एक नियामक MiRNA-mRNA नेटवर्क तीव्र गुर्दे की चोट में प्रत्यारोपण प्रतिक्रिया के साथ जुड़ा हुआ है

डुआन गुओ^1,2†, यू फैन^3†, जि‑रोंग यू^4*और ताओ लिनो^3*

^{संपर्क करना:joanna.jia@wecistanche.com}

सार

पार्श्वभूमि:तीव्रगुर्दाचोट(एकेआई) एक जीवन-धमकी वाली जटिलता है जो गुर्दे के कार्य में तेजी से गिरावट की विशेषता है, जो अक्सर प्रत्यारोपण सर्जरी के बाद होती है। हालांकि, पोस्ट-ट्रांसप्लांट (पोस्ट-टीएक्स) एकेआई के विकास में अंतर्निहित आणविक तंत्र अभी भी अज्ञात है। अध्ययनों की बढ़ती संख्या ने प्रदर्शित किया है कि कुछ माइक्रोआरएनए (miRNAs) AKI में महत्वपूर्ण कार्य करते हैं। वर्तमान अध्ययन ने एक नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क का निर्माण करके पोस्ट-टीएक्स एकेआई में आणविक तंत्र को स्पष्ट करने की मांग की।

परिणाम:दो डेटासेट (GSE53771 और GSE53769) के आधार पर, तीन प्रमुख मॉड्यूल, जिनमें 55 mRNAs, 76 mRNAs और 151 miRNAs शामिल थे, की पहचान एक भारित जीन सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क विश्लेषण (WGCNA) करके की गई थी। माइंड IP v4.1 को प्रमुख मॉड्यूल mRNAs और miRNAs की अंतःक्रियाओं की भविष्यवाणी करने के लिए लागू किया गया था, और 0.2 से अधिक के विश्वास के साथ miRNA-mRNA जोड़े को Cytoscape द्वारा एक नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क के निर्माण के लिए चुना गया था। . MiRNA-mRNA नेटवर्क में 82 नोड्स (48 mRNAs और 34 miRNAs) और 125 किनारे शामिल थे। अन्य नोड्स की तुलना में दो miRNAs (miR-203a-3p और miR-205-5p) और ERBB4 उच्च नोड डिग्री वाले Tx AKI में केंद्रीय भूमिका निभा सकते हैं। इसके अतिरिक्त, जीन ओन्टोलॉजी (जीओ) और क्योटो एनसाइक्लोपीडिया ऑफ जीन्स एंड जीनोम्स (केईजीजी) मार्ग विश्लेषण ने संकेत दिया कि यह नेटवर्क मुख्य रूप से शामिल थागुर्दा-/गुर्दे से संबंधित कार्य और PI3K-Akt/HIF-1/Ras/MAPK सिग्नलिंग मार्ग।

निष्कर्ष:हमने Tx AKI के बाद के विकास में उपन्यास अंतर्दृष्टि प्रदान करने के लिए एक नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क का निर्माण किया, जो प्रारंभिक भविष्यवाणी और हस्तक्षेप की क्षमता बढ़ाने और प्रत्यारोपण के बाद AKI की मृत्यु दर को कम करने के लिए नए बायोमार्कर या चिकित्सीय दवाओं की खोज करने में मदद कर सकता है।

कीवर्ड: तीव्रगुर्दाचोट, गुर्दा प्रत्यारोपण, WGCNA, miRNA-mRNA नेटवर्क

सिस्टैंच प्रोपीएडेड्सके लियेगुर्दा

पार्श्वभूमि

गुर्दे के कार्य में तेजी से कमी और उच्च मृत्यु दर के साथ एक प्रकार की नैदानिक ​​​​गंभीर बीमारी के रूप में,तीव्रगुर्दाचोट(AKI) आमतौर पर प्रत्यारोपण प्राप्तकर्ताओं में होता है, जिसके परिणामस्वरूप प्रत्यारोपण विफलता और मृत्यु हो सकती है [1]। समय पर निदान और उपचार एकेआई के रोगियों के पूर्वानुमान में सुधार करने के लिए महत्वपूर्ण हैं, लेकिन वर्तमान में प्रारंभिक भविष्यवाणी, वर्गीकृत मूल्यांकन और उपचारात्मक प्रभाव की निगरानी के लिए विशिष्ट संकेतकों की कमी के कारण बाधित हैं। चूंकि बहु-विषयक क्षेत्रों में AKI सबसे आम गंभीर बीमारी है, इसलिए पिछले दशकों [2-4] में AKI के बारे में अध्ययनों की बढ़ती संख्या की सूचना मिली थी। हालाँकि, AKI का रोगजनन अभी भी स्पष्ट नहीं है।

एक माइक्रोआरएनए (miRNA) एक प्रकार का छोटा गैर-कोडिंग आरएनए है जिसमें लगभग 22 न्यूक्लियोटाइड होते हैं, जो कोशिकाओं में विभिन्न महत्वपूर्ण शारीरिक और पैथोफिजियोलॉजिकल कार्यों को करने के लिए पोस्ट-ट्रांसक्रिप्शनल स्तर पर लक्ष्य mRNAs के 3′-UTR से जुड़ सकते हैं [5 ]. यह बताया गया कि miRNAs विभिन्न प्रकार के स्तनधारी mRNAs [6] को विनियमित करने में सक्षम हैं, जबकि एक एकल mRNA को miRNAs के एक बड़े समूह द्वारा लक्षित किया जा सकता है, जीन विनियमन में miRNA की भूमिकाओं का प्रदर्शन जटिल नेटवर्क [7] द्वारा किया जाना चाहिए। हाल के वर्षों में, mRNA-miRNA नेटवर्क के अध्ययन में तेजी से वृद्धि हुई है, क्योंकि ऐसा माना जाता है कि यह विभिन्न रोगों के आणविक तंत्र को उजागर करने में मदद करता है, जिसमें न्यूरोब्लास्टोमा [8], टाइप 2 मधुमेह [9], और सहज इंट्रासेरेब्रल रक्तस्राव [10] शामिल हैं। हाल के अध्ययनों में पाया गया है कि mRNA और miRNA की अभिव्यक्ति में परिवर्तन वृक्क कोशिकाओं के प्रसार और एपोप्टोसिस को प्रभावित करेगा, जो AKI [11, 12] की घटना और विकास से संबंधित हैं। फिर भी, प्रत्यारोपण के बाद AKI में mRNA और miRNA के संभावित नेटवर्क पर बहुत कम डेटा प्रकाशित होता है।

