजीएस डेटा की उपलब्धता के कारण बहुमत के लिए साधनों में अंतर के बीच महत्व को दर्शाता है। .

पुनः संक्रमण के मामले प्रतिशत

जैसा कि पहले बताया गया है, एनजीएस और आरटीपीसीआर दोनों नमूनों के संयुक्त डेटासेट का उपयोग करते हुए, पिछले वर्ष में अन्य वीओसी की तुलना में पिछले आठ महीनों (2 दिसंबर 21 से जुलाई 2022) में अधिक संख्या में पुन: संक्रमण की सूचना मिली है (चित्र) . 2a). डेनमार्क में कुल संक्रमणों के मुकाबले ओमिक्रॉन उप-वंश का अनुपात पूरक चित्र में विस्तृत है। 1. वैश्विक ओमिक्रॉन संक्रमण लहर के दौरान, डेनमार्क में जुलाई 2022 में कुल नमूना मामलों के पुन: संक्रमण का अनुपात 19.5% था। इसकी तुलना में, डेल्टा लहर के दौरान कुल मामलों का 1.4% का शिखर पुन: संक्रमण के रूप में रिपोर्ट किया गया था। यह अंतर ओमिक्रॉन वीओसी में महामारी की प्रगति के दौरान देखे गए उच्च स्तर के पुन: संक्रमण को उजागर करता है। इसके अलावा, डेटा से पता चलता है कि जब संक्रमण का प्रमुख संस्करण डेल्टा और ओमीक्रॉन के बीच 50% पर लगभग समान रूप से वितरित किया गया था, तो पुन: संक्रमण का समान वितरण नहीं था। उस समय, दिसंबर 2021 में पुन: संक्रमण 0.6% मामलों में डेल्टा के कारण हुआ, और 1.6% मामलों में ओमीक्रॉन के कारण हुआ। डेल्टा और ओमीक्रॉन के बीच यह एक महत्वपूर्ण खोज है क्योंकि जोखिम की संभावना लगभग समान थी, लेकिन पुन: संक्रमण की संभावना नहीं थी।

बहस

उपलब्ध क्षेत्रीय डेटा के इस स्नैपशॉट में हमारे परिणाम दो मूलभूत अवधारणाओं को दर्शाते हैं। सबसे पहले, व्यक्तियों को सार्स-सीओवी से दोबारा संक्रमित किया जा रहा है, और ओमिक्रॉन-टू-ओमाइक्रोन पुन: संक्रमण पिछले वीओसी से जुड़े पुन: संक्रमण की तुलना में अधिक आवृत्ति के साथ एक साथ घटित हो रहा है। पिछले कई अध्ययनों में ओमीक्रॉन सहित SARS-CoV -2 में पुन: संक्रमण आवृत्तियों की जांच की गई है, और हालांकि इस प्रकार के अध्ययन मूल्यवान अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं, वे अक्सर केवल पीसीआर डेटा 6,7,20 तक ही सीमित होते हैं, और पैंगो वंश को निर्दिष्ट नहीं करते हैं इस प्रकार महामारी के बारे में जानकारी हासिल करने की क्षमता सीमित हो गई है। दूसरा, वायरल संक्रमण दर और वैक्सीन प्रभावकारिता में परिवर्तन का लगातार निरीक्षण करने के लिए रोगी नैदानिक ​​मेटाडेटा के साथ एनजीएस की निरंतर आवश्यकता है। प्रभावी जीनोमिक ट्रैकिंग हमें वायरल संक्रामकता के रुझानों को समझने और उभरते वीओसी के वर्तमान खतरे के स्तर का मूल्यांकन करने की अनुमति देती है। हमने विश्वव्यापी वैज्ञानिक सहयोग का एक अभूतपूर्व स्तर देखा है जिसका उद्देश्य सार्वजनिक-सामना करने वाला डेटाबेस बनाने के लिए संक्रमित व्यक्तियों से वायरल अनुक्रमों को कैप्चर करना है। इस सहयोग ने जनता के लिए मूल्यवान डेटा उपलब्ध कराया है ताकि हम वायरल जीनोमिक्स में बदलावों की निगरानी कर सकें, महामारी विज्ञान अध्ययन कर सकें, सार्वजनिक स्वास्थ्य नीति का मार्गदर्शन कर सकें और वैक्सीन डिज़ाइन3 को सूचित कर सकें। हालाँकि इस विश्लेषण के समय GISAID के पास 12 मिलियन से अधिक अनुक्रम उपलब्ध हैं, वर्तमान अनुक्रमण दर में उल्लेखनीय रूप से गिरावट आ रही है3। उत्तरी अमेरिका और यूरोप में हाल की गिरावट के साथ महाद्वीप के अनुसार एनजीएस गणना का विवरण दिखाया गया है (चित्र 2बी)। यह गिरावट हमारे वैज्ञानिक समुदाय की SARS-CoV-2 और COVID-19 का विश्लेषण करने की क्षमता को नकारात्मक रूप से प्रभावित करती है क्योंकि पैंगो वंश डेटा केवल NGS डेटा से उत्पन्न किया जा सकता है। इसके अलावा, वर्तमान में उपलब्ध जीनोमिक अनुक्रमण को अक्सर प्रारंभिक संक्रमण या पुन: संक्रमण के रूप में रिपोर्ट किया जाता है, लेकिन प्रारंभिक संक्रमण और पुन: संक्रमण एनजीएस डेटा आमतौर पर एक ही व्यक्ति के लिए एक साथ रिपोर्ट नहीं किए जाते हैं। डेनमार्क डेटासेट पुन: संक्रमण जोखिम का विश्लेषण करने के साधन के रूप में, प्रति व्यक्ति एनजीएस डेटा की रिपोर्टिंग के महत्व को दर्शाता है। यह जीआईएसएआईडी डेटाबेस के भीतर एक अद्वितीय समूह है क्योंकि इस अध्ययन में डेनमार्क से 21,708 अच्छी तरह से एनोटेटेड जीनोम का उपयोग किया गया था। दुनिया भर में 2 से भी कम अतिरिक्त एनोटेटेड रीइन्फेक्शन जीनोम उपलब्ध थे, जिनमें सीमित स्तर के रीइन्फेक्शन विवरण और अक्सर अनुपस्थित रोगी लिंकेज थे। इस अध्ययन का आकार, साथ ही डेनमार्क का सापेक्ष आकार और जनसंख्या घनत्व, विश्लेषण में पूर्वाग्रहों को कम करने में मदद करता है। चूँकि पुन: संक्रमण न केवल दूसरे संक्रमण के लिए, बल्कि तीसरे और चौथे संक्रमण के लिए भी आम होता जा रहा है, दुनिया भर में रिपोर्ट किए गए डेटा पुन: संक्रमण के बारे में अधिक जानकारी प्रदान कर सकते हैं। इसके अतिरिक्त, यह समझने के लिए कि किसी विशिष्ट होस्ट में वायरस कैसे विकसित होता है, समय के साथ नमूनों पर कई एनजीएस विश्लेषणों के साथ पुराने संक्रमणों का बारीकी से विश्लेषण किया जा सकता है।

