रीनल सेल कार्सिनोमा वाले मरीजों में ट्यूमर डीएनए का प्रसार। साहित्य की एक व्यवस्थित समीक्षा

सार प्रसंग:पिछले एक दशक में इसके निदान और प्रबंधन में तरल बायोप्सी और व्यवस्थित बायोमार्कर की क्षमता में रुचि बढ़ रही है।गुर्दे का कैंसर, क्योंकि वे इसके लिए एक उपकरण प्रदान कर सकते हैंरोग का शीघ्र पता लगानाऔरउपचार प्रतिक्रिया की निगरानी. उद्देश्य: रोगियों में परिसंचारी ट्यूमर डीएनए (सीटीडीएनए) पर प्रासंगिक प्रकाशित डेटा की पहचान करना और सारांशित करनागुर्दे सेल कार्सिनोमा(आरसीसी)। साक्ष्य अधिग्रहण: हमने 15 जनवरी, 2021 तक PubMed, MEDLINE, EMBASE और कोक्रेन लाइब्रेरी में पहचाने गए अध्ययनों के व्यवस्थित समीक्षा और मेटा-विश्लेषण (PRISMA) के लिए पसंदीदा रिपोर्टिंग आइटम के अनुसार एक व्यवस्थित समीक्षा की। दो समीक्षकों ने स्वतंत्र रूप से सभी की जांच की। लेख और डेटा निष्कर्षण निष्पादित किया।

साक्ष्य संश्लेषण:आरसीसी (1237 मरीज़) में सीटीडीएनए की जांच करने वाले उन्नीस अध्ययनों को अंतिम समीक्षा में शामिल किया गया और उनका विश्लेषण किया गया। अध्ययन का आकार और डिज़ाइन व्यापक रूप से भिन्न था, और अध्ययन को सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए उपयोग की जाने वाली विधि के अनुसार पांच समूहों में विभाजित किया गया था। परिणाम डेटा में (1) यदि उपलब्ध हो तो संवेदनशीलता/विशिष्टता शामिल है; (2) सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए उपयोग की जाने वाली विधि; और (3) अध्ययन में मुख्य निष्कर्ष।

निष्कर्ष:अध्ययन इस बात पर प्रकाश डालते हैं कि आरसीसी में सीटीडीएनए का स्तर कम प्रतीत होता है। सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए कई तरीकों का उपयोग करने वाले अध्ययनों से संकेत मिलता है कि ट्यूमर-निर्देशित विश्लेषण सीटीडीएनए का पता लगाने की दर में सुधार करता है और सुझाव देता है कि आरसीसी में सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए सेल-मुक्त मिथाइलेटेड डीएनए इम्युनोप्रेजर्वेशन और उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण एक बहुत ही संवेदनशील तरीका हो सकता है।

रोगी सारांश: हमने रोगियों में परिसंचारी ट्यूमर डीएनए की जांच करने वाले सभी प्रासंगिक अध्ययनों की पहचान करने के लिए व्यवस्थित रूप से साहित्य की समीक्षा कीगुर्दे का कैंसरइस अत्यधिक घातक बीमारी में इसके उपयोग और क्षमता की जांच करना। हमने पाया कि परिसंचारी ट्यूमर डीएनए का स्तर कम हैगुर्दे का कैंसरऔर इस बीमारी का पता लगाने के लिए बेहद संवेदनशील तरीकों का इस्तेमाल करना पड़ता है।

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1 परिचय

विश्व भर में मूत्र संबंधी विकृतियाँ एक बढ़ती हुई स्वास्थ्य समस्या है, जिसमें अनुमानतः प्रतिवर्ष 1 मिलियन से अधिक रोगियों का निदान किया जाता है [1]। रीनल सेल कार्सिनोमा (आरसीसी) एक अत्यधिक घातक बीमारी है और पश्चिमी देशों में सभी घातक बीमारियों में से 3% का प्रतिनिधित्व करती है, इसकी घटनाएं सालाना बढ़ रही हैं [2]।

