भाग दो: एनपीएचएस1 और टीएनएफएसएफ15 में सामान्य जोखिम वाले वेरिएंट बचपन के स्टेरॉयड-संवेदनशील नेफ्रोटिक सिंड्रोम से जुड़े हैं

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वर्तमान अध्ययन में सभी ऑटोसोमल वेरिएंट द्वारा समझाया गया विचरण

जीनोम-वाइड वेरिएंट द्वारा समझाया गया बचपन SSNS की देखी गई आनुवांशिकता 41.1 प्रतिशत (14. 0 प्रतिशत) होने का अनुमान लगाया गया था। 0.016 प्रतिशत की व्यापकता मानते हुए दायित्व पैमाने पर आनुवंशिकता 14.8 प्रतिशत (5.0 प्रतिशत) थी। एचएलए क्षेत्र के मजबूत सहयोग को ध्यान में रखते हुए, देखी गई आनुवंशिकता 31.6 प्रतिशत (13.6 प्रतिशत) होने का अनुमान लगाया गया था, और परिवर्तन के बाद यह 11.4 प्रतिशत (4.9 प्रतिशत) हो गया जब गुणसूत्र 6 पर वेरिएंट को बाहर रखा गया था। सामान्य वेरिएंट (MAF> 5 प्रतिशत) ने 88 प्रतिशत -90 प्रतिशत रोग आनुवांशिकता (सप्लीमेंट्री टेबल S21; सप्लीमेंट्री फिगर S10) के बारे में बताया।

सिस्टैंच नेफ्रोटिक सिंड्रोम में मदद कर सकता है

बहस

कई महाद्वीपीय आबादी में अब तक के सबसे बड़े नमूना आकार और प्रतिकृति के साथ वर्तमान जापानी GWAS ने NPHS1 और TNFSF15 क्षेत्रों में बचपन के SSNS के लिए नए संवेदनशीलता कारकों के रूप में सामान्य वेरिएंट की पहचान की। क्रोमोसोम 19 लोकस के पोस्ट-जीडब्ल्यूएएस विश्लेषण ने एक संभावित ट्रांसक्रिप्शनल तंत्र की पहचान की जिसके द्वारा एनपीएचएस 1 जोखिम हैप्लोटाइप रोग में योगदान कर सकता है। अंत में, बड़े नमूने के आकार ने पहले से निहित एचएलए लोकी के अतिरिक्त मानचित्रण को सशक्त बनाया। कुल मिलाकर, ये निष्कर्ष बचपन के एसएसएनएस की आनुवंशिक पृष्ठभूमि के बारे में हमारी समझ का स्पष्ट रूप से विस्तार और सुधार करते हैं। वे नेफ्रिन की पहचान करते हैं, प्रोइन-एम्मेटरी साइटोकाइन ट्यूमर नेक्रोसिस फैक्टर सुपरफैमिली मेंबर 15 (TNFSF15), और उनके संबंधित अणुओं को SSNS को बेहतर ढंग से समझने और चिकित्सीय विकास के लिए जैविक जांच के नए लक्ष्य के रूप में। अंत में, एनपीएचएस 1 ठिकाने में सामान्य वेरिएंट के साथ जुड़ाव एक और उदाहरण प्रदान करता है जो दिखाता है कि मेंडेलियन किडनी रोग जीन एक अधिक सामान्य बहुक्रियात्मक रोग (एसएसएनएस) के लिए संवेदनशीलता वेरिएंट को परेशान कर सकता है।

एनपीएचएस 1 में दुर्लभ उत्परिवर्तन जन्मजात का कारण बनता हैगुर्दे का रोगफिनिश प्रकार का, एक दुर्लभ मोनोजेनिकगुर्दे का रोग that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>टी) एक्सॉन 3 में। पहले, सन एट अल। चीनी छिटपुट में rs2285450 माइनर एलील की उच्च आवृत्ति की सूचना दीगुर्दे का रोगनियंत्रण की तुलना में सिंगापुर के रोगियों (20 प्रतिशत बनाम 13 प्रतिशत, पी ¼ 0.025) और दिखाया कि जोखिम एलील के परिणामस्वरूप HEK293-M1 कोशिकाओं में पैच- के माध्यम से TRPC6 धाराओं को बाधित करने की क्षमता में कमी आई है। दबाना,जो प्रोटीनुरिया के लिए संवेदनशीलता के लिए जिम्मेदार हो सकता है। 27,28 यह अध्ययन SSNS के लिए जोखिम कारक के रूप में rs2285450 के लिए स्वतंत्र समर्थन प्रदान करता है और संवेदनशीलता के लिए एक वैकल्पिक तंत्र का सुझाव देता है।गुर्दे का रोगआगे की जांच की आवश्यकता है।

युग्मित मानव आनुवंशिक और ग्लोमेरुलर ट्रांसक्रिपटामिक डेटा का उपयोग करते हुए, हमने इस जोखिम हैप्लोटाइप के एक समारोह के रूप में कुल एनपीएचएस 1 अभिव्यक्ति में अंतर नहीं देखा। हालाँकि, RNA-seq डेटा ने महत्वपूर्ण ASE के अवलोकन की अनुमति दी, जिसके परिणामस्वरूप जोखिम एलील्स (सप्लीमेंट्री फिगर S11) को नुकसान पहुंचाने वाले हैप्लोटाइप से NPHS1 की अभिव्यक्ति कम हुई। इस स्थान पर कई जोखिम प्रकार एनपीएचएस1 में बाहरी परिवर्तनों के पर्याय थे। इसलिए, हमने NPHS1 पर अधिक ध्यान केंद्रित किया और संभावित रोग तंत्र में KIRREL2 की भूमिका के बारे में चर्चा नहीं की। भविष्य के काम में शामिल होना चाहिए: (i) जीनोटाइपिंग और किडनी एक्सप्रेशन डेटा वाले अतिरिक्त रोगियों में इस अवलोकन को मान्य करना; और (ii) एनपीएचएस1 का यह एएसई कैसे योगदान दे रहा है या एसएसएन के साथ जुड़ाव का कारण बन रहा है, इस बारे में एक यंत्रवत समझ हासिल करना। शिथिलता के लिए संभावित परिकल्पनाओं में शामिल हैं: (i) संदर्भ गुणसूत्र से आवश्यक मात्रा में नेफ्रिन का उत्पादन करने के लिए कोशिका पर बोझ बढ़ जाता है, जिससे सेलुलर तनाव होता है और चोट लगने की संभावना बढ़ जाती है; और (ii) संभावित रूप से निष्क्रिय नेफ्रिन प्रोटीन जो जोखिम हैप्लोटाइप से उत्पन्न होता है (उदाहरण के लिए, अंतर पोस्टट्रांसलेशनल संशोधनों के माध्यम से) जिसके परिणामस्वरूप असामान्य ग्लोमेरुलर निस्पंदन बाधा उत्पन्न होती है।