सटीक दवा के युग में, प्रभावी जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण के साथ संयुक्त उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण डेटा संभावित लक्ष्य जीन और तंत्र की पहचान कर सकते हैं जो AKI की प्रगति में योगदान करते हैं। ते भारित जीन सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क विश्लेषण (WGCNA) रोगों के मुख्य नियामकों को खोजने के लिए व्यापक रूप से उपयोग की जाने वाली एक विधि है, क्योंकि इसमें मॉड्यूल में समान अभिव्यक्ति पैटर्न वाले जीनों को क्लस्टर करने की क्षमता है (जिसमें कोर नियामक आमतौर पर पाए जाते हैं) और संबंधों का विश्लेषण करते हैं। मॉड्यूल और विशिष्ट लक्षणों या फेनोटाइप्स के बीच [13]। सर्वाइकल इंट्रापीथेलियल नियोप्लासिया (CIN) के एक नए प्रकाशित अध्ययन में, WGCNA को छह रोग-संबंधी मॉड्यूल की पहचान करने के लिए किया गया था, जिसमें से CIN उपचार के लिए 31 उम्मीदवार हब जीन की जांच की गई थी [14]। जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण न केवल जैविक कार्यों पर अनुसंधान की दक्षता में सुधार करता है बल्कि आणविक तंत्र की खोज के लिए विश्वसनीय जानकारी भी प्रदान करता है [15, 16]। एक ही रोगी में दोनों mRNA और miRNA अभिव्यक्ति प्रोफाइल के बड़े डेटासेट के आधार पर, नियामक miRNA- mRNA नेटवर्क की खोज से रोगों के आणविक तंत्र को स्पष्ट करने में मदद मिल सकती है [17, 18]।

इस अध्ययन में, GSE53769 (mRNA) और GSE53771 (miRNA) एक्सप्रेशन डेटासेट क्रमशः, Tx AKI से जुड़े प्रमुख मॉड्यूल की पहचान करने के लिए WGCNA के अधीन थे। इसके बाद, एक नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क का निर्माण Tx AKI की प्रगति के अंतर्निहित एपिजेनेटिक तंत्र को स्पष्ट करने के लिए किया गया था, जिससे भविष्य के नैदानिक ​​अनुसंधान के लिए एक संभावित दिशा प्रदान की जा सके।

परिणाम

पोस्ट से संबंधित प्रमुख मॉड्यूल की पहचान‑GSE53769 डेटासेट पर आधारित Tx AKI

पियर्सन के सहसंबंध और औसत लिंकेज एल्गोरिदम के अनुसार, 36 नमूनों को क्लस्टर किया गया था और नमूना डेंड्रोग्राम और विशेषता हीटमैप को चित्र 1 ए में दर्शाया गया है; हमने पाया कि GSM1300317 (जो पोस्ट-Tx PBX समूह से संबंधित है) को अकेले क्लस्टर किया गया था और यह एक संभावित आउटलेयर हो सकता है। इसलिए, यह सुनिश्चित करने के लिए कि यह नमूना बाद के विश्लेषणों को प्रभावित नहीं करेगा, एट-एसएनई (टी-वितरित स्टोकेस्टिक पड़ोसी एम्बेडिंग) प्लॉट का उपयोग किया गया था। जैसा कि अतिरिक्त फ़ाइल 2 में दिखाया गया है: चित्र S2, आयाम में कमी के बाद कोई स्पष्ट बाहरी नहीं था, और इसलिए, हम WGCNA के साथ आगे बढ़े। जैसा कि अंजीर में दिखाया गया है। 1 बी, जीन सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क (छवि 1 बी) के पैमाने-मुक्त चरित्र की गारंटी के लिए 9 की नरम-दहलीज शक्ति का चयन किया गया था। नेटवर्क कनेक्टिविटी का हिस्टोग्राम और संबंधित लॉग-लॉग प्लॉट अतिरिक्त फ़ाइल 3 में दिखाया गया है: चित्र S3A-B; R2 0.89 था, जो दर्शाता है कि एक अनुमानित पैमाने-मुक्त टोपोलॉजी संतुष्ट थी। k, R2 और फिटेड R2 सहित सॉफ्ट थ्रेशोल्ड फीट इंडेक्स की विस्तृत जानकारी अतिरिक्त फ़ाइल 10: तालिका S1 में प्रदान की गई है। दस, औसत लिंकेज पदानुक्रमित क्लस्टरिंग के माध्यम से, समान अभिव्यक्ति पैटर्न वाले जीन को मॉड्यूल (छवि 1 सी) में विभाजित किया गया था। विभिन्न अभिव्यक्ति पैटर्न वाले मॉड्यूल को बेहतर ढंग से अलग करने के लिए, प्रत्येक मॉड्यूल को अलग-अलग रंग आवंटित किए गए थे। जैसा कि चित्र 1d में दिखाया गया है, एक मॉड्यूल क्लस्टरिंग डेंड्रोग्राम का निर्माण किया गया था जिससे कुल 18 मॉड्यूल उत्पन्न हुए। ग्रे मॉड्यूल में ऐसे जीन होते हैं जिन्हें अन्य 17 मॉड्यूल को नहीं सौंपा जा सकता है। नैदानिक ​​​​लक्षणों और मॉड्यूल के बीच संबंध का वर्णन करने वाला एक हीटमैप चित्र 1e में दिखाया गया है। इन मॉड्यूलों में, ब्लैक मॉड्यूल ने पोस्ट-Tx AKI (P=0.002, R=0.5) के साथ उच्चतम सकारात्मक सहसंबंध प्रदर्शित किया, जबकि टैन मॉड्यूल ने पोस्ट-Tx के साथ सबसे मजबूत नकारात्मक सहसंबंध प्रदर्शित किया। एकेआई (पी=4ई−05, आर= -0.63)। इस प्रकार, इन दो मॉड्यूलों को प्रमुख मॉड्यूल के रूप में चुना गया था। ब्लैक और टैन मॉड्यूल में mRNAs के असाइनमेंट अतिरिक्त फ़ाइल 11: तालिका S2 में दिए गए हैं।

ब्लैक एंड टैन मॉड्यूल में जीन-जीन नेटवर्क और कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण

जैसा कि चित्र 2a में दिखाया गया है, काले मॉड्यूल में मॉड्यूल सदस्यता (MM) बनाम जीन महत्व (GS) का सहसंबंध गुणांक 0.57 P=5.5e−38 के साथ था। ब्लैक मॉड्यूल में कुल 14 हब जीन की पहचान की गई, जिसमें CLIC5, PCOLCE2, NDNF, ESRP1, ENPEP, RASAL2, SLIT2, PSAT1, NOX4, GDA, CNTN3, CFAPP221, CA2, और ZNF311 (चित्र 2b) शामिल हैं। दस, जीओ और केईजीजी मार्ग संवर्धन विश्लेषण काले मॉड्यूल में जीन पर किया गया था। जैसा कि चित्र 2c में दिखाया गया है, हमने पाया कि जैविक प्रक्रिया (GO-BP) की श्रेणी में सबसे समृद्ध GO शब्द थेगुर्दाविकास, वृक्क प्रणाली का विकास, और ERK1 / 2 कैस्केड का विनियमन। अन्य श्रेणियों (GO-CC और GO-MF) में सबसे समृद्ध GO शब्द कोशिका और कोशिका आसंजन अणु बंधन (चित्र। 2d, e) का शीर्ष भाग थे। KEGG पाथवे विश्लेषण के लिए, इन जीनों को मुख्य रूप से MAPK सिग्नलिंग और Raq1 सिग्नलिंग पाथवे (चित्र। 2f) में समृद्ध किया गया था।