आरसीसी वाले रोगियों का निदान और उपचार कई चुनौतियाँ पेश करता है। इसका मुख्य कारण यह है कि आरसीसी को शुरुआती चरणों में स्पर्शोन्मुख अभिव्यक्ति और मेटास्टैटिक चरणों में रेडियोथेरेपी और कीमोथेरेपी के प्रति खराब प्रतिक्रिया की विशेषता है [3,4]। पिछले कई दशकों में, तरल बायोप्सी और प्रसारित कैंसर बायोमार्कर पर शोध में रुचि बढ़ रही है क्योंकि वे बीमारी का शीघ्र पता लगाने और उपचार प्रतिक्रिया की निगरानी के लिए एक उपकरण प्रदान कर सकते हैं। एलिंजर एट अल [5] ने बताया कि रक्तप्रवाह में कोशिका-मुक्त डीएनए (सीएफडीएनए) की उपस्थिति का पता पहली बार 50 साल से भी पहले लगाया गया था। सीएफडीएनए आसानी से परिधीय रक्त से प्राप्त किया जा सकता है, और यह दिखाया गया है कि यह कई ठोस घातकताओं वाले रोगियों में मौजूद है [6]। रोगियों के रक्तप्रवाह में सीएफडीएनए की उपस्थिति और इन परिसंचारी न्यूक्लिक एसिड के स्तर में परिवर्तन ट्यूमर भार और ट्यूमर की प्रगति से जुड़े हुए हैं। हालाँकि, अध्ययन इस बात पर भिन्न हैं कि क्या वे आरसीसी में सीएफडीएनए स्तर और ट्यूमर चरण और ग्रेड के बीच संबंध दिखाने में सक्षम हैं [7-9]। सर्कुलेटिंग ट्यूमर डीएनए (सीटीडीएनए) एपोप्टोटिक या नेक्रोटिक ट्यूमर कोशिकाओं, मैक्रोफेज से स्राव, या सर्कुलेटिंग ट्यूमर कोशिकाओं (सीटीसी) [10] से प्राप्त सीएफडीएनए है। सीटीडीएनए के विश्लेषण से ट्यूमर की प्रगति के दौरान विशिष्ट कैंसर के उत्परिवर्तनीय प्रोफाइल का गैर-आक्रामक पता लगाने की संभावना खुल सकती है, और अध्ययनों से पता चला है कि सीटीडीएनए की उपस्थिति उपचार के दौरान उन्नत बीमारी और रोग की प्रगति से संबंधित है [7,11,12]। जबकि आरसीसी में सीटीडीएनए पर कई अध्ययन किए गए हैं, फिर भी साहित्य की कोई स्पष्ट सिफारिशें या सारांश नहीं हैं।

हम यहां आरसीसी में सीटीडीएनए के उपयोग और क्षमता की जांच करने के लिए आरसीसी वाले रोगियों में सीटीडीएनए पर सभी प्रकाशित डेटा की व्यवस्थित समीक्षा पर रिपोर्ट करते हैं।

2. साक्ष्य अधिग्रहण

2.1. कार्यनीति खोजें

यह व्यवस्थित समीक्षा व्यवस्थित समीक्षा और मेटा-विश्लेषण के लिए पसंदीदा रिपोर्टिंग आइटम (PRISMA) दिशानिर्देशों [13] (चित्र 1) के अनुसार की गई थी। समीक्षा पहचान संख्या CRD42020208730 के तहत PROSPERO प्लेटफ़ॉर्म पर पंजीकृत की गई थी। एक लेखक (एलजी) और एक विशेषज्ञ लाइब्रेरियन ने खोज की, जिसके लिए रणनीति पूरक सामग्री में उपलब्ध है। 15 जनवरी, 2021 तक प्रासंगिक अध्ययनों की पहचान करने के लिए, कोविडेंस में किए गए डुप्लिकेट लेखों को छांटने और हटाने के लिए पबमेड, मेडलाइन, ईएमबीएएसई और कोक्रेन लाइब्रेरी डेटाबेस में साहित्य खोज की गई थी।