9q32 ठिकाने पर आनुवंशिक बहुरूपता कई ऑटोइम्यून और सूजन संबंधी बीमारियों से जुड़े हुए हैं। 23,29-31 9q32 के भीतर सबसे संभावित रोग पैदा करने वाला जीन TNFSF15 है, जो TNFSF15 को एन्कोड करता है। वर्तमान अध्ययन में, rs4979462 के महत्वपूर्ण संघ को स्वतंत्र रूप से दोहराया गया था और एक ट्रान्सएथनिक मेटा-विश्लेषण द्वारा इसे और मजबूत किया गया था। इससे पहले, Hitomi et al.32 ने rs4979462 को ल्यूसिफरेज परख और इलेक्ट्रोफोरेटिक मोबिलिटी शिफ्ट परख का उपयोग करके इन विट्रो कार्यात्मक विश्लेषण द्वारा एक कार्यात्मक संस्करण के रूप में पहचाना। सुपर-शिफ्ट परख ने स्पष्ट किया कि rs4979462 के जोखिम एलील (T) ने एक उपन्यास NF -1 बाध्यकारी साइट उत्पन्न की। इसके अलावा, कई रिपोर्टों से पता चला है कि rs4979432 का जोखिम एलील TNFSF15 mRNA के अभिव्यक्ति स्तर को प्रभावित करता है। 30, 32 बच्चों में SSNS के साथ TNFSF15 के जुड़ाव की पुष्टि करने के लिए आगे के अध्ययन की आवश्यकता है।

वर्तमान अध्ययन में, NPHS1 और TNFSF15 लोकी के वेरिएंट की पहचान की गई और उन्हें मुख्य रूप से पूर्वी एशियाई (जापानी और कोरियाई) और दक्षिण एशियाई आबादी में दोहराया गया, जिसमें बीमारी की अधिक घटना बताई गई है। इसके विपरीत, एनपीएचएस 1 में उम्मीदवार एसएनपी के जोखिम एलील की आवृत्ति यूरोपीय वंश (तालिका 1) के लोगों में दुर्लभ थी। ये निष्कर्ष आंशिक रूप से बीमारी से जुड़े बहुरूपताओं के दृष्टिकोण से आबादी के बीच महामारी विज्ञान के अंतर को स्पष्ट कर सकते हैं। CALHM6/FAM26F और PARM1 क्षेत्रों में हमारे जापानी डेटासेट में महत्वपूर्ण संकेतों की अनुपस्थिति से इस अंतर को और स्पष्ट किया गया है, जो यूरोपीय वंश के एक सजातीय समूह में पाए गए थे।

एचएलए-डीआर/डीक्यू जीन के प्रमुख योगदान के साथ, प्रमुख हिस्टोकोम्पैटिबिलिटी कॉम्प्लेक्स क्लास II प्रोटीन कॉम्प्लेक्स के जीन सेट और प्रमुख हिस्टोकोम्पैटिबिलिटी कॉम्प्लेक्स क्लास II रिसेप्टर गतिविधि रोग से दृढ़ता से जुड़े थे। जन्मजात प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया को एक मध्यम प्रभाव वाले एक महत्वपूर्ण जीन सेट के रूप में भी पहचाना गया। पेशेवर कोशिकाओं (एंटीजन-प्रेजेंटिंग सेल और बी सेल / टोल-जैसे रिसेप्टर्स) की सक्रियता सहित जन्मजात प्रतिरक्षा प्रणाली, साथ ही अनुकूली प्रतिरक्षा प्रणाली, जिसमें एचएलए अणु एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं, रोग प्रक्रिया और प्रतिक्रिया में शामिल है। इलाज के लिए।33,34

बचपन SSNS की आनुवंशिकता का लगभग 90 प्रतिशत सामान्य रूपों द्वारा योगदान दिया गया था, हालांकि अपेक्षाकृत दुर्लभ एलील आवृत्तियों (MAF: 0.5 प्रतिशत -5 प्रतिशत) वाले वेरिएंट को भी ध्यान में रखा गया था। हालांकि, बीमारी की आनुवंशिकता का एक बड़ा हिस्सा बेहिसाब रहता है। गैर-एचएलए क्षेत्रों में अन्य रोग-संबंधी वेरिएंट की पहचान भविष्य के जीनोम-वाइड अध्ययनों द्वारा बड़े नमूना आकारों के साथ की जा सकती है, विशेष रूप से यूरोपीय और अन्य गैर-पूर्वी एशियाई वंशों के रोगियों के लिए, क्योंकि गैर-एचएलए क्षेत्रों में रोग-संबंधी बहुरूपता अभी भी बड़े पैमाने पर हैं। अनजान।