The genes of the tan module underwent the same analysis. Te scatter plots of MM versus GS in the tan module (cor=0.6, P=4.2e−18) are shown in Fig. 3a. The gene-gene network centered on hub genes in this module is depicted in Fig. 3b. As we can see, the tan module contained 12 hub genes including DMXL1, MAF, GPHN, MYOF, CDK14, and QDPR. The functional annotation of genes in the tan module is depicted in Fig. 3c–f, indicating that the black module genes were primarily enriched in functions of the coenzyme metabolic process, the extrinsic component of the plasma membrane, and coenzyme binding, as well as pathways of folate (FA) biosynthesis. Detailed information of differentially expressed genes (defined by log2 fold change>0.1 और पी-मान<0.05 when="" comparing="" their="" expression="" in="" post-tx="" aki="" group="" to="" that="" in="" zero-hour="" aki="" group)="" in="" black="" module="" and="" the="" tan="" module="" is="" provided="" in="" additional="" file="" 4:="" figure="" s4="" and="" additional="" file="" 5:="" figure="" s5,="">

GSE53771 डेटासेट पर आधारित पोस्ट‑Tx AKI से संबंधित प्रमुख मॉड्यूल की पहचान

Tx AKI के बाद miRNA की भूमिकाओं का पता लगाने के लिए, हमने GSE53771 डेटासेट के आधार पर miRNAs के लिए WGCNA भी आयोजित किया। MiRNAs के लिए सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क के निर्माण चरण mRNAs के समान थे। नमूना डेंड्रोग्राम और विशेषता हीटमैप चित्र 4a में दिखाए गए हैं। स्केल-फ्री नेटवर्क सुनिश्चित करने के लिए, सॉफ्ट-थ्रेशोल्ड पावर को 6 (छवि 4 बी) के रूप में सेट किया गया था। नेटवर्क कनेक्टिविटी का हिस्टोग्राम और संबंधित लॉग-लॉग प्लॉट अतिरिक्त फ़ाइल 3 में दिखाया गया है: चित्र S3C-D; R2 0.98 था, जो दर्शाता है कि एक अनुमानित पैमाने-मुक्त टोपोलॉजी संतुष्ट थी। k, R2 और फिटेड R2 सहित सॉफ्ट-थ्रेशोल्ड फीट इंडेक्स की विस्तृत जानकारी अतिरिक्त फ़ाइल 10: तालिका S1 में प्रदान की गई है। कुल तीन miRNA मॉड्यूल की पहचान की गई, जो एक दूसरे से स्वतंत्र थे (चित्र 4c, d)। दस, नैदानिक ​​लक्षणों के साथ miRNA मॉड्यूल के सहसंबंध का विश्लेषण किया गया था, और परिणाम से पता चला कि नीला miRNA मॉड्यूल एकमात्र ऐसा मॉड्यूल था जो पोस्ट-टीएक्स AKI (P=0.003, R= के साथ महत्वपूर्ण रूप से सहसंबद्ध था। 0.36) (चित्र 4e)। इसलिए, नीले miRNA मॉड्यूल जिसमें 76 miRNAs शामिल थे, को बाद के विश्लेषण के लिए प्रमुख miRNA मॉड्यूल के रूप में चुना गया था। इन miRNAs पर विस्तृत जानकारी अतिरिक्त फ़ाइल 11: तालिका S2 में प्रदान की गई है।

MiRNA-miRNA नेटवर्क और ब्लू miRNA मॉड्यूल में कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण

जैसा कि चित्र 5a में दिखाया गया है, नीले miRNA मॉड्यूल में MM बनाम GS का सहसंबंध गुणांक 0.32 P=5.8e−5 के साथ था। मॉड्यूल miRNAs के इंटरेक्शन नेटवर्क ने दिखाया कि 17 हब miRNAs की पहचान नीले miRNA मॉड्यूल (चित्र 5b) में की गई थी। इस मॉड्यूल में miRNAs की जैविक भूमिकाओं का और पता लगाने के लिए, इन miRNAs के लक्ष्य जीन का उपयोग कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण करने के लिए किया गया था। फ़ंक्शन एनोटेशन के परिणाम अंजीर में दिखाए गए हैं। 5c-e, यह सुझाव देते हुए कि नीले miRNA मॉड्यूल के miRNAs छोटे GTPase मध्यस्थता पारगमन, ग्रंथि विकास, प्रतिलेखन कोरगुलेटर गतिविधि, और पालन जंक्शन, साथ ही साथ GO शर्तों के साथ महत्वपूर्ण रूप से जुड़े थे। एमएपीके सिग्नलिंग मार्ग और मानव टी-सेल ल्यूकेमिया वायरस 1 संक्रमण के केईजीजी आइटम।

Detailed information of differentially expressed miRNAs (defined by log2 fold change>0.1 और पी-मान<0.05 when="" comparing="" their="" expression="" in="" post-tx="" aki="" group="" to="" that="" in="" zero-hour="" aki="" group)="" in="" the="" blue="" module="" is="" provided="" in="" additional="" file="" 6:="" figure="">

चोरसंरचना का नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क in poअनुसूचित जनजाति-टेक्सास एकेI