2.2. स्क्रीनिंग और चयन मानदंड

अध्ययन का चयन तीन क्रमिक चरणों में किया गया: लेखों का मूल्यांकन पहले शीर्षक द्वारा, दूसरा सार द्वारा, और तीसरा पूर्ण पाठ द्वारा किया गया। यदि अध्ययन निम्नलिखित समावेशन मानदंडों को पूरा करते हैं तो उन्हें शामिल किया गया: (1) आरसीसी के किसी भी चरण के निदान वाले रोगी; (2) प्लाज्मा/सीरम में डीएनए का विश्लेषण; (3) डीएनए स्तर पर उत्परिवर्तन या एपिजेनेटिक परिवर्तनों का विश्लेषण; और (4) अंग्रेजी में लिखा गया लेख। आरसीसी, पशु और कोशिका-रेखा अध्ययन, 2010 से पहले प्रकाशित अध्ययन और पांच से कम रोगियों वाले छोटे पायलट अध्ययनों के अलावा अन्य घातकताओं से संबंधित लेखों को बाहर रखा गया था।

दो लेखकों (एलजी और केएमके) ने स्वतंत्र रूप से शीर्षकों और सार की जांच की और संभावित रूप से योग्य अध्ययनों का चयन किया। फिर संभावित योग्य अध्ययनों का पूरा पाठ जांचा गया। आम सहमति बनने तक लेखकों ने किसी भी असहमति पर चर्चा की।

2.3. डेटा निकालना

एक डेटा निष्कर्षण शीट विकसित की गई और रुचि के पूर्वनिर्धारित परिणाम एकत्र किए गए। दो समीक्षकों (एलजी और केएमके) ने स्वतंत्र रूप से शामिल अध्ययनों से डेटा निकाला। असहमतियों का समाधान आम सहमति से किया गया।

निकाली गई परीक्षण विशेषताओं में शामिल हैं: (1) पहले लेखक का नाम और प्रकाशन का वर्ष; (2) सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए लागू विधि; (3) रोगियों/मामलों की संख्या; और (4) नियंत्रणों की संख्या। परिणाम डेटा में शामिल हैं: (1) उपलब्ध होने पर संवेदनशीलता और विशिष्टता; (2) सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए उपयोग की जाने वाली विधि; और (3) विशेष अध्ययनों में प्रमुख निष्कर्ष।

शामिल अध्ययनों में अध्ययन डिजाइन और तरीकों में भिन्नता के कारण गुणवत्ता मूल्यांकन पूर्व-निर्धारित मानदंडों के अनुसार नहीं किया गया था। अध्ययन की गुणवत्ता का मूल्यांकन सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए उपयोग की जाने वाली विधियों के व्यापक अनुभव वाले एक लेखक (केएमके) द्वारा किया गया था।

3. साक्ष्य संश्लेषण

3.1. अध्ययन शामिल हैं

हमारे खोज मानदंड के अनुसार, प्राथमिक खोज में 3439 संभावित प्रासंगिक कागजात की पहचान की गई और उनकी जांच की गई। सभी पेपरों को एंडनोट में जोड़ दिया गया और डुप्लिकेट हटा दिए गए, जिससे 1670 अध्ययन शेष रह गए। शीर्षक, सार और पूर्ण पाठों की मैन्युअल रूप से जांच की गई, और 19 अध्ययन समावेशन मानदंडों को पूरा करते हैं [9,14-31]। शामिल सभी अध्ययन 2010 और 2020 के बीच प्रकाशित किए गए थे। वे पूर्ण रूप से प्रकाशित हुए थे, लेकिन अध्ययन का आकार और डिज़ाइन व्यापक रूप से भिन्न था, और इसलिए उन्हें सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए इस्तेमाल की जाने वाली विधि के अनुसार पांच समूहों में विभाजित किया गया था: (1) ट्यूमर-निर्देशित प्लाज्मा का विश्लेषण; (2) प्लाज्मा का लक्षित अनुक्रमण; (3) प्लाज्मा की वैश्विक अनुक्रमण; (4) प्लाज्मा का लक्षित मिथाइलेशन विश्लेषण; और (5) प्लाज्मा का वैश्विक मिथाइलेशन विश्लेषण।