वर्तमान अध्ययन में, विभिन्न पूर्वजों के साथ प्रतिकृति समूहों में नमूना आकार ने छोटे प्रभाव आकारों वाले संकेतों की प्रतिकृति के लिए शक्ति को सीमित कर दिया है। जनसंख्या स्तरीकरण समायोजन की कमी के कारण प्रतिकृति चरण में मौजूद हो सकता है। इसके अलावा, बैच प्रभाव मामलों और नियंत्रणों के बीच हो सकता है जब सार्वजनिक डेटाबेस से एलील आवृत्तियों को जनसंख्या-मिलान नियंत्रण के रूप में उपयोग किया जाता था।

संक्षेप में, यहां की खोजें नई SSNS लोकी प्रदान करती हैं। NPHS1 ठिकाना, विशेष रूप से, रोग के रोगजनन के लिए एक उत्तेजक नई अवधारणा प्रदान करता है, नेफ्रोलॉजी में एक उभरते हुए प्रतिमान को जोड़ता है और मजबूत करता है - कुछ जीनों में मेंडेलियन वेरिएंट को शरण देने वाले, अधिक सामान्य एलील मल्टीफैक्टोरियल, पॉलीजेनिक रोगों की संवेदनशीलता को बढ़ा सकते हैं, जैसा कि पहले दिखाया गया था। UMOD, COL4A3, और NPHS2.26, 35-41 अंत में, वर्तमान निष्कर्ष फिर से विविध आबादी में जीनोमिक अनुसंधान करने के महत्व पर जोर देते हैं। ऐसा करके, हमने विशिष्ट एसएनपी की खोज की, जिनके पूर्वी और दक्षिण एशियाई आबादी पर अधिक प्रभाव पड़ने की संभावना है, जबकि जीन और लोकी की पहचान करना जो सभी आबादी में महत्वपूर्ण हो सकते हैं, जिसके लिए हम यूरोपीय खोज समूह का उपयोग करते हुए सांख्यिकीय रूप से अंधे होंगे।

विधि

अतिरिक्त विवरण के लिए अनुपूरक तरीके देखें।

नमूने: खोज चरण में, 1018 जापानी रोगियों में बचपन के SSNS (शुरुआत की उम्र) का निदान किया गया था<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

खोज चरण में जीनोटाइपिंग और संपूर्ण-जीनोम इंप्यूटेशन

खोज चरण में, 1018 मामलों और 3331 नियंत्रणों को एफिमेट्रिक्स जैपोनिका सरणी का उपयोग करके जीनोटाइप किया गया था। 42 कम कॉल दर द्वारा उन्नीस नमूनों को बाहर रखा गया था (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. निम्न सीमा का उपयोग करके गुणवत्ता नियंत्रण आयोजित किया गया था: व्यक्तिगत लापता दर<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{{0}}.1875. मामलों, नियंत्रणों और HapMap चरण III डेटा (113 CEU [एक उत्तर-पश्चिमी यूरोपीय आबादी], 113 YRI [योरूबा में) के लिए जीनोम-वाइड जटिल विशेषता विश्लेषण (संस्करण 1.26.0)44 का उपयोग करके प्रमुख घटक विश्लेषण किया गया था।

इबादान, नाइजीरिया], 84 सीएचबी [बीजिंग, चीन में हान चीनी], और 86 जेपीटी [टोक्यो, जापान में जापानी आबादी]); आउटलेर्स के रूप में पहचाने गए नमूनों को बाहर रखा गया था (पूरक चित्रा S1A-E)।

जीनोम-वाइड एसोसिएशन खोज चरण में विश्लेषण करता है

जीनोम-वाइड एसोसिएशन विश्लेषण और सिंगल-न्यूक्लियोटाइड वैरिएंट-आधारित सशर्त विश्लेषण लॉजिस्टिक रिग्रेशन, सेक्स के लिए समायोजन और PLINK 1.9 द्वारा पहले 4 प्रमुख घटकों (PC1 से PC4) का उपयोग करके आयोजित किए गए थे। मैनहट्टन और क्यूक्यू भूखंडों को उत्पन्न करने के लिए आर पैकेज "क्यूक्यूमैन" का उपयोग किया गया था। Locuszoom (1000 जीनोम नवंबर 2014 ASN को लिंकेज डिसिपिलिब्रियम संदर्भ के रूप में इस्तेमाल किया गया था) का उपयोग करके क्षेत्रीय भूखंड तैयार किए गए थे।45

जीन-आधारित परीक्षण और जीन-सेट विश्लेषण

जीन-आधारित परीक्षण और जीन-सेट विश्लेषण मैग्मा v1.646 (FUMA47 के माध्यम से कार्यान्वित) द्वारा किए गए थे। जीनोटाइप-टिशू एक्सप्रेशन (GTEx) डेटाबेस48 और NephVS eQTL Browser (NephQTL)21 का उपयोग विभिन्न ऊतकों और किडनी-विशिष्ट ऊतकों में विभिन्न जीनों की अभिव्यक्ति को प्रभावित करने वाले eQTL को खोजने के लिए किया गया था।

उम्मीदवार एसएनपी की प्रतिकृति

कई आबादी में प्रतिकृति की गई। कोरियाई डेटासेट में प्रतिभागियों को दक्षिण कोरिया से भर्ती किया गया था। MWPNC समूह में अमेरिका और श्रीलंका से भर्ती किए गए दक्षिण एशियाई वंश के 181 रोगी, अफ्रीकी मूल के 158 रोगी शामिल थे।