पुन: संक्रमण बाहरी, गैर-जैविक पूर्वाग्रहों जैसे लॉकडाउन अवधि और मास्क, टीके और विभिन्न प्रतिबंधों जैसे सुरक्षात्मक उपायों से प्रभावित हो सकता है। डेनमार्क में 11 मार्च, 2020 को एक राष्ट्रीय लॉकडाउन लगाया गया था, जिसके तुरंत बाद 6 अप्रैल और 27 मई को दो पुनः खोलने के चरण हुए। 16 दिसंबर, 2020 को दूसरा राष्ट्रीय लॉकडाउन लगाया गया, जिसे 16 फरवरी और 1 मार्च, 2021 को दो चरणों में फिर से खोला गया। सभी प्रतिबंध, जैसे मुखौटा आवश्यकताएं, सभाओं पर आकार सीमा और व्यवसाय संचालन प्रतिबंध सितंबर 2021 में हटा दिए गए थे। दिसंबर 2021 से फरवरी 2022 तक वायरल प्रसार को कम करने में मदद करने के लिए इन प्रतिबंधों को बहाल करने के बावजूद, इस अवधि में देखे गए 7084 ओमीक्रॉन पुन: संक्रमण के मामलों में 1.5 से 6% की वृद्धि देखी गई, एक पुन: संक्रमण स्तर पहले कभी नहीं देखा गया (छवि 2 ए)। डेनमार्क अपने टीकाकरण कार्यक्रम को रोकने वाला दुनिया का पहला देश बन गया, जिसने 15 मई, 2022 तक प्राथमिक टीकाकरण बंद कर दिया। तर्क यह था कि देश के 81% लोगों को टीका लगाया गया था और 62% को फरवरी 2022 तक तीसरा बूस्टर प्राप्त हुआ था। टीकाकरण कार्यक्रम को समाप्त करने से संभावित रूप से प्राथमिक संक्रमण और पुन: संक्रमण दर में वृद्धि हो सकती है क्योंकि डेनमार्क में अभी भी 21-24 लोगों का एक बड़ा हिस्सा टीकाकरण से वंचित है। कोविड महामारी में एक चिंता का विषय यह है कि निष्क्रिय करने वाले एंटीबॉडी टाइटर्स13,14 के कम होने के कारण विभिन्न प्रकारों और उनके उप-वंशों से टीका लगाए गए व्यक्तियों में निर्णायक संक्रमण होगा। हम अपने अध्ययन में इसका विश्लेषण नहीं कर सके क्योंकि टीके के प्रकार, प्राप्त खुराक की संख्या और प्रशासन की तारीख बताने वाले मेटाडेटा मौजूद नहीं थे। टीकाकरण मेटाडेटा और अधिक, जैसे कि उम्र या पहले से मौजूद स्वास्थ्य स्थितियां, मामले-दर-मामले के आधार पर अधिक विवरण के साथ सुरक्षा या जोखिम के स्तर पर पुन: संक्रमण विश्लेषण की अनुमति दे सकती हैं। अध्ययनों ने ओमिक्रॉन पुन:संक्रमण विश्लेषण के लिए इस प्रकार के मेटाडेटा का उपयोग किया है, लेकिन आरटीपीसीआर25,26 के बदले पैंगो वंश को परिभाषित करने वाला एनजीएस डेटा अनुपस्थित है। कतर में एक विश्लेषण आरटीपीसीआर द्वारा सीमित था लेकिन निष्कर्ष निकाला गया कि बीए.4 या बीए.5 के खिलाफ पिछले गैर-ओमाइक्रोन संक्रमण से मामूली स्तर पर मौजूद था लेकिन ओमिक्रॉन संक्रमण के बाद मजबूत था। पहले संक्रमण के प्रकार की परवाह किए बिना व्यक्ति अभी भी दोबारा संक्रमित होने में सक्षम थे, लेकिन दिलचस्प बात यह है कि टीका लगाए गए व्यक्तियों के लिए इसमें ज्यादा बदलाव नहीं आया। टीका लगाए गए व्यक्तियों को पुन: संक्रमण के खिलाफ थोड़ी अधिक सुरक्षा का सुझाव दिया गया था। कतर में अध्ययन के निष्कर्ष एक सकारात्मक आरटीपीसीआर परीक्षण द्वारा प्राप्त किए गए हैं जो प्रमुख संस्करण, बीए.4 या बीए.5 की तारीख के साथ सहसंबद्ध सामान्य स्पाइक प्रोटीन विलोपन के लिए डिज़ाइन किया गया है। चूँकि यह विलोपन कई ओमिक्रॉन उप-वंशों, BA.4, और BA.5 में मौजूद है, इसलिए उन्हें NGS20 द्वारा पंगो वंश की पुष्टि के बिना विश्लेषण के लिए अलग नहीं किया जा सकता है। हमारा दृढ़ विश्वास है कि मेजबान का वर्णन करने वाले मेटाडेटा को जोड़ने के साथ SARS CoV -2 नमूनों की अगली पीढ़ी का अनुक्रमण जारी रहना चाहिए। जबकि अनुक्रमण में गिरावट चिंताजनक है, एक ही मानव के डेटा का कई स्रोतों पर एकीकरण, COVID के आसपास नवीन अंतर्दृष्टि की खोज की दिशा में एक आवश्यक विकास है। उदाहरण के लिए, वायरल जीनोम की पहचान के लिए अगली पीढ़ी के अनुक्रमण, उम्र और पहले से मौजूद स्थितियों की जांच के लिए मेडिकल रिकॉर्ड और समय और पुन: संक्रमण की स्थिति को ट्रैक करने के लिए मेटाडेटा को जोड़ना महत्वपूर्ण है।