आरसीसी में सीटीडीएनए के उपयोग को कवर करने के लिए, हमने सीटीडीएनए पहचान दर और यदि उपलब्ध हो तो संवेदनशीलता और विशिष्टता का पता लगाने के लिए प्रत्येक सीटीडीएनए पहचान समूहों में अध्ययनों की जांच की। इसके अलावा, हमने एक ही रोगी के ctDNA नमूनों और ट्यूमर ऊतक के बीच सामंजस्य की जांच करने वाले अध्ययनों की पहचान की, और रोग का निदान और निगरानी के लिए ctDNA की क्षमता की जांच करने वाले अध्ययनों की भी पहचान की। अंत में, हमने ctDNA का पता लगाने के लिए उपयोग की जाने वाली विधियों और हमारे निष्कर्षों के आधार पर कौन सी विधि चुननी है, इसका सारांश दिया।

3.2. ctDNA पहचान दरें

3.2.1. प्लाज्मा का ट्यूमर-निर्देशित विश्लेषण

पांच अध्ययनों [14-18] ने प्लाज्मा का ट्यूमर-निर्देशित विश्लेषण लागू किया (तालिका 1)। इस प्रकार का विश्लेषण ट्यूमर ऊतक डीएनए में उत्परिवर्तन की पहचान और बाद में सीएफडीएनए में इन उत्परिवर्तनों के विश्लेषण पर आधारित है। इस पद्धति का लाभ यह है कि ट्यूमर के उत्परिवर्तन ज्ञात होने पर बहुत उच्च तकनीकी संवेदनशीलता प्राप्त की जा सकती है। नकारात्मक पक्ष यह है कि विश्लेषण नए प्राप्त उत्परिवर्तन की पहचान नहीं करता है। पांच अध्ययनों में पांच से 24 आरसीसी रोगी शामिल थे और सीटीडीएनए का पता लगाने की दर 17% से 54% तक थी।

प्रारंभिक ctDNA ऐतिहासिक अध्ययन में, बेटेगौड़ा एट अल [14] ने विभिन्न प्रकार के कैंसर वाले 640 रोगियों में ctDNA की उपस्थिति की जांच की, जिसमें मेटास्टैटिक आरसीसी वाले पांच रोगी भी शामिल थे। प्लाज्मा में सीटीडीएनए का पता पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन (पीसीआर) - या ट्यूमर में पहचाने गए उत्परिवर्तन के अनुक्रमण-आधारित विश्लेषण के माध्यम से किया गया था। मेटास्टैटिक बीमारी वाले आरसीसी के 40% रोगियों में सीटीडीएनए पाया गया, जिसके कारण आरसीसी को कम-सीटीडीएनए घातक के रूप में वर्गीकृत किया गया। हालाँकि यह वर्गीकरण बहुत कम संख्या में रोगियों पर आधारित था, लेकिन तब से अब तक किए गए कई अध्ययनों से इसका समर्थन किया गया है [15-18]।

कोरो एट अल [15] और लासेटर एट अल [18] दोनों के अध्ययनों में ट्यूमर ऊतक में पहचाने गए एक या कुछ उत्परिवर्तन के लक्षित गहन अनुक्रमण का उपयोग किया गया और क्रमशः 17% और 52% की सीटीडीएनए पहचान दर थी। कोरो एट अल द्वारा किए गए अध्ययन में मरीजों को नॉनमेटास्टेटिक बीमारी थी, जबकि लासेटर एट अल द्वारा किए गए अध्ययन में मरीजों को मेटास्टेटिक आरसीसी था।