चित्र 4| ग्लोमेरुलर एनपीएचएस1 एमआरएनए एक्सप्रेशन इनगुर्दे का रोगस्टडी नेटवर्क (NEPTUNE) कोहोर्ट। (ए) एनपीएचएस 1 के टुकड़े प्रति किलोबेस मिलियन अभिव्यक्ति के साथ नमूनों की तुलना एनपीएचएस 1 जोखिम हैप्लोटाइप के बिना। एनपीएचएस1 जोखिम हैप्लोटाइप के नमूने महत्वपूर्ण रूप से भिन्न अभिव्यक्ति स्तर नहीं दिखाते हैं (विल्कोक्सन परीक्षण, पी ¼ 0.39)। (बी) एलील-विशिष्ट अभिव्यक्ति (एएसई) एनपीएचएस 1 जोखिम हैप्लोटाइप के बिना बनाम नमूनों की तुलना। एएसई |0.5 - (हैप्लोटाइप ए / कुल पढ़ता है)|। जोखिम एलील वाले रोगियों में, हैप्लोटाइप ए सभी 5 एनपीएचएस 1 जोखिम वेरिएंट को बंद कर देता है; जोखिम हैप्लोटाइप के बिना रोगियों में, हैप्लोटाइप ए को उनके 2 हैप्लोटाइप में से 1 से यादृच्छिक रूप से चुना जाता है। 2 से कम विषमयुग्मजी एकल-न्यूक्लियोटाइड बहुरूपता वाले नमूने या कुल संख्या के निचले 10 प्रतिशत में ग्रे रंग में इंगित किया गया है। एनपीएचएस 1 जोखिम हैप्लोटाइप के नमूने जोखिम हैप्लोटाइप की कम अभिव्यक्ति के साथ महत्वपूर्ण एलील-विशिष्ट अभिव्यक्ति दिखाते हैं (विल्कोक्सन परीक्षण, पी ¼ 9.3ई–4)। सीपीएम प्रति मिलियन मायने रखता है।

अमेरिका और नाइजीरिया, और 63 यूरोपीय और 27 हिस्पैनिक रोगियों को अमेरिका से भर्ती किया गया था। NEPHROVIR समूह में 132 यूरोपीय संघ-यूरोपीय, 56 अफ्रीकी, और SSNS वाले 85 माघरेबियन बच्चे शामिल थे, जिन्हें पेरिस क्षेत्र में भर्ती किया गया था; 3 शहरों से 2000 यूरोपीय नियंत्रण और 1000G अफ्रीकी समूह से 454 नियंत्रण और 261 मोरक्कन नियंत्रण क्रमशः जनसंख्या-मिलान नियंत्रण के रूप में उपयोग किए गए थे। इटैलियन और स्पैनिश (ItSpa) कॉहोर्ट में इटली और स्पेन के 112 यूरोपीय मरीज और 1000G यूरोपीय कॉहोर्ट के 552 नियंत्रण शामिल थे। प्रत्येक जनसंख्या के डेटासेट की विस्तृत जानकारी अनुपूरक विधियों और तालिका 1 में दिखाई गई है।

प्रतिकृति चरण में, व्यक्तिगत जीनोटाइप डेटा का उपयोग करके कोरियाई डेटासेट में लॉजिस्टिक रिग्रेशन किया गया था। P मानों की गणना पियर्सन के c2 परीक्षण या MWPNC कोहोर्ट और सार्वजनिक डेटाबेस में फिशर के सटीक परीक्षण द्वारा की गई थी। C2 परीक्षण में सेल ¼ 0 के लिए, 0.5 को 4 कक्षों में से प्रत्येक में ORs, मानक त्रुटि (SE), और 95 प्रतिशत विश्वास अंतराल की गणना करने के लिए जोड़ा गया था। NEPHROVIR और ItSpa डेटासेट में, एडिटिव मॉडल के तहत एसोसिएशन विश्लेषण किए गए थे।

ट्रान्सएथनिक मेटा-विश्लेषण

ट्रांसएथनिक मेटा-विश्लेषण "मेटा" द्वारा xed- या यादृच्छिक-प्रभाव मॉडल पर आधारित व्युत्क्रम-विचरण पद्धति का उपयोग करके आयोजित किया गया था। 49 विषमता पर विचार किया गया था जब कोचरन क्यू परीक्षण में पी-मान <0.10 था।="" मेटा-विश्लेषण="" के="" लिए="" पिटा=""><5e-08 को="" जीनोम-वाइड="" सिग्नेचर="" थ्रेशोल्ड="" माना="" जाता="">

NEPTUNE कोहोर्ट में ASE विश्लेषण

ग्लोमेरुलर बायोप्सी से कुल आरएनए और 3 0 X पूरे-जीनोम अनुक्रमण NEPTUNE2 0 से 269 और 625 नमूनों पर किया गया था (अधिक विवरण के लिए पूरक डेटा 20 देखें)। क्रोमोसोम 19 पर वेरिएंट को बदल दिया गया, MAF <0.0001, सम्मिलन="" और="" विलोपन,="" जीनोटाइप="" गुणवत्ता="" स्कोर=""><20, और="" लापता=""> 10 प्रतिशत को हटा दिया गया। मिशिगन इंप्यूटेशन सर्वर51 पर ईगल v2.4.150 के साथ 1000 जीनोम चरण 3 संदर्भ पैनल का उपयोग करके वेरिएंट को चरणबद्ध किया गया था। सभी 5 गुणसूत्र 19 जोखिम एलील्स (rs56117924, rs2073901, rs412175, rs2285450, और rs404299) को शरण देने वाले नमूनों की पहचान की गई थी। जीन क्वांटि-कै-ऑन (Log2CPM) की गणना M मानों (TMM) -सामान्यीकरण विधि के किनारे ट्रिम किए गए माध्य के साथ की गई थी। 53 NPHS1 और आसपास के 1KB इंटरजेनिक क्षेत्र (chr19: 36,315,274–36,343,895) विशेष रूप से बाम फाइलों पर केंद्रित थे। NPHS1 bam les और चरणबद्ध संपूर्ण-जीनोम अनुक्रमण phASER54 में हैप्लोटाइप चरणबद्ध प्रदर्शन करने के लिए इनपुट किया गया था। NPHS1 के भीतर Duetoahighrecombinationhotspot, हमने विभिन्न संदर्भ पैनल और विधियों की तुलना करते समय rs2071347 (NPHS1, एक्सॉन 26) की असंगत चरणबद्धता पाई, और इसलिए इसे डाउनस्ट्रीम विश्लेषण से हटा दिया। हमने सभी विषमयुग्मजी SNPs में RNA-seq की गणना करके हैप्लोटाइप-विशिष्ट अभिव्यक्ति की गणना करने के लिए phASER का उपयोग किया। एनपीएचएस 1 में कुल 20 से कम पढ़े गए नमूनों को हटा दिया गया था। शेष 187 नमूनों के लिए, हमने एएसईएएसजे 0.5 की गणना की - (हैप्लोटाइप ए / कुल रीड्स) जे। रिस्क हैप्लोटाइप वाले रोगियों में, हैप्लोटाइप ए में सभी 5 एनपीएचएस1 रिस्क वेरिएंट होते हैं; जोखिम हैप्लोटाइप के बिना रोगियों में, हैप्लोटाइप ए को उनके 2 हैप्लोटाइप में से एक से यादृच्छिक रूप से चुना जाता है। हमने तब एएसई और जीन अभिव्यक्ति की तुलना विल्कोक्सोनरैंक-समटेस्टिन आर के साथ और बिना जोखिम वाले नमूनों के लिए की। नमूनों में भिन्न विषमयुग्मजी एसएनपी का समर्थन करने की कुल संख्या और संख्या। एएसई का पता लगाने के लिए कम शक्ति वाले नमूने, 2 विषमयुग्मजी एसएनपी से कम, या कुल रीड्स के निचले 10 प्रतिशत में फिर भी पूर्णता के लिए शामिल किए गए थे और आंकड़े 4 ए और बी में ग्रे बिंदुओं के रूप में इंगित किए गए हैं।