जिन जीनों और miRNAs ने क्रमशः प्रमुख मॉड्यूल का गठन किया और प्रमुख miRNA मॉड्यूल का उपयोग नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क उत्पन्न करने के लिए किया गया था। उच्च आत्मविश्वास वर्ग में कुल 1048 अनुमानित miRNA-mRNA जोड़े miRDIP v4.1 से प्राप्त किए गए थे और Cytoscape (अतिरिक्त फ़ाइल 7: चित्र S7) द्वारा एक नेटवर्क का निर्माण करने के लिए उपयोग किया गया था। इस नेटवर्क में mRNAs के कार्यात्मक एनोटेशन को अतिरिक्त फ़ाइल 8: चित्र S8 में दर्शाया गया है, जो इंगित करता है कि ये mRNAs मुख्य रूप से सेल-सब्सट्रेट आसंजन, मूत्रजननांगी प्रणाली विकास, हेपरिन-बाइंडिंग, कोलेजन बाइंडिंग, AGE-RAGE सिग्नलिंग मार्ग में मधुमेह में शामिल थे। जटिलताओं, साथ ही PI3K-Akt सिग्नलिंग मार्ग। बाद में, उस नेटवर्क को प्राप्त करने के लिए जो पोस्ट-टीएक्स एकेआई के रोगजनन में महत्वपूर्ण भूमिका निभा सकता है, हमने एक नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क (अंजीर) उत्पन्न करने के लिए 0 .2 से अधिक के विश्वास के साथ miRNA-mRNA जोड़े का चयन किया। । 6)। नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क में 82 नोड्स (48 mRNAs और 34 miRNAs) और 125 किनारे शामिल थे। नेटवर्क का विश्लेषण करने के बाद, हमने अन्य नोड्स की तुलना में miR-203a-3p, miR-205-5p, और ERBB4 को उच्च नोड डिग्री के साथ पाया, और मात्रा का विवरण अतिरिक्त फ़ाइल 12 में प्रदान किया गया है। : टेबल S3। दस, कार्यात्मक विश्लेषणों से पता चला है कि कुल 48 mRNAs मुख्य रूप से एपिथेलियल ट्यूब मॉर्फोजेनेसिस, नेफ्रॉन डेवलपमेंट, यूरोजेनिकल सिस्टम डेवलपमेंट, और ट्रांसमेम्ब्रेन रिसेप्टर प्रोटीन किनसे (चित्र। 7a-c) के जीओ शब्दों में समृद्ध थे। कोई महत्वपूर्ण रूप से समृद्ध KEGG मार्ग नहीं थे क्योंकि उनके p-मान 0.05 (छवि 7d) से अधिक थे। क्रॉस-वेलिडेशन के लिए, हमने miRDIP डेटाबेस से प्राप्त अपने वर्तमान परिणामों की तुलना miRNet डेटाबेस से की। कुल मिलाकर, 75,699 miRNA-mRNA जोड़े की पहचान मिनट के आधार पर की गई, और miRNet डेटाबेस और miRDIP डेटाबेस के परिणामों के बीच 117 miRNA-mRNA जोड़े का एक प्रतिच्छेदन था; संबंधित नियामक नेटवर्क को अतिरिक्त फ़ाइल 9: चित्र S9B में दिखाया गया है। 117 miRNA-mRNA जोड़े के संवर्धन विश्लेषण से पता चला है कि वे मुख्य रूप से सेलुलर घटक संगठन के नकारात्मक विनियमन में शामिल थे, GO-BP श्रेणी में एक कार्बनिक पदार्थ की प्रतिक्रिया; यूकेरियोटिक अनुवाद दीक्षा कारक 4F जटिल, और GO-CC श्रेणी में परमाणु निकाय; SNAP रिसेप्टर गतिविधि, प्रोटीन कॉम्प्लेक्स बाइंडिंग, GO-MF श्रेणी के तहत प्रोटीन टायरोसिन फॉस्फेट गतिविधि, साथ ही रीनल सेल कार्सिनोमा सिग्नलिंग, प्रोलैक्टिन सिग्नलिंग, और NFR 2- मध्यस्थता ऑक्सीडेटिव तनाव प्रतिक्रिया से जुड़े KEGG मार्ग। चूंकि उपरोक्त कार्यात्मक संवर्धन परिणाम miRNet और miRDIP दोनों डेटाबेस द्वारा अनुमानित miRNA-mRNA जोड़े पर आधारित थे, इसलिए वे Tx AKI के बाद के एपिजेनेटिक तंत्र के अधिक प्रतिनिधि हो सकते हैं।

बहस

पोस्ट-टीएक्स एकेआई प्रत्यारोपण सर्जरी के बाद एक सामान्य जटिलता है, जो गुर्दे की कार्यक्षमता में तेजी से गिरावट और उच्च मृत्यु दर [19] की विशेषता है। प्रारंभिक पूर्वानुमान, ग्रेडिंग मूल्यांकन और प्रभावकारिता की निगरानी के लिए विशिष्ट संकेतकों की कमी के कारण टीएक्स के बाद एकेआई के शुरुआती निदान और हस्तक्षेप के लिए सबसे अच्छा समय समझना चुनौतीपूर्ण है। इस तरह के मुद्दों को दूर करने के लिए, Tx AKI के बाद के पैथोमेकेनिज्म और संभावित बायोमार्कर की खोज करना महत्वपूर्ण है। 2014 में, विल्फ़िंगसेडर एट अल। एकेआई के साथ रीनल ट्रांसप्लांट बायोप्सी नमूने के आधार पर miRNA और mRNA माइक्रोएरे विश्लेषण किया और आगे डिफरेंशियल जीन एक्सप्रेशन एनालिसिस (DEA) [20] का उपयोग करके एक AKI-विशिष्ट आणविक हस्ताक्षर की पहचान की। हालांकि, डीईए कुछ महत्वपूर्ण जीनों को आसानी से बाहर कर सकता है जिनकी अभिव्यक्ति का स्तर थोड़ा बदलता है, लेकिन बीमारियों में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। इसके अलावा, यह पुष्टि करना मुश्किल है कि नियंत्रण और एकेआई के बीच पोस्ट-टीएक्स बायोप्सी में विभेदित रूप से व्यक्त एमआरएनए और miRNA इस तथ्य के कारण पोस्ट-टीएक्स एकेआई से संबंधित थे कि टीएक्स भी कुछ जीनों की असामान्य अभिव्यक्ति का कारण बन सकता है। बढ़ते अध्ययनों से पता चला है कि सभी बीमारियों की शुरुआत और प्रगति को कुछ जीनों द्वारा नियंत्रित नहीं किया जा सकता है, बल्कि कई आरएनए [21, 22] का एक नेटवर्क है। इस प्रकार, रोग के विकास को समझने और नई चिकित्सा स्थापित करने के लिए आरएनए नियामक नेटवर्क का निर्माण एक आशाजनक रणनीति हो सकती है [23]। एक मजबूत जैव सूचना विज्ञान दृष्टिकोण के रूप में, WGCNA में जीन के अलग-अलग जोड़े के बीच सहसंबंधों की मात्रा निर्धारित करके सरल सहसंबंध नेटवर्क को बढ़ाने की क्षमता है, साथ ही साथ ये जीन समान पड़ोसियों को साझा करते हैं [24]। WGCNA में न केवल विभेदित रूप से व्यक्त जीन शामिल हैं, बल्कि ऐसे जीन भी हैं जो महत्वपूर्ण रूप से भिन्न रूप से व्यक्त नहीं किए गए हैं, लेकिन फिर भी कुछ नैदानिक ​​लक्षणों के प्रमुख मध्यस्थ हैं। हाल के वर्षों में, WGCNA को मानव की विविध श्रेणी में लागू किया गया है

बायोमार्कर को स्क्रीन करने के लिए रोग अनुसंधान और रोग विकास अंतर्निहित आणविक तंत्र को स्पष्ट करता है [25, 26]।