विभिन्न रोगी समूहों के कारण पता लगाने की दर में अंतर हो सकता है; हालाँकि, इन अध्ययनों में अपेक्षाकृत कम पता लगाने की दर आश्चर्यजनक है, क्योंकि ट्यूमर-सूचित रणनीति सबसे तकनीकी रूप से संवेदनशील तरीकों में से एक होने की क्षमता रखती है। लैसेटर एट अल द्वारा किए गए अध्ययन से यह भी पता चला है कि सीएफडीएनए को अत्यधिक उच्च गहराई (122 035) तक अनुक्रमित करने से सीटीडीएनए पहचान में सुधार हुआ है क्योंकि यह बहुत कम आवृत्तियों पर मौजूद वेरिएंट की पहचान को बढ़ाता है।

मिश्रित रोगी समूहों (नॉनमेटास्टैटिक और मेटास्टैटिक आरसीसी) के साथ दो हालिया अध्ययनों में ट्यूमर ऊतक में पहचाने गए बड़ी संख्या में वेरिएंट का सीटीडीएनए विश्लेषण लागू किया गया है। स्मिथ एट अल [16] द्वारा किए गए अध्ययन में, विभिन्न तरीकों (तालिका 1-3) का उपयोग करके 91 रोगियों की जांच की गई। लेखकों ने पाया कि ट्यूमर ऊतक के एक्सोम अनुक्रमण के माध्यम से पहचाने गए उत्परिवर्तनों के कस्टम पैनल अनुक्रमण का उपयोग करके प्रति रोगी औसतन 297 ट्यूमर-विशिष्ट वेरिएंट को लक्षित करने वाला एक व्यक्तिगत दृष्टिकोण एक अलक्षित दृष्टिकोण की तुलना में सीटीडीएनए का पता लगाने में सुधार करता है। 29 रोगियों के लिए प्लाज्मा का ट्यूमर-निर्देशित विश्लेषण किया गया और 54% रोगियों में सीटीडीएनए की पहचान की गई, जिनके विश्लेषण ने गुणवत्ता नियंत्रण पास कर लिया। वान एट अल [17] ने 24 रोगियों पर एक समान पद्धतिगत दृष्टिकोण लागू किया और पाया कि आरसीसी रोगियों में सीटीडीएनए का अंश लगभग 10 4 था। यह खोज इस बात पर प्रकाश डालती है कि आरसीसी में सीटीडीएनए विश्लेषण के लिए बेहद संवेदनशील तरीकों की आवश्यकता होती है।

3.2.2. प्लाज्मा का लक्षित अनुक्रमण

आठ अध्ययनों [16,18-24] (तालिका 2) ने ट्यूमर ऊतक डीएनए के पूर्व विश्लेषण के बिना प्लाज्मा से डीएनए के लक्षित पैनल अनुक्रमण को लागू किया। इस रणनीति का लाभ यह है कि इसमें ऊतक के नमूने की आवश्यकता नहीं होती है (यानी, यह कम आक्रामक है) और नए प्राप्त उत्परिवर्तन की पहचान की अनुमति देता है। हालाँकि, विश्लेषण ट्यूमर-निर्देशित विश्लेषण की तुलना में कम संवेदनशील हो सकता है। सामान्य तौर पर, अध्ययन में 19 से 220 तक के रोगियों की एक बड़ी संख्या शामिल थी, और पता लगाने की दर काफी बेहतर थी, जो 19% से 100% तक थी। अधिकांश अध्ययन मेटास्टैटिक रोग वाले रोगियों के बीच किए गए; यम मोटो एट अल [22] द्वारा अध्ययन में केवल 14 रोगियों और स्मिथ एट अल [16] द्वारा अध्ययन में दो रोगियों में नॉनमेटास्टेटिक आरसीसी (क्रमशः 30% और 19% की पहचान दर) थी। इस प्रकार उच्च पहचान दर इनमें से कई रोगियों में उच्च ट्यूमर भार को दर्शा सकती है। मैया एट अल [20] के अध्ययन के निष्कर्ष इस परिकल्पना का समर्थन करते हैं। लेखकों ने पाया कि सीटीडीएनए का पता लगाना ट्यूमर के बोझ से संबंधित है; बिना ctDNA वाले रोगियों की तुलना में पता लगाने योग्य ctDNA वाले रोगियों में ट्यूमर का बोझ काफी अधिक था। इसके अलावा, ctDNA में उत्परिवर्तन की संख्या भी ट्यूमर के बोझ के साथ काफी हद तक संबंधित थी।