एचएलए (एन-मैपिंग)

पूरक विधियों में HLA प्रतिरूपण और HLA जीनोटाइपिंग के तरीके दिखाए गए हैं।

शक्ति गणना

खोज की शक्ति GWAS (987 मामले और 32 0 6 नियंत्रण) की गणना R पैकेज "CATS" का उपयोग करके की गई थी। 55 0.016 प्रतिशत की बीमारी के प्रसार को मानते हुए, अध्ययन शक्ति की गणना अलग से की गई थी 0.5 प्रतिशत, 5 प्रतिशत, और 50 प्रतिशत की एलील आवृत्ति वाले वेरिएंट के लिए एडिटिव मॉडल, एक महत्वपूर्ण थ्रेशोल्ड 5E–08 (सप्लीमेंट्री फिगर S2) के साथ। जैव सूचना विज्ञान संस्थान के ऑनलाइन नमूना आकार अनुमानक 56 का उपयोग प्रत्येक के लिए प्रतिकृति की शक्ति का अनुमान लगाने के लिए किया गया था।

उम्मीदवार एसएनपी।

आनुवंशिकता अनुमान

जीनोम-वाइड वेरिएंट द्वारा बताई गई बीमारी की आनुवांशिकता का अनुमान जीनोम-वाइड कॉम्प्लेक्स ट्रैट एनालिसिस 43,57 (जीनोम-वाइड कॉम्प्लेक्स ट्रैट एनालिसिस- एलडीएमएस मेथड) का उपयोग करके लगाया गया था, जो कि 0 के रोग प्रसार को मानते हैं। 016 प्रतिशत जापानी आबादी में। पूरे जीनोम प्रतिरूपण के बाद गुणवत्ता नियंत्रण प्रक्रिया को पारित करने वाले सभी वेरिएंट को विश्लेषण में शामिल किया गया था। गणना के दौरान आनुवंशिक संबंध मैट्रिक्स बनाते समय वेरिएंट को सामान्य वेरिएंट (MAF> 5 प्रतिशत) या असामान्य वेरिएंट (0.5 प्रतिशत

अनुबंध

बचपन के अज्ञातहेतुक के आनुवंशिकी पर अनुसंधान संघगुर्दे का रोगजापान में

योशिनोरी अराकी, योशिनोबु नागाओका, ताकायुकी ओकामोटो, यासुयुकी सातो, असाको हयाशी, तोशीयुकी ताकाहाशी, हयातो आओयागी, मिचिहिको यूएनो, मसानोरी नाका-निशि, नारीकी टोइता, किमियाकी उतेके, नोरियो कोबायाशी, शोजी फुजिता, नाओनुशी कुमागा, हिरो कुमायाशी, शोजी फुजिता। एरिको तनाका, ताए ओमोरी, मारी ओकाडा, योशीहो हताई, तोमोहिरो उडगावा, येको मोटोयोशी, केंजी इशिकुरा, कोइची कामेई, मसाओ ओगुरा, माई सातो, युजी कानो, मोटोशी हटोरी, केनिचिरो मिउरा, युताका हरिता, शोइचिरो कांडा, एमी सवानोबोरी, अन्ना कोबायाशी , मनाबू कोजिका, योको ओहवाडा, कुनिमासा यान, हिरोशी हटया, रिकू हमदा, चिकाको टेरानो, रयोको हरादा, युको हमासाकी, जुन्या हाशिमोतो, शुइची इतो, हिरोयुकी माचिदा, आया इनाबा, ताकेशी मत्सुयामा, मिवा गोटो, मसाकी शिमिज़ु, योहेहाइड ओहता इकेज़ुमी, ताकेशी यामादा, तोशीकी सुज़ुकी, सोची तमामुरा, युकिको मोरी, योश-इहिको हिदाका, डाइसुके मात्सुओका, तत्सुया किनोशिता, शुनसुके नोडा, मसाशी किताहारा, नाओया फुजिता, सातोशी हिबिनो, काज़ुमोतो इजिमा, कंडाई नोज़ू, हिरोशी काइटो मिनामिकावा, तोमोहिको यामामुरा, चाइना नागानो, तोमोको होरी-नूची, कीता नकानिशी, जुन्या फुजिमुरा, नाना साकाकिबारा, युया आओतो, शिन्या इशिको, रयोजिरो तनाका, क्योको कांडा, योसुके इनागुमा, युया हाशिमुरा, शिंगो इशिमोरी, ताकायुकिरो कामीनो, शिबायुकी ताकेशिमा, रिका फ़ूजी- मारू, हिरोकी उएदा, अकीरा आशिदा, हिदेकी मात्सुमुरा, ताकुओ कुबोटा, ताइची किताओका, युसुके ओकुडा, तोशीहिरो सवाई, तोमोयुकी सकाई, युको शिमा, ताकेत्सुगु हमा, मिकिया फुजिदा, मासायुकी इशिहारा, शिगेरू इवाकी, ताकुमा इशिहारा शि-मिज़ू, कोजी नागाटानी, शोजी कागामी, माकी उरुशिहारा, योशित्सुगु काकू, मानो निशिमुरा, मिवा योशिनो, केन हटे, माईको हिनोकियामा, री कुरोकी, यासुफुमी ओत्सुका, मसाफुमी ओका, शिनजी निशिमुरा, तदाशी सातो, सेजी तनाका, अयुको नाकाज़ातो, हिरोशी तमुरा, और कोइची नाकानिशी

