एस्ट्रोजेन के तंत्र जैसे कि सिस्टंच डेजर्टिकोला ग्लाइकोसाइड्स के प्रभाव: नेटवर्क फार्माकोलॉजी और ट्रांसक्रिपटोमिक्स से अंतर्दृष्टि

3। प्रायोगिक परिणाम

3.1 नेटवर्क फार्माकोलॉजी विश्लेषण के परिणाम

3.1.1 जीसीएस के सक्रिय घटकों के एस्ट्रोजन-जैसे प्रभावों का नेटवर्क विश्लेषण

जीसीएस (तालिका 1) में कुल 40 यौगिकों का उपयोग करके विश्लेषण किया गया थाटीसीएमएसपी, सिम्पमैप, ईटीसीएम, सिलाई, औरQSARडेटाबेस। डुप्लिकेट को हटाने के बाद, 183 लक्ष्य एकत्र किए गए थे। सेजीनकार्डऔरओमिमडेटाबेस, "एस्ट्रोजन की कमी" या "कम एस्ट्रोजन स्तर" का उपयोग रोग से संबंधित लक्ष्यों को पुनः प्राप्त करने के लिए कीवर्ड के रूप में किया गया था। दोनों स्रोतों से लक्ष्यों का संयोजन और डुप्लिकेट को हटाने के परिणामस्वरूप 1,712 रोग लक्ष्य थे।

का उपयोग करते हुएसाइटोस्केप v3.9.1, एक "यौगिक - लक्ष्य" (सीटी) नेटवर्क की कल्पना की गई थी (चित्र 1)। नेटवर्क में 223 नोड्स शामिल थे: 40 नोड्स जो जीसीएस के सक्रिय घटकों का प्रतिनिधित्व करते हैं और 183 नोड्स लक्ष्यों का प्रतिनिधित्व करते हैं, जो 253 किनारों से जुड़े हैं। वेन आरेख ऑनलाइन प्लेटफ़ॉर्म का उपयोग करते हुए, 40 जीसीएस-विशिष्ट लक्ष्य जीन और एस्ट्रोजेन जैसे लक्ष्य जीनों के चौराहे ने 72 ओवरलैपिंग "जीसीएस-एस्ट्रोजन-जैसे" लक्ष्य जीन (चित्रा 2) प्राप्त की।

 

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3.1.2 कोर टारगेट और पीपीआई नेटवर्क विश्लेषण की स्क्रीनिंग

नेटवर्क के टोपोलॉजिकल मापदंडों (डिग्री, बीच की केंद्रीयता और निकटता केंद्रीयता) का विश्लेषण किया गया था। इन मापदंडों के औसत मूल्यों का उपयोग थ्रेसहोल्ड के रूप में किया गया था। सभी तीन थ्रेशोल्ड मानदंडों को पूरा करने वाले लक्ष्य को जीसीएस के एस्ट्रोजेन जैसे प्रभावों के लिए मुख्य लक्ष्यों के रूप में चुना गया था। कुल 24 मुख्य लक्ष्यों की पहचान की गई। का उपयोग करते हुएसाइटोस्केप v3.9.1, एक "यौगिक - कोर लक्ष्य - एस्ट्रोजन -जैसे" नेटवर्क की कल्पना की गई थी (चित्र 3)। इसके अतिरिक्त, मुख्य लक्ष्यों का एक पीपीआई नेटवर्क का निर्माण किया गया था (चित्र 4)।

 

3.1.3 फंक्शनल और केईजीजी पाथवे संवर्धन विश्लेषण पर जाएं

गो कार्यात्मक विश्लेषण से, 35 महत्वपूर्ण प्रविष्टियों की पहचान की गई थी। सही पी-मूल्यों के आधार पर, शीर्ष 20 मार्गों को चुना गया (चित्र 6)। इनमें मुख्य रूप से आणविक कार्य शामिल हैं जैसे कि साइटोकाइन रिसेप्टर बाइंडिंग, एस्ट्रोजन रिसेप्टर बाइंडिंग, ग्रोथ फैक्टर रिसेप्टर बाइंडिंग और परमाणु रिसेप्टर गतिविधि।

KEGG पाथवे संवर्धन विश्लेषण ने 83 महत्वपूर्ण सिग्नलिंग मार्गों की पहचान की। सही पी-मूल्यों द्वारा रैंक किए गए शीर्ष 20 मार्गों की कल्पना की गई (चित्र 7)। प्रमुख एस्ट्रोजन-संबंधित मार्ग शामिल हैं:

ट्यूमर नेक्रोसिस कारक (TNF) सिग्नलिंग मार्ग

इंटरल्यूकिन -17 (il -17) सिग्नलिंग पाथवे

हाइपोक्सिया-इंड्यूसिबल फैक्टर -1 (HIF -1) सिग्नलिंग पाथवे

एस्ट्रोजेन सिग्नलिंग मार्ग

ये रास्ते जीसीएस के एस्ट्रोजेन जैसे प्रभावों में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं।

3.2 ट्रांसक्रिपटोमिक डेटा के साथ एकीकरण

3.2.1 अनुमानित लक्ष्यों और ट्रांसक्रिपटोमिक डेटा के बीच सहसंबंध विश्लेषण

का उपयोगHGNCडेटाबेस, नेटवर्क फार्माकोलॉजी द्वारा अनुमानित 24 कोर लक्ष्य जीनों को समरूप चूहे के जीन में परिवर्तित किया गया था, जिसके परिणामस्वरूप 31 जीन थे। डुप्लिकेट को हटाने के बाद, 29 जीन बने रहे। ट्रांसक्रिपटोमिक डेटा के साथ तुलना करके, सभी 29 मुख्य लक्ष्य (सिवाय)MCL1औरजीसीजी) जीन अभिव्यक्ति में बदलाव दिखाया। परिणामों को तालिका दो में दर्शाया गया है।

3.2.2 नेटवर्क फार्माकोलॉजी और ट्रांसक्रिपटोमिक्स से केईजीजी मार्गों के बीच सहसंबंध विश्लेषण

मुख्य लक्ष्य जीन को होमोलॉगस चूहे जीन में परिवर्तित करने के बाद, केईजीजी पाथवे संवर्धन विश्लेषण आयोजित किया गया था। कुल 1 0 8 रास्ते (Padjust <0। 05) के साथ कोर लक्ष्य जीन के लिए पहचाने गए थे। ट्रांसक्रिपटोमिक अनुक्रमण डेटा के KEGG संवर्धन विश्लेषण ने 107 मार्गों की पहचान की (पैडजस्ट <0.05 के साथ)। नेटवर्क फार्माकोलॉजी और ट्रांसक्रिपटोमिक्स के बीच सहसंबंध विश्लेषण के परिणाम चित्र 8 में दिखाए गए हैं।

इसमें 68 ओवरलैपिंग रास्ते थे, जिनमें शामिल थे:

एस्ट्रोजेन सिग्नलिंग मार्ग

शिविर सिग्नलिंग मार्ग

टीएनएफ सिग्नलिंग मार्ग

ओवरलैपिंग मार्ग कुल मार्गों के 60% से अधिक के लिए जिम्मेदार थे।