बेकन एट अल [23] ने समान अध्ययनों की तुलना में 33% की अपेक्षाकृत कम पहचान दर पाई। ऐसा इसलिए हो सकता है क्योंकि 55 में से 40 रोगियों में, प्राथमिक ट्यूमर को शल्य चिकित्सा द्वारा हटाने के बाद प्लाज्मा के नमूने एकत्र किए गए थे। हालाँकि, हैन एट अल [19] के एक अध्ययन में, जिसमें 19 में से 15 रोगियों का प्राथमिक ट्यूमर भी नमूना संग्रह से पहले शल्य चिकित्सा द्वारा हटा दिया गया था, सीटीडीएनए का पता लगाने की दर 68% थी। कम पहचान दर को परख की तकनीकी संवेदनशीलता द्वारा भी समझाया जा सकता है, जो वैरिएंट एलील फ्रीक्वेंसी (वीएएफ) पर मौजूद वेरिएंट का पता लगाने की अनुमति नहीं देता है।<1% [23].

उन अध्ययनों में बेहतर पता लगाने की दिशा में एक प्रवृत्ति प्रतीत होती है जिसमें सीटीडीएनए विश्लेषण एक जीन पैनल पर आधारित था जिसमें बड़ी संख्या में जीन, बहुत अधिक अनुक्रमण गहराई या इनके संयोजन को शामिल किया गया था। उदाहरण के लिए, मैया एट अल [20] और पाल एट अल [21] दोनों के अध्ययनों ने 15 000 कवरेज के साथ 73 जीनों को अनुक्रमित किया और उनकी पहचान दर क्रमशः 53% और 79% थी। तुलनात्मक रूप से, स्मिथ एट अल [16] ने दस जीनों को 9688 की गहराई तक अनुक्रमित किया और लैसेटर एट अल [18] ने 27 जीनों को 989 की गहराई तक अनुक्रमित किया और सीटीडीएनए पहचान दर क्रमशः 19% और 28% थी।

3.2.3. प्लाज्मा का वैश्विक अनुक्रमण

दो अध्ययनों [16,25] में प्लाज्मा की वैश्विक अनुक्रमण का उपयोग करने की पहचान की गई (तालिका 3), जिनमें से दोनों ने उथले पूरे-जीनोम अनुक्रमण (एसडब्ल्यूजीएस) को लागू किया। इस अलक्षित विधि के लिए ट्यूमर में विशिष्ट उत्परिवर्तन के पूर्व ज्ञान की आवश्यकता नहीं होती है और इसमें एकल-आधार उत्परिवर्तन के लिए कम संवेदनशीलता होती है, लेकिन बड़े विलोपन और दोहराव की पहचान की जा सकती है। एसडब्ल्यूजीएस अपेक्षाकृत सस्ता और निष्पादित करने में आसान है। मौलीरे एट अल [25] ने विभिन्न प्रकार के कैंसर वाले 200 रोगियों के 344 नमूनों पर 0.4 की गहराई तक एसडब्ल्यूजीएस का प्रदर्शन किया, जिसमें आरसीसी (बीमारी का अज्ञात चरण) वाले 33 मरीज भी शामिल थे। सीटीडीएनए का पता लगाना कैंसर रोगियों और स्वस्थ व्यक्तियों में सीएफडीएनए टुकड़े की लंबाई के विश्लेषण पर आधारित था। उन्होंने पाया कि 90 और 150 बीपी आकार के बीच के टुकड़ों के सिलिको संवर्धन में कैंसर के प्रकारों में सीटीडीएनए का पता लगाने में सुधार हुआ। फिर भी, आरसीसी में टुकड़ों का अनुपात<150 bp was very similar to that in healthy individuals, indicating a low amount of ctDNA in RCC. The ctDNA detection rate was 65% for ''low-ctDNA cancers'' (RCC, pancreatic cancer, and glioma).