बच्चों में वंशानुगत गुर्दे की बीमारियों का कोरियाई संघ

मिन ह्यून चो, ताए-सुन हा, हे इल चेओंग, ही ग्युंग कांग, इल-सू हा, जी ह्यून किम, पेओंग गैंग पार्क, मायुंग ह्यून चो, क्यूंग ही हान, और यूं एमआई यांग

मिडवेस्ट पीडियाट्रिक नेफ्रोलॉजी कंसोर्टियम (नेफ्रोटिक के आनुवंशिकी)

सिंड्रोम अध्ययन समूह)

एलेजांद्रो क्विरोगा, आशा मौदगिल, ब्लैंच चेवर्स, चार्ल्स क्वोन, कोरिन्ना बोवर्स, देब गिप्सन, दीपा चंद, डोनाल्ड जैक वीवर, एलिजाबेथ अब्राहम, हलीमा जंजुआ, जेन-जार लिन, लैरी ग्रीनबाम, महमूद कलश, मिशेल रॉल्ट, निल्का डी जीसस गोंजालेज, पैट्रिक ब्रॉफी, रशीद गबडेगेसिन, शशि नागराज, सुसान मासेंगिल, तारक श्रीवास्तव, ट्रे हुनले, यी कै, अबियोदुन ओमोलोजा, सिंथिया सिल्वा, अदेबोवाले एडेमो, शेनल थलगाहागोडा, जमीला ए। कारी, और शेरिफ एल डेस्क

नेफ्रोवायर

मोहम्मद अब्देलहदी, रचिदा अकील, सोनिया अज़ीब, रोमेन बासमासी, ग्रेगोइरे बेनोइस्ट, फिलिप बेन्सेड, फिलिप ब्लैंक, ओलिविया बोयर, जूली बुचर, ऐनी चेस, अरनौद चाल्वोन, मैरियन चेमिनी, सैंड्रिन चेंडजौ, पैट्रिक दाउद, जॉर्जेस डेसच्यून्स, क्लेयर एलिसिएयर, ओसम , चैंटल गैग्लियाडोन, विन्सेंट गजडोस, ऑरेलियन गैलर्न, एवलिन जैक्ज़ ऐग्रेन, लिडी जोली सांचेज़, मोहम्मद खालिद, फातिमा खेलफौई, यासीन लौदी, अनीस लाराकेब, तारेक लिमानी, फौद महदी, एलेक्सिस मैंडेलविएले नत्सेर, सेलेनी नैसेर, सैल , इसाबेल फ़ारोन, वेरोनिका रौडॉल्ट, सेबेस्टियन रूगेट, मार्क सफ़, ताबासम साइमन, सेड्रिक ताहिरी, टिम उलिंस्की और फ़ेरिएल ज़ेंखरी

खुलासा

MGS को Maze Therapeutics से परामर्श शुल्क प्राप्त हुआ है। एएस को बायोफेम फार्मास्यूटिकल्स से यात्रा सहायता मिली है। GD को Chiesi और Biocodex से परामर्श शुल्क, Alnhylam से एक व्याख्यान शुल्क, और Sanofi से यात्रा सहायता प्राप्त हुई है। एमवी को एचिलियन फार्मास्यूटिकल्स और जेंटियम-जैस से परामर्श शुल्क, सैनोस से व्याख्यान शुल्क और एलेक्सियन फार्मास्यूटिकल्स से अनुदान प्राप्त हुआ है। Kii को Zenyaku Kogyo से परामर्श शुल्क प्राप्त हुआ है। अन्य सभी लेखकों ने कोई प्रतिस्पर्धी हित घोषित नहीं किया।

आभार

हम इस अध्ययन में भाग लेने वाले सभी रोगियों और उनके परिवारों, और सुश्री योशिमी नोज़ू और सुश्री मिंग जुआन ये को उनकी तकनीकी सहायता के लिए धन्यवाद देते हैं। कार्यात्मक अध्ययन में उनके समर्थन के लिए हम मिनोरू नाकामुरा, हितोशी ओकाजाकी और मिका मत्सुहाशी को धन्यवाद देते हैं। हम इस पांडुलिपि के मसौदे को संपादित करने के लिए एडान्ज़ ग्रुप (www.edanzediting.com/ac) से जे. लुडोविक क्रॉक्सफ़ोर्ड, पीएच.डी. को धन्यवाद देते हैं।

खोज GWAS में विभिन्न प्रकारों का संक्षिप्त डेटा जापान नेशनल बायोसाइंस डेटाबेस सेंटर डेटाबेस (रिसर्च आईडी: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs. biosciencedbc.jp/en/hum0126- के माध्यम से उपलब्ध है। v2)।