वर्तमान अध्ययन में, mRNA और miRNA माइक्रोएरे डेटासेट के आधार पर, WGCNA का उपयोग करके तीन मॉड्यूल जो एकेआई के साथ प्रत्यारोपण के बाद महत्वपूर्ण रूप से सहसंबद्ध थे, की पहचान की गई थी। 55 एमआरएनए युक्त ते टैन मॉड्यूल ने पोस्ट-टीएक्स एकेआई के साथ काफी नकारात्मक सहसंबंध दिखाया। कई अध्ययनों ने बताया कि एफए की एक उच्च सांद्रता गुर्दे की नलिकाओं में एफए क्रिस्टल की पीढ़ी के रूप में तीव्र ट्यूबलर नेक्रोसिस पैदा कर सकती है, जिससे गुर्दे की विफलता [27, 28] हो सकती है। टैन मॉड्यूल में Te mRNAs मुख्य रूप से FA जैवसंश्लेषण के मार्ग में शामिल थे, यह सुझाव देते हुए कि यह मार्ग Tx AKI के बाद के विकास के लिए जिम्मेदार है। अगला, जैसा कि मॉड्यूल सबसे सकारात्मक रूप से पोस्ट-टीएक्स एकेआई से संबंधित है, ब्लैक मॉड्यूल में 80 एमआरएनए शामिल थे। विशेष रूप से, GO विश्लेषण में ब्लैक मॉड्यूल mRNAs के सबसे समृद्ध आइटम मुख्य रूप से गुर्दे के कार्यों से संबंधित थे जैसे किगुर्दाविकास और नेफ्रॉन विकास, पोस्ट-टीएक्स एकेआई के साथ इस मॉड्यूल के उच्च सहसंबंध की पुष्टि करता है। एक पिछले अध्ययन ने संकेत दिया कि बाह्य संकेत-विनियमित किनासे (ईआरके) कैस्केड के दौरान प्रतिपूरक मरम्मत तंत्र की सक्रियता में एक मौलिक भूमिका निभाता है।गुर्दाचोट[29]। हमारे अध्ययन से पता चला है कि ब्लैक मॉड्यूल mRNAs भी ERK1 / 2 कैस्केड के कार्यों में काफी समृद्ध थे। इसके अलावा, KEGG पाथवे विश्लेषण के परिणामों ने संकेत दिया कि ये mRNAs MAPK सिग्नलिंग पाथवे और रास सिग्नलिंग पाथवे से निकटता से संबंधित थे। यह काफी हद तक प्रलेखित है कि MAPK मार्ग गुर्दे की सूजन, ट्यूबलर चोट और कोशिका मृत्यु [30-32] को विनियमित करके AKI में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। यह सार्वभौमिक रूप से स्वीकार किया जाता है कि एमएपीके / ईआरके मार्ग रास सिग्नलिंग मार्ग [33] में डाउनस्ट्रीम सिग्नल अणु है। उपरोक्त परिणामों से पता चला है कि कुछ जीनों की असामान्य अभिव्यक्ति के परिणामस्वरूप एफए जैवसंश्लेषण, एमएपीके सिग्नलिंग मार्ग और रास सिग्नलिंग मार्ग को विनियमित करके गुर्दे के विकास को प्रभावित करने के बाद एकेआई में परिणाम होता है।गुर्दाट्रांसप्लांटेशन.

बढ़ते हुए प्रायोगिक साक्ष्य ने पुष्टि की है कि कुछ miRNAs की AKI [34] का पता लगाने, प्रगति और हस्तक्षेप में महत्वपूर्ण भूमिकाएँ हैं। अमरौचे एट अल। ने प्रदर्शित किया कि miR-146a की वृक्क ट्यूबलर प्रतिक्रिया में एक महत्वपूर्ण भूमिका है, जिसमें से अपग्रेडेशन AKI [35] के विकास को सीमित कर सकता है। एक पिछले अध्ययन ने साबित कर दिया कि कार्डियक सर्जरी [36] के बाद एकेआई विकास की भविष्यवाणी के लिए मूत्र miR-21 का उपयोग बायोमार्कर के रूप में किया जा सकता है। इस अध्ययन में पोस्ट-टीएक्स एकेआई के साथ महत्वपूर्ण रूप से जुड़े एकमात्र miRNA मॉड्यूल के रूप में, 151 miRNAs वाले नीले miRNA मॉड्यूल को Tx AKI के साथ नकारात्मक रूप से सहसंबद्ध किया गया था। यह व्यापक रूप से स्वीकार किया गया है कि miRNAs जैविक कार्यों को करने के लिए अपने डाउनस्ट्रीम लक्ष्य जीन की अभिव्यक्ति को विनियमित कर सकते हैं। तदनुसार, हमने कार्यात्मक एनोटेशन करने के लिए "miRNAtap" और "multiMiR" का उपयोग करके इन miRNAs के लक्ष्यों की भविष्यवाणी की। यह ध्यान दिया जाना चाहिए कि प्रमुख मॉड्यूल miRNAs के लक्ष्य भी मुख्य रूप से MAPK सिग्नलिंग मार्ग में समृद्ध थे, जिसने आगे Tx AKI की प्रक्रिया में MAPK मार्ग की महत्वपूर्ण भूमिका की पुष्टि की।

इसके अलावा, एक नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क की पहचान करना आवश्यक है जो संभावित रूप से पोस्ट-Tx AKI के रोगजनन में शामिल है क्योंकि न तो जीन और न ही miRNAs स्वतंत्र रूप से पोस्ट-Tx AKI के विकास को विनियमित कर सकते हैं। पिछले अध्ययनों में से अधिकांश ने AKI के तंत्र को स्पष्ट करने के लिए पूरी तरह से miRNAs या जीन पर ध्यान केंद्रित किया है। जैव सूचना विज्ञान उपकरणों का उपयोग करके, हमने अंततः Tx AKI के बाद एक नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क स्थापित किया, जिसमें 48 mRNAs और 34 miR NA शामिल थे। इन 82 नोड्स में से, miR-203a-3p, miR-205-5p, और ERBB4 ने उच्च डिग्री दिखाई और नेटवर्क में केंद्रीय नोड हो सकते हैं। वृक्क रोगों में miR-205-5p के प्रभावों की जांच पहले की जा चुकी है। शेना एट अल। ने बताया कि miR-205-5p का अभिव्यक्ति स्तर गुर्दे के कैंसर और उच्च रक्तचाप से ग्रस्त नेफ्रोस्क्लेरोसिस [37] की गंभीरता के साथ महत्वपूर्ण और सकारात्मक रूप से सहसंबद्ध था। सेसा और उनके सहयोगियों द्वारा किए गए एक प्रायोगिक अध्ययन ने प्रस्तावित किया कि miR-205-5p गुर्दे की क्षति का आणविक बायोमार्कर हो सकता है [38]। कुछ अध्ययनों ने AKI विकास में miR-203a-3p और ERBB4 की भूमिकाओं की जांच की है। यह प्रलेखित है कि ERBB4 प्रतिक्रियाशील ऑक्सीजन प्रजातियों (ROS) के स्तर [39] को कम करके वृद्ध मेसेनकाइमल स्टेम कोशिकाओं के ऑक्सीडेटिव अपमान को कम कर सकता है। यह सर्वविदित है कि सभी प्रत्यारोपित अंग प्रत्यारोपण के बाद उच्च स्तर के आरओएस द्वारा मध्यस्थता वाले इस्किमिया-रीपरफ्यूजन चोट की एक निश्चित डिग्री से गुजरेंगे और संभावित रूप से एकेआई में विकसित होंगे। हमने अनुमान लगाया कि ERBB4 पोस्ट-Tx AKI के विकास में ROS स्तरों को विनियमित करने का कार्य भी करता है। इस नेटवर्क में mRNAs के Te GO संवर्धन विश्लेषण से पता चला कि ये mRNAs गुर्दे के विकास के लिए प्रासंगिक कई कार्यों में समृद्ध थे। इसके अलावा, KEGG संवर्धन विश्लेषण ने संकेत दिया कि यह नेटवर्क मुख्य रूप से उन पथों की श्रेणी में शामिल था जिनका अच्छी तरह से अध्ययन किया गया है, जैसे कि PI3K-Akt सिग्नलिंग पाथवे, HIF -1 सिग्नलिंग पाथवे, रास सिग्नलिंग पाथवे और MAPK सिग्नलिंग पाथवे। इनमें से अधिकांश रास्ते AKI [30, 40, 41] में महत्वपूर्ण भूमिकाओं के लिए सिद्ध हुए हैं। इन परिणामों ने साबित कर दिया कि हमारा विश्लेषण ठीक से किया गया था।