स्मिथ एट अल [16] ने सीएफडीएनए अंशों के सिलिको आकार चयन में मौलीरे एट अल [25] के समान ही लागू किया और पाया कि इससे सीटीडीएनए का पता लगाने में सुधार हुआ। आरसीसी के विभिन्न चरणों वाले रोगियों के एक समूह और एमआरसीसी रोगियों के एक समूह में, उन्होंने पाया कि सीटीडीएनए का पता लगाने की दर क्रमशः 23% (48 में से 11) और 33% (43 में से 14) थी, जब अलक्षित एसडब्ल्यूजीएस दृष्टिकोण संयुक्त था। आकार चयन के साथ.

हालाँकि इस अलक्षित और अपेक्षाकृत कम खर्चीली पद्धति के कुछ फायदे हैं, परिणाम बताते हैं कि इसमें आरसीसी के लिए अपेक्षाकृत कम संवेदनशीलता है और अनुकूलन की आवश्यकता है।

3.2.4. प्लाज्मा का लक्षित मिथाइलेशन विश्लेषण

पीसीआर-आधारित विधि का उपयोग करके प्लाज्मा का लक्षित मिथाइलेशन विश्लेषण बहुत सस्ता और आसान है। नुकसान यह है कि बहुत कम जीनों का विश्लेषण किया जाता है और यदि रोगी में इनमें से किसी एक जीन में उत्परिवर्तन नहीं होता है, तो ctDNA परीक्षण का परिणाम नकारात्मक होगा। हमने पांच अध्ययनों की पहचान की [9,28-31] जिसमें इस पद्धति का उपयोग किया गया (तालिका 4) और आरसीसी के विभिन्न चरणों वाले 27 से 157 रोगियों को शामिल किया गया। चार अध्ययनों में स्वस्थ नियंत्रणों का एक समूह शामिल था।

सामान्य तौर पर, लेखकों ने निष्कर्ष निकाला कि मेथिलिकरण विश्लेषण ने कैंसर रोगियों को स्वस्थ नियंत्रण से अलग करने में उच्च विशिष्टता लेकिन कम संवेदनशीलता प्रदान की। हॉसर एट अल [28] और स्क्रीपकिना एट अल [29] ने कई जीनों का एक संयुक्त विश्लेषण किया, जिससे नैदानिक ​​​​संवेदनशीलता और विशिष्टता बढ़ गई। लिन एट अल [30] और जंग एट अल [31] ने क्रमशः PCDH17 और SHOX2 की मिथाइलेशन स्थिति की जांच की। लिन एट अल ने पाया कि PCDH17 की उपस्थिति रोग के उन्नत चरण से संबंधित है, और जंग एट अल ने पाया कि SHOX{7}}सकारात्मक प्लाज्मा वाले रोगियों में मृत्यु का जोखिम काफी अधिक था।