इस काम का समर्थन किया गया: जापान एजेंसी फॉर मेडिकल रिसर्च एंड डेवलपमेंट (AMED) अनुदान संख्या JP17km0405108h0005 के तहत Kii, KI, KN, और KT, और JP17km0405205h0002 और 18km0405205h0003 KT और MN को; और जापान सोसाइटी फॉर द प्रमोशन ऑफ साइंस (जेएसपीएस) द्वारा संयुक्त अंतर्राष्ट्रीय अनुसंधान को बढ़ावा देने वाले वैज्ञानिक अनुसंधान के लिए अनुदान सहायता के तहत (बी) 18KK0244 से Kii, YH, TH, CN, और KN। इस अध्ययन के एक हिस्से को यूरोपीय अनुसंधान परिषद अनुदान ERC-2012-ADG_20120314 (अनुदान अनुबंध 322947) द्वारा वित्त पोषित किया गया था और Agence Nationale ने ला रेकेर्चे "जेनेट्रांसनेफ्रोज़" अनुदान ANR-16-CE{{17} डाला। } पीआर. RG को नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ हेल्थ/नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ डायबिटीज एंड डाइजेस्टिव एंड किडनी डिजीज (NIH/NIDDK) ग्रांट्स 5R01DK098135 और 5R01DK094987, डोरिस ड्यूक चैरिटेबल फाउंडेशन क्लिनिकल साइंटिस्ट डेवलपमेंट अवार्ड 2009033, और ड्यूक हेल्थ स्कॉलर्स अवार्ड द्वारा समर्थित है। MGS को राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान अनुदान (R01-DK108805) द्वारा समर्थित है।गुर्दे का रोगस्टडी नेटवर्क कंसोर्टियम (NEPTUNE; U54-DK-083912) नेशनल सेंटर फॉर एडवांस ट्रांसलेशनल साइंसेज (NCATS) का एक हिस्सा है। दुर्लभ रोग नैदानिक ​​अनुसंधान नेटवर्क (RDCRN) को दुर्लभ रोग अनुसंधान कार्यालय (ORDR), NCATS, और राष्ट्रीय मधुमेह संस्थान, पाचन, और गुर्दा रोग के बीच सहयोग के माध्यम से समर्थित किया गया था। RDCRN NCATS के ORDER की एक पहल है। इस परियोजना के लिए अतिरिक्त धन और/या प्रोग्राम संबंधी सहायता मिशिगन विश्वविद्यालय, नेफक्योर किडनी इंटरनेशनल और हैल्पिन फाउंडेशन द्वारा प्रदान की गई थी। NEPHROVIR कोहोर्ट को कार्यक्रम से जॉर्जेस डेसच्यून्स को 2 अनुदानों द्वारा समर्थित किया गया था

हॉस्पिटेलियर डी रेचेर्चे क्लिनिक: PHRC 2007-AOM07018 और PHRC 2011-AOM11002 को अनुदान देता है। NEPHROVIR नेटवर्क को रॉबर्ट डेब्रे अस्पताल की बाल चिकित्सा नेफ्रोलॉजी यूनिट, "यूनाइट डे रेकेर्चे क्लिनिक डे ल'एस्ट पेरिसियन," और "डेलिगेशन डे ला रेकेर्चे क्लिनिक डे ला रीजन इले-डी-फ़्रांस" द्वारा समन्वित किया गया है। मरीना विवारेली को एसोसिएज़ियोन प्रति ला क्यूरा डेल बम्बिनो नेफ्रोपैटिको ओएनएलयूएस (ऑर्गेनिज़ाज़ियोन नॉन लुक्रातिवा डि यूटिलिटा सोशल) द्वारा समर्थित किया गया था।

पूरक सामग्री

अनुपूरक फ़ाइल (पीडीएफ)

अनुपूरक नोट्स। बचपन के अज्ञातहेतुक के आनुवंशिकी पर अनुसंधान संघगुर्दे का रोगजापान में, बच्चों में वंशानुगत वृक्क रोगों के कोरियाई संघ, मिडवेस्ट पीडियाट्रिक नेफ्रोलॉजी कंसोर्टियम (आनुवांशिकी केगुर्दे का रोगअध्ययन समूह), और नेफ्रोविर।

HLA क्षेत्र और HLA-ne-मैपिंग में अनुपूरक चरण-वार सशर्त विश्लेषण।

अनुपूरक तरीके।

तालिका S1। एनएस की परिभाषा

तालिका S2। खोज GWAS और अंतर्राष्ट्रीय प्रतिकृति अध्ययन में रोगियों की नैदानिक ​​​​जानकारी।

तालिका S6। मैग्मा द्वारा जीन-सेट विश्लेषण में बोनफेरोनी सुधार के बाद P मानों के साथ सिग्नी-कैंट जीन सेट <>

तालिका S9. एचएलए क्षेत्र में चरण-वार सशर्त विश्लेषण।

तालिका S10। एचएलए हैप्लोटाइप एचएलए-इम्प्यूटेशन डेटा का उपयोग करते हुए खोज चरण में जापानी बचपन के एसएसएन के साथ महत्वपूर्ण रूप से जुड़े हुए हैं। तालिका S11। HLA एलील, HLA-प्रत्यारोपण डेटा का उपयोग करते हुए खोज चरण में जापानी बचपन के SSN के साथ महत्वपूर्ण रूप से जुड़े हुए हैं। तालिका S16। एचएलए-डीआरबी का एसोसिएशन विश्लेषण 1-डीक्यूबी1 हैप्लोटाइप्स एचएलए-इम्प्यूटेशन डेटा का उपयोग करते हुए खोज चरण में बचपन के एसएसएन के साथ। तालिका S19। HLA-ACB-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 हैप्लोटाइप्स का HLA- इंप्यूटेशन डेटा का उपयोग करते हुए डिस्कवरी स्टेज में बचपन के SSN के साथ एसोसिएशन विश्लेषण।