एक साथ लिया गया, हमारे अध्ययन ने, पहली बार, WGCNA का उपयोग miRDIP v4.1 विश्लेषण के साथ संयुक्त रूप से सबसे संभावित इंटरैक्शन की पहचान करने और AKI में प्रत्यारोपण प्रतिक्रिया से जुड़े एक नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क का निर्माण करने के लिए किया, जिसने एक प्रारंभिक ढांचा और कुछ उपन्यास प्रदान किए। Tx AKI के बाद के विकास के आणविक तंत्र को स्पष्ट करने के लिए अंतर्दृष्टि। फिर भी, इस अध्ययन की कुछ सीमाओं का उल्लेख किया जाना चाहिए। सबसे पहले, केवल आठ पोस्ट-टीएक्स एकेआई बायोप्सी नमूनों को वर्तमान अध्ययन में नामांकित किया गया था, जो पूरी तरह से विश्वसनीय निष्कर्ष निकालने के लिए पर्याप्त नहीं था। दूसरा, नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क को सत्यापन के लिए नैदानिक ​​और आणविक जीव विज्ञान प्रयोगों में आगे के अध्ययन की आवश्यकता है। चूंकि योग्य डेटा खोजना मुश्किल है, इसलिए अन्य प्रकार के आरएनए, जैसे लंबे नॉनकोडिंग आरएनए (एलएनसीआरएनए) और सर्कुलर आरएनए (सर्आरएनए) शामिल नहीं किए गए थे, जो टीएक्स एकेआई के बाद के तंत्र के व्यापक स्पष्टीकरण में एक नुकसान हो सकता है। विकास।

गुर्दे के कार्य पर सिस्टैंच स्टेम लाभ

निष्कर्ष

हमने पहली बार जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण का उपयोग करके पोस्ट-टीएक्स एकेआई से जुड़े एक नियामक miRNA-mRNA नेटवर्क का सफलतापूर्वक निर्माण किया। परिणामों ने संकेत दिया कि दो miRNAs (miR-203a-3p और miR-205-5p) और ERBB4 पोस्ट-Tx AKI और नियामक miRNA के जैविक कार्यों में केंद्रीय भूमिका निभा सकते हैं। -एमआरएनए नेटवर्क गुर्दे-/गुर्दे से संबंधित कार्यों और पीआई3के-एक्ट/एचआईएफ-1/रस/एमएपीके सिग्नलिंग मार्ग में समृद्ध थे। यह अध्ययन टीएक्स एकेआई के बाद आणविक तंत्र की समझ को बढ़ाने के लिए नियामक नेटवर्क का एक व्यापक परिप्रेक्ष्य प्रदान करता है। हमें उम्मीद है कि वर्तमान अध्ययन नए बायोमार्कर या चिकित्सीय दवाओं की खोज के लिए फायदेमंद होगा, जो प्रारंभिक भविष्यवाणी और हस्तक्षेप की क्षमता बढ़ाने और प्रत्यारोपण के बाद एकेआई की मृत्यु दर को कम करने के लिए फायदेमंद होगा।

तरीकों

अध्ययन डिजाइन और डेटा संग्रह

इस अध्ययन का समग्र डिज़ाइन अतिरिक्त फ़ाइल 1: चित्र S1 में दिखाया गया है। सभी योग्य माइक्रोएरे डेटा जीन एक्सप्रेशन ओम्निबस (GEO) डेटाबेस (//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) से डाउनलोड किए गए थे। GSE53769 डेटासेट एक mRNA अभिव्यक्ति डेटासेट है जिसे Affymetrix GeneChip® ह्यूमन जीन 2 का उपयोग करके प्रदर्शित किया गया था। 0 ST Array; GSE53771 डेटासेट एक miRNA अभिव्यक्ति डेटासेट है जिसका विश्लेषण Affymetrix GeneChip® miRNA 3.0 Array द्वारा किया गया था। इन दोनों डेटासेट में 18 किडनी एलोग्राफ़्ट प्राप्तकर्ताओं से 18 शून्य-घंटे और 18 पोस्ट-ट्रांसप्लांट (टीएक्स) बायोप्सी नमूने शामिल थे (आठ एकेआई के रूप में परिभाषित अस्वीकृति के बिना तीव्र ट्यूबलर नेक्रोसिस के साथ और पैथोलॉजी (पीबीएक्स) के बिना दस प्रोटोकॉल बायोप्सी नियंत्रण के रूप में परिभाषित) और विल्फ़िंगसेडर और सहकर्मियों [20] द्वारा प्रस्तुत किए गए थे। इन नमूनों को चार समूहों में विभाजित किया गया था, अर्थात् शून्य-घंटे AKI, शून्य-घंटे PBX, पोस्ट-Tx AKI, और पोस्ट-Tx PBX। दो डेटासेट, क्रमशः, सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क के निर्माण के लिए उपयोग किए गए थे, जिससे पोस्ट-Tx AKI से जुड़े प्रमुख mRNA/miRNA मॉड्यूल की पहचान की जा सकती है, जिससे miRNA-mRNA नियामक नेटवर्क के निर्माण की अनुमति मिलती है, जो पोस्ट-Tx AKI की प्रगति को संचालित करता है। .

सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क का निर्माण

WGCNA is a widely used method to construct co-expression networks that allow the discovery of gene modules, where coordinated expression patterns of the intra-module genes could be identified and related to external clinical phenotypes. In this way, the search for core disease regulators could be narrowed down and confined to the clinically significant modules [13]. Given the foregoing, WGCNA has greatly improved the efficacy of data mining; therefore, in this study, the R package "WGCNA" was utilized to construct co-expression networks based on the expression profiles of mRNAs and miRNAs, respectively. An optimal soft threshold power β, the minimum power parameter that satisfied the scale-free topology (as manifested by scale-free topology ft index>0.85), पहले निर्धारित किया गया था। अगला, आसन्न मैट्रिक्स के आधार पर एक स्केल-फ्री सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क का निर्माण किया गया था। आसन्न मैट्रिक्स सूत्र का उपयोग करके प्राप्त किया गया था: एडजेंसीक, जे=कॉर्क, जे-, जहां के और जे दो मनमाने जीन के अनुरूप हैं और इसका उपयोग के और जे के बीच मजबूत समानता पर जोर देने के लिए किया जाता है, जिससे यह सुनिश्चित होता है कि जीन जोड़े कम समानता वाले मॉड्यूल असाइनमेंट के दौरान छोड़े जाएंगे। दस, आसन्न मैट्रिक्स को एक टोपोलॉजिकल ओवरलैप मैट्रिक्स (टीओएम) में बदल दिया गया था। टीओएम-आधारित असमानता माप का उपयोग करके, जीन ट्री डेंड्रोग्राम औसत लिंकेज पदानुक्रमित क्लस्टरिंग द्वारा उत्पन्न किया गया था, और समान अभिव्यक्ति पैटर्न वाले जीनों को विभिन्न मॉड्यूल में क्लस्टर किया गया था (न्यूनतम मॉड्यूल आकार 30 पर सेट किया गया था)।

सिस्टैंच हर्बाइलाज कर सकते हैंगुर्दाबीमारीसुधारेंगुर्दे समारोह

महत्वपूर्ण सहसंबंध मॉड्यूल की पहचान

मॉड्यूल eigengenes (MEs), जो किसी दिए गए मॉड्यूल के भीतर एकल विशेषता अभिव्यक्ति प्रोफ़ाइल के रूप में जीन अभिव्यक्ति पैटर्न को सारांशित करता है, का उपयोग प्रत्येक मॉड्यूल के महत्व को निर्धारित करने के लिए विभिन्न लक्षणों वाले जीन के संभावित सहसंबंध का मूल्यांकन करने के लिए किया गया था। जीन महत्व (जीएस) जीन और विभिन्न नैदानिक ​​लक्षणों के बीच सहसंबंध का प्रतिनिधित्व करता है, और एक मॉड्यूल में सभी जीनों के औसत जीएस को मॉड्यूल महत्व (एमएस) के रूप में परिभाषित किया गया था, जिसे एमएस {0}}n- ni{ के रूप में व्यक्त किया गया था। {2}}जीएसआई (एन=मॉड्यूल में जीन की संख्या)। एमई और नैदानिक ​​लक्षणों के बीच पियर्सन सहसंबंध की गणना के बाद, 0.05 के सहसंबंध पी-मान कटऑफ के साथ पोस्ट-टीएक्स एकेआई के साथ उच्चतम सकारात्मक या निम्नतम नकारात्मक आर (सहसंबंध गुणांक) वाले मॉड्यूल को प्रमुख मॉड्यूल के रूप में परिभाषित किया गया था। हमने WGCNA [13] के लेखकों द्वारा अनुशंसित मानक वर्कफ़्लो का पालन किया, और कई परीक्षण के लिए p-मान सुधार नहीं किया गया था क्योंकि पियरसन गुणांक R और सहसंबंध p-मान महत्वपूर्ण मॉड्यूल चयन [13] के लिए पर्याप्त हैं। हीटमैप में रंग की तीव्रता ने सहसंबंध की ताकत का संकेत दिया। एक प्रमुख मॉड्यूल का बेहतर अध्ययन करने के लिए, मॉड्यूल जीन के सहसंबंध का विश्लेषण किया गया था और नेटवर्क विश्लेषक साइटोस्केप v3.7.2 [42] द्वारा जीन-जीन इंटरैक्शन नेटवर्क की कल्पना की गई थी। इस नेटवर्क में, उच्च डिग्री वाले जीन, जिनमें मॉड्यूल में अत्यधिक परस्पर जुड़े हुए नोड होते हैं, हब जीन माने जाते थे। Cytoscape में MCODE प्लगइन के साथ विश्लेषण करके इन हब जीनों का पता लगाया गया।

पुनःgulatory miRना–mRना नीtwork cपरsटीआरuctiपर

miRDIP v4.1 ऑनलाइन टूल का उपयोग करके मॉड्यूल जीन और miRNAs के बीच की बातचीत प्राप्त की गई। दस, miRNA- mRNA जोड़े को भविष्यवाणी के उच्च विश्वास के साथ Cytoscape v3.7.2 का उपयोग करके miRNA-mRNA नियामक नेटवर्क के निर्माण के लिए चुना गया था। क्रॉस-वैलिडेट करने के लिए, हमारे परिणाम, miRNA-mRNA इंटरैक्शन को भी miRNet डेटाबेस से पुनर्प्राप्त किया गया था।

Fसंयुक्त राष्ट्रctiएक परl एनrichmएनt एनाlysis

पहचाने गए जीनों के संभावित कार्यों को और समझने के लिए, जीन ओन्टोलॉजी (जीओ) और क्योटो एनसाइक्लोपीडिया ऑफ जीन्स एंड जीनोम्स (केईजीजी) पाथवे विश्लेषण का संवर्धन विश्लेषण आर पैकेज "क्लस्टर रोलर" [44] का उपयोग करके किया गया था; कुछ मामलों में (अतिरिक्त फ़ाइल 4: S4A, अतिरिक्त फ़ाइल 5: S5A, अतिरिक्त फ़ाइल 6: S6A और अतिरिक्त फ़ाइल 9: S9C), फ़ंक्शन TCGAanalyze_ TCGAbilinks लाइब्रेरी में EA पूर्ण चलाया गया। इस अध्ययन में, बेंजामिनी-होचबर्ग (बीएच) के साथ जीओ शर्तों और केईजीजी मार्गों के परिणामों को समायोजित किया गया।P-मूल्यों के<0.05 were="" considered="" to="" be="" significantly="">

किडनी की बीमारी से बचाता है सिस्टैंच ट्यूबुलोसा, सैंपल लेने के लिए यहां क्लिक करें

रेफरीएनसीईएस

1. अबू जवदेह बीजी, गोविल ए। प्रत्यारोपण सेटिंग में तीव्र गुर्दे की चोट: स्वास्थ्य और स्वास्थ्य देखभाल पर विभेदक निदान और प्रभाव। सलाह क्रोनिक किडनी रोग। 2017; 24(4):228-32।

2. कुक डब्ल्यूआर, हेमिला यूके, क्रेक एएल, मंडुला सीजे, मवुला पी, मसूसा ए, एट अल। मलावी में प्रसूति संबंधी तीव्र गुर्दे की चोट की घटना, एटियलजि और परिणाम: एक संभावित अवलोकन संबंधी अध्ययन। बीएमसी नेफ्रोल। 2018;19(1):25.