सिस्टैंच पौधा-बढ़ाने वाली प्रतिरक्षा प्रणाली

पुन: संक्रमण के मामले में, सटीक सार्वजनिक स्वास्थ्य सिफारिशों को सूचित करने और प्रभावी, लंबे समय तक चलने वाली फार्मास्यूटिकल्स को डिजाइन करने के लिए संक्रमणों के बीच के समय और प्रत्येक संक्रमण की वायरल जीनोम संरचना दोनों की अनुक्रमण जानकारी महत्वपूर्ण है। हमारे अध्ययन से पता चलता है कि महामारी के दौरान अन्य वीओसी के मुकाबले ओमिक्रॉन वीओसी के साथ पुन: संक्रमण उच्च आवृत्ति पर और कम समय अंतराल पर हो रहा है। इसका सार्वजनिक स्वास्थ्य नीति निर्माताओं पर महत्वपूर्ण प्रभाव पड़ता है। यहां प्रस्तुत विश्लेषण अनुसंधान का एक उदाहरण है जो इस मजबूत डेटासेट के बिना संभव नहीं होगा, जिसे एनजीएस वर्ल्डवाइड जारी रखने की आवश्यकता होगी और प्रत्येक संक्रमित या पुन: संक्रमित व्यक्ति के वायरल जीनोम अनुक्रम, मेटाडेटा और चिकित्सा स्वास्थ्य को बताने वाले डेटासेट के संघ द्वारा इसे और बेहतर बनाया जाएगा। अभिलेख.

हमारे अध्ययन से पता चलता है कि महामारी के दौरान पहले देखे गए अन्य वीओसी की तुलना में ओमिक्रॉन वीओसी के साथ पुन: संक्रमण उच्च आवृत्ति पर और कम समय अंतराल पर हो रहा है; हालाँकि, फंडिंग/क्षमता/रोगी के नमूनों को लगातार अनुक्रमित करने की क्षमता में कमी के कारण वायरल प्रसार को मापने और मात्रा निर्धारित करने की हमारी क्षमता तेजी से कम हो गई है।

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