अनुक्रमण-आधारित विश्लेषण की तुलना में पीसीआर-आधारित विश्लेषण करना बहुत कम महंगा हो सकता है लेकिन यह केवल सीमित संख्या में उत्परिवर्तन की जांच की अनुमति देता है। संवेदनशीलता और विशिष्टता दोनों अक्सर अपेक्षाकृत कम होती हैं, जैसा कि हॉसर एट अल [28] और डी मार्टिनो एट अल [9] के अध्ययनों में देखा गया है। तकनीकी रूप से अधिक संवेदनशील तरीके जैसे डिजिटल ड्रॉपलेट पीसीआर उन रोगियों के लिए संवेदनशीलता में सुधार कर सकते हैं जिनके ट्यूमर में लक्षित जीनोमिक स्थिति में उत्परिवर्तन होता है [32]। हालाँकि, यह संभावना है कि आरसीसी में सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए बड़े जीनोमिक क्षेत्रों को लक्षित करने वाली अन्य विधियों की आवश्यकता होती है।

3.2.5. वैश्विक मिथाइलेशन विश्लेषण

तीन अध्ययनों [18,26,27] ने सीएफडीएनए (तालिका 5) में वैश्विक मिथाइलेशन पैटर्न (एपिजेनेटिक विपथन) की जांच की। आरसीसी में आनुवंशिक परिवर्तनों की तुलना में एपिजेनेटिक परिवर्तन अधिक प्रचुर मात्रा में होते हैं, जिससे ट्यूमर-विशिष्ट परिवर्तन अधिक होते हैं। वैश्विक मिथाइलेशन विश्लेषण इस प्रकार उच्च संवेदनशीलता प्राप्त कर सकता है। सेल-मुक्त मिथाइलेटेड डीएनए इम्युनोप्रेसिपिटेशन और हाई-थ्रूपुट अनुक्रमण (सीएफएमईडीआईपी-सीक्यू) एक बाइसल्फाइट-मुक्त तकनीक है जो सीएफडीएनए के पूरे-जीनोम मिथाइलेशन का पता लगा सकती है। इस तकनीक का लाभ यह है कि यह कम डीएनए इनपुट के साथ जीनोम-वाइड सीआरजी-मिथाइलेटेड सीएफडीएनए को समृद्ध कर सकता है (<10 ng) [33]. cfMeDIP-seq was applied in two studies: Nuzzo et al [26] had a ctDNA detection rate of 97% (at the specificity of 100%) in a study of 69 patients with various stages of RCC, and Lasseter et al [18] had a ctDNA detection rate of 100% in a study of 34 patients with mRCC, although at lower specificity of 88%.

विभिन्न प्रकार के कैंसर वाले 2000 से अधिक रोगियों (आरसीसी के विभिन्न चरणों वाले 81 रोगियों सहित) के एक बड़े अध्ययन में, लियू एट अल [27] ने पाया कि आरसीसी में सीटीडीएनए का पता लगाने की दर अन्य प्रकार के कैंसर की तुलना में कम थी। सीटीडीएनए का पता लगाने के लिए एक क्लासिफायरियर बनाने के लिए 1531 कैंसर मामलों और 1521 नियंत्रण नमूनों से पूरे-जीनोम बाइसल्फाइट अनुक्रमण डेटा का उपयोग करके अध्ययन दो चरणों में आयोजित किया गया था। लेखकों ने क्लासिफायर को 654 कैंसर मामलों और 610 नियंत्रण नमूनों के सत्यापन समूह पर लागू किया। इस अध्ययन में पता लगाने की दर प्रशिक्षण समूह में 21% (99.8% की विशिष्टता) और सत्यापन समूह में 12% (99.3% की विशिष्टता) थी, और सीटीडीएनए पहचान में रोग के बढ़ते चरणों के साथ संवेदनशीलता बढ़ रही थी।

इन अध्ययनों से संकेत मिलता है कि आरसीसी में ctDNA का पता लगाने के लिए cfMeDIP-seq एक आशाजनक रणनीति हो सकती है, लेकिन किसी भी स्पष्ट निष्कर्ष पर पहुंचने से पहले बड़े अध्ययनों में सत्यापन अत्यंत महत्वपूर्ण है।

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