3. एक्यूट किडनी इंजरी के युग में सोले सी, पोज ई, सोला ई, गिनेस पी। हेपेटोरेनल सिंड्रोम। जे इंट असोक स्टडी लीवर का लीवर इंट। 2018;38(11):1891–901।

4. ओस्टरमैन एम, लियू के। एकेआई के पैथोफिजियोलॉजी। बेस्ट प्रैक्टिस रेस क्लीन अनास‑ मिट्टी। 2017; 31 (3): 305-14।

5. सलीमिनेजाद के, खोर्रम खुर्शीद एचआर, सोलेमानी फर्ड एस, गफारी एसएच। माइक्रोआरएनए का अवलोकन: जीव विज्ञान, कार्य, चिकित्सा विज्ञान और विश्लेषण के तरीके। जे सेल फिजियोल। 2019;234(5):5451-65।

6. फ्रीडमैन आरसी, फरह केके, बर्ज सीबी, बार्टेल डीपी। अधिकांश स्तनधारी mRNAs microRNAs के संरक्षित लक्ष्य हैं। जीनोम रेस। 2009;19(1):92-105.

7. पैन एक्स, वेन्ज़ेल ए, जेन्सेन एलजे, गोरोडकिन जे। माइक्रोआरएनए स्पंज उम्मीदवारों के रूप में अनुमानित माइक्रोआरएनए बाध्यकारी साइटों के समूहों की जीनोम-व्यापी पहचान। एक और। 2018;13(8):e0202369।

8. चेन बी, हुआ जेड, किन एक्स, ली जेड। हब miRNAs की पहचान करने के लिए एकीकृत माइक्रोएरे और जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण के माध्यम से न्यूरोब्लास्टोमा में miRNA‑ mRNA नेटवर्क का निर्माण किया। न्यूरोकेम रेस। 2020।

9. लियू एचएम, हुआंग वाई, ली एल, झांग वाई, कांग्रेस एक्स, वू एलएल, एट अल। माइक्रोआरएनए-एमआरएनए अभिव्यक्ति प्रोफाइल और टाइप 2 डायबिटिक डीबी / डीबी चूहों में सबमांडिबुलर ग्रंथि का कार्यात्मक नेटवर्क। आर्क ओरल बायोल। 2020;120:104947।

10. इवुचुकु आई, गुयेन डी, बीवर एम, ट्रान वी, सुलेमान डब्ल्यू, फैनिन ई, एट अल। सहज इंट्रासेरेब्रल रक्तस्राव वाले रोगियों में देर से दौरे के बायोमार्कर के रूप में माइक्रोआरएनए नियामक नेटवर्क। मोल न्यूरोबिओल। 2020;57(5):2346-57।

11. वैन ज़ोनवेल्ड एजे, रैबेलिंक टीजे, बिजकेर्क आर। miRNA- समन्वित नेटवर्क तीव्र गुर्दे की चोट के लिए आशाजनक चिकित्सीय लक्ष्यों के रूप में। एम जे पैथोल। 2017;187(1):20-4.

12. वू जे, ली डीडी, ली जेवाई, यिन वाईसी, ली पीसी, किउ एल, एट अल। सिस्प्लैटिन-प्रेरित वृक्क ट्यूबलर उपकला कोशिकाओं की चोट में शामिल माइक्रोआरएनए-एमआरएनए नेटवर्क की पहचान। यूर जे फार्माकोल। 2019;851:1-12।

13. लैंगफेल्डर पी, होर्वथ एस। डब्ल्यूजीसीएनए: भारित सहसंबंध नेटवर्क विश्लेषण के लिए एक आर पैकेज। बीएमसी बायोइनफॉर्म। 2008; 9:559।

14. झांग एक्स, बाई जे, युआन सी, लॉन्ग एल, झेंग जेड, वांग क्यू, एट अल। जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण और सर्वाइकल इंट्रापीथेलियल नियोप्लासिया के रोगजनन से संबंधित संभावित जीन की पहचान। जे कैंसर। 2020;11(8):2150-7.

15. ली जे, लू एल, झांग वाईएच, जू वाई, लियू एम, फेंग के, एट अल। मोंटे कार्लो फीचर सिलेक्शन स्ट्रैटेजी और सपोर्ट वेक्टर मशीन के जरिए ल्यूकेमिया स्टेम सेल एक्सप्रेशन सिग्नेचर की पहचान। कैंसर जीन थेर। 2020;27(1–2):56–69।

16. पैन एक्स, ज़ेंग टी, युआन एफ, झांग वाईएच, चेन एल, झू एल, एट अल। आइसोसिट्रेट डिहाइड्रोजनेज-म्यूटेशन ग्लियोमास के उपप्रकारों से जुड़े मिथाइलेशन सिग्नेचर और जीन फ़ंक्शंस की स्क्रीनिंग। फ्रंट बायोएंग बायोटेक्नॉल। 2019;7:339.

17. शेन एम, सॉन्ग जेड, वांग जेएच। एमिग्डाला में माइक्रोआरएनए और एमआरएनए प्रोफाइल किशोर चूहों में तनाव-प्रेरित अवसाद और लचीलापन से जुड़े हैं। साइकोफार्माकोलॉजी। 2019;236(7):2119–42.

18. एक टी, सोंग जेड, वांग जेएच। मेडियल प्रीफ्रंटल कॉर्टेक्स में miRNA और mRNA के अनुक्रमण द्वारा मूल्यांकन किए गए पुराने तनाव-प्रेरित अवसादग्रस्तता-जैसे व्यवहार को संशोधित करने वाले इनाम उपचार का आणविक तंत्र। बायोकेम बायोफिज़ रेस कम्यून। 2020;528(3):520–7।

19. ज़ुक ए, बोनवेंट्रे जेवी। तीक्ष्ण गुर्दे की चोट। अन्नू रेव मेड. 2016;67:293-307।

20. विल्फिंगसेडर जे, सनजेनॉयर जे, टोरोनी ई, हेनज़ेल ए, केनज़ ए, मेयर बी, एट अल। पोस्ट-ट्रांसप्लांट एक्यूट किडनी इंजरी का आणविक रोगजनन: संपूर्ण-जीनोम mRNA और miRNA प्रोफाइल का मूल्यांकन। एक और। 2014;9(8):e104164‑e।