टेबल S20. HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 और HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 के समयुग्मज, और HLA-DRB1*08:02– DQB1*03:02 और HLA-DRB1 के विषमयुग्मज *13:02–DQB1*06:04 HLA-इम्प्यूटेशन द्वारा खोज चरण में।

तालिका S21। जापानी नमूना सेट की खोज में ऑटोसोमल वेरिएंट का उपयोग करके आनुवंशिकता का अनुमान।

चित्रा S1। एक संदर्भ के रूप में HapMap चरण III नमूनों का उपयोग करते हुए GWAS की खोज में प्रमुख घटक विश्लेषण (113 यूटा निवासी उत्तरी और पश्चिमी यूरोप [CEU], इबादान में 113 योरूबा [YRI], बीजिंग में 84 हान चीनी [CHB], और {{ 4}} टोक्यो में जापानी [जेपीटी])।

चित्रा S2। खोज की शक्ति GWAS।

चित्रा S3। एसएनपी के लिए पी मूल्यों के क्वांटाइल-क्वांटाइल (क्यू-क्यू) प्लॉट की गणना सेक्स और पीसी 1–4 (बचपन के एसएसएन और 3206 स्वस्थ नियंत्रण के साथ 987 मामले) के समायोजन के साथ लॉजिस्टिक रिग्रेशन का उपयोग करके की जाती है। चित्रा S4। गुणसूत्र 19 पर उम्मीदवार के स्थान में सशर्त विश्लेषण।

चित्रा S5। गुणसूत्र 9 पर उम्मीदवार के स्थान में सशर्त विश्लेषण।

चित्रा S6। गुणसूत्र 18 पर उम्मीदवार के स्थान में सशर्त विश्लेषण।

चित्र S7. एनपीएचएस1-KIRREL2 क्षेत्र (ए) में प्रतिकृति के लिए चयनित 5 एसएनपी का स्थान और एनोटेशन।

चित्रा S8। मैग्मा द्वारा जीन-आधारित परीक्षण का मैनहट्टन प्लॉट। चित्र S9. एचएलए क्षेत्र में चरणवार सशर्त विश्लेषण। चित्र S10। जापानी आबादी में एसएनपी-आधारित आनुवंशिकता का आकलन।

चित्र S11. NPHS1 के एलील-विशिष्ट व्यंजक का योजनाबद्ध आरेख। जोखिम और गैर-जोखिम दोनों नमूने समान कुल पठन दिखाते हैं।

अनुपूरक फ़ाइल (एक्सेल)

तालिका S3। खोज GWAS में P मान <1e–05 वाले="" वेरिएंट।="" टेबल="" s4.="" उम्मीदवार="" एसएनपी="" की="" नकल="" करने="" के="" लिए="" प्रतिकृति="" की="">

तालिका S5। मैग्मा द्वारा खोज चरण में बचपन के एसएसएन से जुड़े जीनोम-वाइड सिग्नेचर जीन।

तालिका S7। मैग्मा द्वारा जीन-सेट विश्लेषण में 4 महत्वपूर्ण जीन सेटों में शामिल जीन।

तालिका S8। GTEx डेटाबेस और NephQTL eQTL ब्राउज़र में गुणसूत्र 19 (36.2–36.6 Mb) पर उम्मीदवार क्षेत्र में P मान <0.05 वाले="">

तालिका S12। एचएलए एलील एसोसिएशन एचएलए-इम्प्यूटेशन डेटा का उपयोग करके खोज चरण में बचपन के एसएसएन के साथ एचएलए वर्ग I जीन का विश्लेषण करता है। तालिका S13। एचएलए एलील एसोसिएशन एचएलए-इम्प्यूटेशन डेटा का उपयोग करके खोज चरण में बचपन के एसएसएन के साथ एचएलए वर्ग II जीन का विश्लेषण करता है। तालिका S14। एचएलए-इम्प्यूटेशन डेटा का उपयोग करते हुए खोज चरण में बचपन के एसएसएन के साथ एचएलए-एबी हैप्लोटाइप्स का एसोसिएशन विश्लेषण। तालिका S15। एचएलए-इम्प्यूटेशन डेटा का उपयोग करते हुए खोज चरण में बचपन के एसएसएन के साथ एचएलए-एसीबी हैप्लोटाइप्स का एसोसिएशन विश्लेषण। तालिका S17. HLA-DRB1-DQB1-DPB1 हैप्लोटाइप्स का बचपन के SSNs के साथ HLA-इम्प्यूटेशन डेटा का उपयोग करके खोज चरण में एसोसिएशन विश्लेषण।

तालिका S18। एचएलए-डीआरबी1-डीक्यूबी1-डीपीए1-डीपीबी1 हैप्लोटाइप्स का बचपन के एसएसएन के साथ एचएलए- इंप्यूटेशन डेटा का उपयोग करके खोज चरण में एसोसिएशन विश्लेषण।

प्रतिक्रिया दें संदर्भ

1. नून डीजी, इजिमा के, पारेख आर. इडियोपैथिकगुर्दे का रोगबच्चों में। नुकीला। 2018; 39: 61-74।

2 चंचलानी आर, पारेख आरएस। बचपन में जातीय मतभेदगुर्दे का रोगफ्रैंट पेडैट.2016y:39।

3 किकुनागा के भीकुआक टेरानो सी एट अल पूर्वी एशियाई बच्चों में इडियोपैथिक नेफ्रोटिक सिंड्रोम की उच्च घटना: जापान में एक राष्ट्रव्यापी सर्वेक्षण (जेपी-शाइन अध्ययन)। क्लिन एक्सप नेफ्रल। 2017; 21651-657।

4 सफेद आरएच। परिवारगुर्दे का रोगएलए यूरोपीय सर्वेक्षण। क्लोन नेफ्रल। 19731215-219.